（一）收购单位擅自扩大收购发票开具的范围。一些收购单位除对正常的农副产品收购业务开具收购发票外，还对一些不该开具收购发票的购货行为，比如本应计入经营费用的运输费、装卸费、包装物等费用，借用农副产品收购的名义混入收购发票的金额之中，虚增收购成本。根据现行税法规定，购进免税农产品准予抵扣进项税额，按照买价、价款和13%的扣除率计算抵扣进项税额，而这里的买价、价款只包括纳税人购进免税农产品时所支付的款项和按规定代收代缴的农业特产税，除此之外，纳税人购进货物支付的运输费、装卸费、保险费、仓储费和其他附加费都不允许计算抵扣。但部分纳税人故意鱼目混珠、混淆黑白，既使承运单位开具运输发票、销货方开具销售发票，也只当作一张废纸，弃之不用，仍要自己开具，从而把运输费、装卸费、保险费、仓储费等其他附加费用都记入农产品价格，加大农产品扣除比例，以达到自己多抵扣进项税额的目的，造成了税款流失。
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（二）农副产品收购发票填开的随意性较大，填开不规范。根据规定，收购发票必须按每一笔收购业务逐笔开具，填写时必须项目齐全，内容真实。而目前部分企业在收购发票的使用中经常出现农产品的品名、项目填开不全，缺章、漏章现象严重；出售人信息不全等问题。
霍夫曼树有的企业借口业务收购量大、人手不足，往往采用按日汇总填开的形式，不按规定将收购发票逐个开具给收购对象，而是按多个出售人汇总开具，甚至平时不开，于期末根据当期的生产成本倒挤收购发票金额，以达到多抵税款的目的，即使弄虚作假，税务部门也难以核实，无法查验。
（三）农业生产者的不确定性，导致了收购发票使用的不规范性。现行政策规定收购发票的开具对象仅限于农业生产者自产的初级农产品。但在实际工作中，农产品销售者的身份极为复杂，主要包括：农户，农场等。无论是税务机关还是收购企业，都很难确定销售者是否为农业生产者。同时，企业往往通过中间人收购农产品，由中间人提供所谓的“生产者”身份证号码，伪造销货方名称违章开具收购发票，以达到逃避税务机关检查的目的。
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