Circos画图之染体设置

Circos画图之染⾊体设置
今天是腊⽉⼆⼗五,不知各位⼩伙伴⼉是否和⼩编⼀样,依然坚守在⾃⼰的⼯作岗位,⼼⾥默念着我爱(想)⼯(回)作(家)?哎,既然我们改变不了现实,那就只能坦然接受喽,下⾯就和可爱的⼩编⼀起学习⼀下圈图的染⾊体细节设置吧。
喜剧世界先前已经⼤致介绍了circos软件的安装、配置⽂件、如何画图等。下⾯⼩编将详细介绍⼀下染⾊体的设置问题。
Circos图可以展⽰数据在染⾊体上的分布情况,⾸先我们需要⼀个染⾊体的信息⽂件,画出染⾊体的圈,该信息由f的karyotype参数进⾏设置,如下图:
dpph该⽂件以\t分隔,共有七列信息,下⾯是该⽂件的具体信息:
⼩编给⼤家温习⼀下该⽂件各列的具体含义:第⼀⼆列⼀般都设置成chr和-;第三列染⾊体的编号,要求每条染⾊体的名字必须唯⼀;第四列染⾊体标签,即在图中展⽰的名字;第五列和第六列分别是
染⾊体的起始和终⽌位置;第六列是每条染⾊体的颜⾊,软件安装⽬录⾥的f已经使⽤RGB代码定义了这些标签的颜⾊。当然,⼤家可以根据⾃⼰的需要在f⽂件中设置染⾊体的颜⾊(上图hs19~hsY的颜⾊就是⼩编根据⾃⼰的需要设置的染⾊体颜⾊),具体设置⽅法如下:
染⾊体刻度单位
参数chromosome_units定义⼀个染⾊体刻度(u)的⼤⼩,参数chromosomes_units=1000000的意思是1u=1000000,那10u就是10*1000000。
展⽰部分染⾊体
Circos软件默认画出所有染⾊体的信息,如果我们想只展⽰其中的某些染⾊体,可以在f的添加下图中的两个参数:
chromosomes_display_default = no,意思就是关闭默认显⽰。只需⽤“chromosomes =”指定需要显⽰的染⾊体。hs1,hs2,hs3等都是染⾊体组型⽂件当中的第三列信息。画出的图如下:
更改染⾊体排列位置
如果想⾃定义染⾊体排列顺序,可以使⽤chromosomes_order参数来设定,假设在上图的基础上,想将hs11,hs12,hs13染⾊画在前⾯,可以设置chromosomes_order=hs11;hs12;hs13;hs1;hs2;hs3;hs4;hs5;hs6;hs7;hs8;hs9;hs10;hs14;hs15;hs16;hs17;画出的图如下:
更改染⾊体间的间隔
上⾯我们出的图染⾊体之间间隔较近,我们可以使⽤…设置染⾊体间隔,使染⾊体之间的间隔变⼤。
将原参数default=0.003r改为0.003r,⽣成的图如下:
vrml实例
如果我们只想设置某两条染⾊体之间的间隔⼤,可以通过.......参数设置,染⾊体之间以分号分隔,spacing参数设置两条染⾊体之间的间隔。
二十四画品
染⾊体条带填充
如果不想填充条带,只想以染⾊体对应的颜⾊填充染⾊体的,可以通过设置show_bands= no参数实现。
内家拳法
如果既想填充颜⾊,⼜想填充条带参数设置如下:
最后,希望⼩编的碎碎念能够对⼤家有所帮助。最后的最后,祝和⼩编⼀样坚守在⼯作岗位的⼩可爱都能抽到敬业福,祝看到此⽂的所有⼩可爱都能抽到花花卡。
>重庆证券

本文发布于:2024-09-22 13:37:42,感谢您对本站的认可!

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