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实验三环境16S rDNA文库的构建与组成分析技术上海交通大学微生物分子生态学和环境基因组学实验室
物理隔离卡一、概述
•生态学是研究生物体之间以及生物体与环境之间相互作用的科学 •进行生态系统中物种种类、丰度以及分布的调查是进行生态学研究的重要前提条件•研究环境中微生物种类和丰度的方法–传统的微生物分离纯化的方法：环境中大多数微生物 –基于基因组中“biomarker”的方法：如构建环境16S
rDNA文库的方法，不需要获得纯培养，更好地反映环境中微生物的组成
•1990年，Giovannoni等首先用这一方法分析马尾藻海海面上浮游微生物的多样性
–16S rDNA文库中的蓝藻种类
毛亚琪
德育陶冶法与培养出来的蓝藻很不一致
–发现了一个新的且在该环境
中占优势的微生物类
SAR11
–与传统的分离培养的方法相
比，更全面得揭示了微生物
多样性
•这一方法目前已经广泛运用于土壤、海洋、湖泊、肠道等多种生态系统中微生物多样性的调
查，揭示了环境当中前所未知
的微生物的多样性。
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•16S rDNA是基因组的“biomarker”
–核糖体RNA是蛋白质合成必需的，16S rDNA广泛
存在于所有原核生物的基因组中。
–16S rDNA的序列中包括保守区和可变区。
–序列变化比较缓慢，与物种的形成速度相适应，而且一般不发生水平转移。
–GeneBank和RDPⅡ（Ribosomal Database
Project ）数据库中已经登录了超过97,128个经过比对和注释的16S rDNA序列，可供进行比对。
•构建环境16S rDNA文库的方法–用环境基因组总DNA进行16S rDNA PCR扩增：把环境中几乎所有微生物基因组上的16S rDNA 扩增并收集到一起
–“TA克隆”：把每一个16S rDNA分子放到文库中
的每一个克隆里。
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