内蒙古大营铀矿lncRNA数据库专题-lncRNAdb 本周是lncRNA相关的数据库专题，原本对于⼯具类的专题，应该是以使⽤⽅法为主 要中⼼点来展开，但是lncRNAdb的使⽤其实⾮常简单，因此本⽂会对其多做⼀些背
lncRNAdb是⼀个⾮常重要的lncRNA的数据库，不同于其他的提供算法的lncRNA数据
库，lncRNAdb是⼈⼯整理的具备⽣物学功能证据的lncRNA数据库。因此lncRNAdb的资料可信度很⾼，2014年lncRNAdb已经作为第三⽅专业数据接⼊RNAcentral中。HGNC引⽤lncRNAdb 作为其lncRNA资料的⼀部分，NONCODE也把lncRNAdb作为第三⽅专业数据来源。
工业产品生产许可证管理条例截⽌到2014年，lncRNAdb所收录的lncRNA数⽬为283个，包含921个参考⽂献与260个核酸序列，这些lncRNA覆盖了71个不同的物种。
lncRNAdb数据库，是⼀个真核⽣物的lncRNA综合数据库。它包括特异的序列结构信息，如转录本、基因组位置、表达、亚细胞定位和保守位点以及相关的功能和疾病。同时还将给出lncRNA相关的⽂献证据的pubmedl链接以及在基因组位置信息的UCSC链接。 异性恋正常吗lncRNAdb的使⽤⽅法⾮常简单，打开lncRNAdb /，然后输⼊lncRNA的名称即可，如ANRIL、H19、XIST即可。除了名称外，lncRNAdb也⽀持ENSG ID号查询。
丁晓君天女散花
对于经典的lncRNA，lncRNAdb都可以检索的出来。但是对于较新的lncRNA，这个数据库有可能就⽆法及时收录了，此时如果需要检索lncRNA信息，可以采⽤两个思路，第⼀个是使⽤UCSC的genome browser，这样就可以获得lncRNA的别名及序列等信息。第⼆个就是去pubmed或Google学术上搜索此lncRNA，查看是否有关其相关位置、别名和序列的信息，然后再进⾏UCSC检索或lncRNAdb检索。
参考资料
1. lncRNAdb: a reference database for long noncoding RNAs. Nucleic Acids Research.
2. lncRNAdb v2.0: expanding the reference database for functional long noncoding RNAs.
Nucleic Acids Research.
攀钢机制公司
火力发电厂节能技术3. 如何查lncRNA序列？(⼩张聊科研)
豫公网安备41160202000603
站长QQ:729038198
关于我们
投诉建议