凡经营期在十年以上的台资生产性企业，从获利年度起，继续实行两年免缴、三年减半缴纳企业所得税；先进技术企业，延长三年减半缴纳企业所得税。出口型企业，减免税期满后，企业当年出口额占企业总销售额70%以上的，继续减半征收企业所得税（上述两类企业延长减半的税率不得低于10%）。设在沿海经济开放地区的生产性台资企业从事技术密集、知识密集型项目，或者台商投资在3000万美元以上、回收时间长的项目，经报国家税务总局批准，减按15%税率征收企业所得税。台商投资企业进行符合国家产业政策的技术改造以及生产高新技术产品，其采购的国产设备可按有关规定抵免企业所得税。设在沿海经济开放地区的生产性台商投资企业减按24%税率征收企业所得税。台资银行、台资银行分行、合资银行及财务公司等金融机构，台商投入资本或分行由总行拨入营运资金超过1000万美元，经营期在十年以上的，减按15%税率缴纳企业所得税，并从开始获利年度起，第一年免缴企业所得税，第二年和第三年减半缴纳企业所得税。新办软件企业经认定后，自开始获利年度起，第一年和第二年免缴企业所得税，第三年至第五年减半缴纳企业所得税。
台资高新技术企业因转让专利技术和非专利技术的所有权而销售的计算机软件业务，不征收增值税。自1999年10月1日起，对经过国家出版局注册登记的台资高新技术企业，在销售时一并转让著作权、所有权的计算机软件征收营业税，不征收增值税。台资高新技术企业软件产品交付使用后，按期或按次收取的维护、技术服务费、培训费不征收增值税。台资高新技术企业受托开发的著作权属于委托方或属于双方共同拥有的软件产品不征收增值税。自2000年6月24日起至2010年底以前，台资高新技术企业一般纳税人销售其自行开发生产的计算机软件产品，可按法定17%的税率征收后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退。对符合国家规定条件的台资企业技术中心、国家工程（技术研究）中心等，进口规定范围内的科学研究和技术开发产品，免征进口关税和进口环节增值税。对承担国家重大科技专项、国家科技计划重点项目、国家重大技术装备研究开发项目和重大引进技术消化吸收再创新项目的台资企业进口国内不能生产的关键设备、原材料及零部件的免进口关税和进口环节增值税。
3、鼓励类项目进出口减免税政策
台资企业采用大陆原料生产加工出口的产品，根据货物目录相关规定继续给予出口退（免）税。凡符合《外商投资产业指导目录》鼓励类的台资企业，进口所需的自用设备，以及按照合同随设备进口的技术及配套件、备件，可按有关规定免征进口关税和进口环节增值税。凡属于享受国产设备退税企业范围的鼓励类台商投资企业，并且采购的国产设备属于享受退税项目范围的，可全额退还设备增值税；其购买大陆生产的设备投资的40%，可从购置设备当年比上年新增的企业所得税中抵免。
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