circos教程

rcos为了能准确地画出染体示意图，染体的定义，位置，大小，以及显示的形式都是circos需要考虑的。这些要素需要在数据文件当中定义出来。

数据结构

染体组型(karyotypes)是一类特殊的数据。一般的，它保存在名为文件当中。它将定义染体的大小，ID，名称和颜。每一行一条染体，格式如下：

chr - ID LABEL START END COLOR

最开始的chr表示，这一行将定义一个染体。然后是一个短线占位符。这个占位符通常用来定义所属关系，对于染体来说，没有所属。

ID是染体唯一且不能重复的标识。之后的LABEL是将来用于显示在图上的文本。如果一个染体组型文件里面包含多个不同来源的染体组，设置ID最好的办法就是使用前缀。比如hs=homo sapiens, mm=mus musculus等等。有时候你可以使用hs19做为前缀来明示数据来源版本。其实，即使是只有一个来源的染体组，也最好使用前缀，以规范文件格式。

START和END值定义了染体的大小。对于染体组型文件，需要指明的是，这里的START和END应该是染体本身的大小，而不是你想绘制部分的起止位置。指定绘制部分将由其它文件来定义。

COLOR是于定义显示的颜。如果染体组不以条纹(cytogenetic bands)图谱覆盖的话，那么就会以这里设置的颜显示。对于人类基因组而言，circos预设了与染体相同的名字做为颜名，比如chr1, chr2, … chrX, chrY, chrUn.

下面就是hg19的例子：

男生女生金版封面

chr - hs1 hs1 0 249250621 chr1

chr克曼模型 - hs2 hs2 0 243199373 chr2

chr - hs3 hs3 0 198022430 chr3

chr - hs4 hs4 0 191154276 chr4

chr - hs5 hs5 0 180915260 chr5

chr - hs6 hs6 0 171115067 chr6

chr - hs7 hs7 0 159138663 chr7

chr - hs8 hs8 0 146364022 chr8

chr - hs9 hs9 0 141213431 chr9

chr - hs10 hs10 0 135534747 chr10

msdchr 区域收入差距- hs11 hs11 0 135006516 chr11

chr - hs12 hs12 0 133851895 chr12

chr - hs13 hs13 0 115169878 chr13

chr - hs14 hs14 0 107349540 chr14

chr - hs15 hs15 0 102531392不给力英文 chr15

chr - hs16 hs16 0 90354753 chr16

chr - hs17 hs17 0 81195210天津信息港 chr17

chr - hs18 hs18 0 78077248 chr18

chr - hs19 hs19 0 59128983 chr19

chr - hs20 hs20 0 63025520 chr20

chr - hs21 hs21 0 48129895 chr21

chr - hs22 hs22 0 51304566 chr22

chr - hsx hsx 0 155270560 chrx

chr - hsy hsy 0 59373566 chry

一般的，我们都会在染体组型文件当中加上条纹图谱的信息，这样才会让染体图谱看上去有被染的效果。文件格式与之前的一致，也只有七列。

本文发布于:2024-09-20 15:28:20，感谢您对本站的认可！

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