NaHCO3胁迫下吉尔吉斯白桦MADS基因家族生物信息学及表达分析

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存。稳定性检验结果表明,得到的反应体系和程序能够扩增出清晰的条带。
  本研究得到的反应体系和程序可用于桑树ISSR分析,为桑树系统学和种质资源鉴定及遗传多样性的研究奠定基础。
4氨基安替比林
参考文献:
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先进制造技术的应用
NaHCO3胁迫下吉尔吉斯白桦MADS基因家族生物信息学及表达分析
刘伟莹,张雨晴,王丹玉,李佳妮,杨成君
(东北林业大学林学院,黑龙江哈尔滨150040)
  摘要:为了探索MADS基因家族的耐盐胁迫功能,从以吉尔吉斯白桦(Betulakirgh
gridserviceisorum)23号为试验材料测得的转录组文库中筛选出2
8个吉尔吉斯白桦的MADS-box基因序列对其编码蛋白的基本理化性质、亚细胞定位、二级结构、跨膜结构和信号肽、基因结构、保守基序、蛋白系统进化等方面进行初步生物信息学分析,并在NaHCO3胁迫下对其表达情况进行分析。结果显示,除蛋白BkMADS1和BkMADS20外,其余均为亲水性蛋白;在28个吉尔吉斯白桦MADS蛋白中有19个定位在细胞核中;蛋白BkMADS7和BkMADS12的二级结构组成以无规则卷曲为主,其余蛋白则以α-螺旋为主;所有蛋白均没有信号肽,即全为非分泌性蛋白。此外,进化分析结果表明,MADS盒为MADS-box转录因子高度保守的结构域,大多数吉尔吉斯白桦MADS蛋白为Ⅱ型。在0.6%NaHCO3胁迫下,15个BkMADS基因上调表达,13个BkMADS个基因下调表达。
  关键词:吉尔吉斯白桦;MADS基因家族;MADS-box转录因子;转录组文库;非分泌性蛋白;生物信息学;NaHNO3胁迫;基因表达
  中图分类号:Q943.2;R857.3;S792.153.01  文献标志码:A  文章编号:1002-1302(2020)10-0085-09
收稿日期:2019-04-27
基金项目:东北林业大学大学生创新训练项目(编号:201810225478)。
作者简介:刘伟莹(1999—),女,黑龙江巴彦人,主要从事森林植物资源学研究研究。E-mail:247335605@qq.com。
通信作者:杨成君,硕士,副教授,主要从事森林植物资源学研究。E-mail:nxyycj@sina.cn。
  MADS基因家族是目前研究最广泛的植物转录因子之一,具有多种生物功能,广泛参与调控植物生长发育的多个过程和逆境应答。1990年,
MADS-box转录因子首先在金鱼草中被发现[1]
,它
是一类序列特异的转录调控因子,主要在激活或抑
制基因的转录反应过程中起作用[
姜斌是谁2]
。MADS-box基因编码的蛋白即为MADS-box转录因子,是MADS基因功能的直接行使者,通常以同源或异源二聚体的形式使其保守结构域与特定的DNA序列
结合,从而调控基因的表达[3-4]
。MADS-box转录
因子主要由MADS盒、K盒、I区、C末端、N末端5
个部分组成。MADS盒是由约57个氨基酸组成的高度保守结构域,主要与D
NA结合,有时也形成二聚体或与辅助因子结合[4-7];K盒由约70个氨基酸
组成,是MADS-box转录因子的特征序列,也是发生二聚体化的结构单元;I区位于MADS盒和K盒
之间,是由31~35个氨基酸组成的非保守区域,该
58—江苏农业科学 2020年第48卷第10期

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标签:蛋白   基因   转录   研究   植物   分析
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