受污水碳源不足、运行条件、污泥膨胀、生物泡沫以及基质竞争等影响，生物脱氮除磷工艺在实际应用过程中时常出现脱氮除磷无法满足排放要求。 正因如此，对城镇污水生物脱氮除磷工艺进行优化升级，提高脱氮除磷效率已是迫在眉睫。
1、生物脱氮除磷工艺存在的问题
1）进水水质水量多变、碳源不足
由生活污水、工业废水和雨水组成的城镇污水水质水量变化较大，这与雨水和工业废水的比例、排放特点、排水体制、用水和生活习惯、社会经济水平、城镇管网系统、季节以及气象条件等有关。
我国用污水处理率来评价污水处理水平，但污水处理率仅考虑了污水处理设施进水处理的水量，而忽略了雨污合流、地下水混入、抽取河水处理等原因导致的污染物收集水平不足，污水处理厂进水浓度普遍偏低，进水水质存在季节性波动。
污水处理中BOD5/TN＞4时可满足脱氮效果，而50%的污水处理厂生物脱氮工艺反硝化碳源不足。 反硝化过程中大量异养菌以有机碳为电子供体将NO3--N转化为N2，碳源不足将影响脱氮效率；进水碳源过低（BOD5/TP＜17），除磷效率降低，即便是碳源满足除磷要求，反硝化碳源不足，大量存在的NO3—N也将抑制生物除磷。
2）不同菌属微生物的相互竞争
对于生物脱氮除磷工艺，氧气主要用于异养微生物脱碳和自养微生物氮素的硝化作用，而异养微生物与硝化细菌存在对氧的竞争。
污水处理过程中通常采用机械曝气或鼓风曝气，曝气量不足会降低硝化效率；碳源主要消耗在反硝化脱氮、厌氧释磷以及满足异养微生物自身生长代谢，其中厌氧释磷和反硝化脱氮在碳源消耗中占有较大比重，反硝化脱氮和厌氧释磷对碳源存在竞争，碳源大量被反硝化利用则影响除磷效率，若被厌氧释磷大量利用则影响脱氮效率。
不仅如此，污水脱氮除磷过程中不同菌属还存在污泥龄（SRT）的竞争，SRT决定活性污泥
中微生物的种类，世代时间长于污泥龄的微生物在污泥中不能成为优势菌种。
SRT短的活性污泥分解有机物能力较强，但凝聚沉降性能较差；而SRT长的活性污泥分解代谢能力较差，凝聚沉降性能较好。
硝化细菌生长极其缓慢，SRT越长，有机负荷越低，越易成为优势菌，硝化效果越好；一定条件下，PAOs的SRT越短，有机负荷越高，除磷越好。
3）工艺条件影响生物活性
工艺条件如温度、DO、污泥负荷、污泥回流比等对活性污泥中微生物的种类及活性影响较大，特别是低温对生物脱氮除磷酶活有重大影响。
反应器内DO越高越有利于硝化，而反硝化需在较低的DO浓度下进行；同一系统中，当DO浓度较好满足硝化时，反硝化受到抑制，过高或过低的DO均会降低系统对总氮和总磷的去除率。
出水氨氮、总氮和总磷的去除率受污泥负荷的影响较大，随着污泥负荷的增大呈先上升后降
低的趋势；污泥回流比过低会降低反应器内的污泥浓度，使硝化菌数量减少，硝化效果变差。
污泥回流比过高会加大污泥耗氧量，导致过多污泥在反应器中沉积，影响泥水分离和出水水质。
温度过高过低均会影响生物酶促反应，温度过高使酶变性失活，导致脱氮除磷微生物代谢下降甚至死亡，温度过低使酶促反应降低。
温度5~30℃内对硝化的影响遵循阿伦尼乌斯公式，温度越低硝化速率越慢。低温可以改变微生物落结构，使其吸附能力和代谢能力受到影响，污水处理效率降低，污泥沉降性能降低。低温是污水处理厂生物脱氮除磷效率降低的重要原因。
4）污泥膨胀
污泥膨胀调控困难、恢复缓慢，是污水生物脱氮除磷工艺运行的问题之一。
一般情况下，将SVI＞150mL/g的活性污泥定义为污泥膨胀，SVI均值＞150mL/g时划分为膨胀期，SVI均值＜100mL/g时划分为非膨胀期。
实践与研究表明，低溶解氧浓度、低负荷（F/M）、高BOD/N和高BOD/P、高硫化物浓度、低温等条件都有可能引起不同丝状菌的过度生长，约有95%的污泥膨胀现象与丝状菌有关，优势菌有诺卡氏菌、微丝菌和放线菌等。
污泥膨胀后，污泥絮体的结构比正常絮体松散，体积增大，含水率增高，不易沉淀，出水污泥含量增高，导致回流污泥量和生化反应池内污泥量减少，中后期会伴随大量生物泡沫产生，难以保持正常的生化处理性能，SVI达到300mL/g以上时会造成大量活性污泥流失，导致出水浑浊，SS含量较高，出水水质较差，从而严重影响污水处理厂的稳定运行。
5）生物泡沫
污水生物脱氮除磷中，泡沫多是由丝状菌过度增殖造成，常在污泥膨胀发生后出现，形成和稳定需要气泡、表面活性物质和疏水性颗粒3个必备条件。
实践与研究表明，泡沫具有良好的生物活性，除丝状菌外，还有大量硝化菌和反硝化菌，影响生物泡沫形成的因素主要有温度、营养物质、pH、溶解氧和SRT等。
其危害在于：生物泡沫一般有一定黏性，大量活性污泥会随其一起漂浮在生物反应池表面，
形成漂浮泡沫层，泡沫层会阻碍氧气进入生化反应池的混合液中，降低活性污泥的溶解氧含量；泡沫浮渣层影响二沉池泥水分离过程，导致出水水质恶化；生物泡沫飘落到工作通道上，影响设备巡检和维修；可能存在病原微生物，具有随风传播的风险。
2、生物脱氮除磷工艺调控措施
1）调整工艺运行条件
温度、DO、回流比和碳氮比等工艺运行条件对微生物有重要影响，调整工艺运行条件可改变脱氮除磷微生物的落结构，从而改变其菌微生物的数量、种类和活性。
实践与研究表明，COD/TKN＜10时，总氮去除率随碳氮比的增大而增加；COD/TP增大，总磷去除率提高，但当COD/TP＞60时，去除率提高缓慢；混合液回流比＜3时，对总磷总氮的去除均有影响；温度对脱氮的影响比除磷显著，＜15℃氮去除率明显下降，8~10℃时仍有较好的除磷效果， 较低的温度有利于PAOs的富集；温度在10~15℃之间时（进水TN高于30mg/L），增加混合液回流和DO可以提高脱氮效果，高于15℃时（进水TN低于30mg/L），无需混合液回流即可实现良好的脱氮效果。
依据污水处理的实际情况应及时对工艺运行条件进行调整，保持高效的生物脱氮除磷效率。值得高度重视的是，低温引起的污水脱硝效率低、污泥膨胀和生物泡沫等问题，可以适当提高污水HRT和DO含量，增大污泥回流比以及提高污泥SRT，以应对低温的不利影响。
2）改造工艺结构
不同水质特征会影响脱氮技术的选择，进水碳氮比较高（碳氮比为6~10）时适合传统硝化反硝化，处于中等水平（碳氮比为3）时适宜短程硝化反硝化，当碳氮比较低时（＜1）时适合主流厌氧氨氧化。
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