启动子区含有丰富的转录因子结合位点（transcription factor binding sites,TFBS）,启动子序列基本上是由这些短序列组合而成，主要在TSS上游1kb的范围内。在TSS附近-60bp到+40bp是核心启动子 区，它对于精确转录是必须的最小单元。对于一个已知基因的启动子可以在NCBI上查到其转录起始位点,并通过网上软件初步分析该基因启动子的大致序列及一 些顺式调控元件(分析时应把包括整个基因包括在内). 常见的在线预测工具有：pubmed数据库
软件神经网络启动子预测器 （NNPP，/seq_tools/promoter.html）,
Promoter scan (bimas.v/molbio/proscan/),
Dragon Promoter Finder (research.i2r.a-star.edu.sg/promoter),昆虫组合
Promoter2.0 Prediction Server (www.cbs.dtu.dk/services/promoter/)
Soft Berry (www.softberry),
网上还提供了一些常见基因的数据库：
真核启动子数据库第85版（The Eukaryotic Promoter Database Current Release 85 ，EPD，www.epd.isb-sib.ch/）
转录起始位点数据库：dbtss.hgc.jp/该数据库主要包括人，小鼠等常见生物的基因转录起始位点及该基因启动子的可能情况。
通过初步分析后,还应通过实验的方法加以确认.包括PCR步查法(对于一些短的启动子来说).如果预测目的启动子为长启动子，PCR步查较难时，也可采用 筛选基因组文库的方法，筛选阳性克隆子并送长的克隆去测序。对一些关键的顺式调空元件可以通过凝胶阻滞试验（蛋白基因作用）来加以确认。 查询启动子的更多方法：
1.国家专利数据库UCSC
（1）网址：genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgNear
在Genome里选择物种，比如human，search里输入你的基因名PTEN，点击Go
（2）出现新的页面，看到“Known Gene Names”下面的PTEN了吧，点它
（3）又回到了和（1）类似的页面，此时，点击sequence
（4）出现一个新的页面，选中promoter，同时可以输入数值修改具体的序列区域，比如Promoter including 2000 bases upstream and 100 downstream，即表示启动子-2000～＋100区域
mncc（5）点击“get sequence”，出现页面中最上面的序列“>uc001kfb.1 (promoter 2000 100) PTEN - phosphatase and tensin homolog”就是你要的人PTEN启动子-2000～＋100区域的序列了
2、Ensembl
水产品包装设计（1）网址：/index.html
在“Search Ensembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homo sapiens（人），for框中输入基因名PTEN，点击Go
（2）出现的新页面中比较乱，但不要管它，直接寻“Ensembl protein coding gene ”字样的，对，也就是第二个，点击它
（3）新出现的页面也很乱，不过依然不用管它，看到左侧有点肉（实在不知道怎么描述了）的那些选项了吗，对，就是“Your Ensembl”下面那一堆，在里面“Genomic sequence”，点它
（4）现在的界面就一目了然了，在“5' Flanking sequence”中输入数值确定启动子长度（默认为600），比如1000，点击update；进销存管理系统论文
（5）出现的序列中，标为红的就是基因的外显子，红之间黑的序列就是内含子，而第一个红自然就是第一外显子了，那么从开始的碱基一直到第一个红的碱基间自然就是启动子-1000~+1的序列啦
这样，你不仅查到了启动子，连它的外显子、内含子序列也全部搞定了
3、SIB-EPD
（1）网址：www.epd.isb-sib.ch/
（2）具体使用方法大同小异，就是输入物种名、基因名，限定启动子序列区域
不过有了前两个，我想已经足够用了，个人感觉SIB-EPD的库容量太小，很多基因查不到
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