NAMD跑分子动力学模拟出现的一些问题(更新中)

NAMD跑分⼦动⼒学模拟出现的⼀些问题（更新中）

1.能量最⼩化平衡的时候，如果没有控制好NVT，会出现盒⼦变⼩，蛋⽩跑出⽔盒⼦。但是如果仅仅是控制体积不变，⼜会造成盒⼦内溶剂密度太⼩，产⽣‘Periodic cell has become too small for original patch grid！’这个错误。

NVT:

# Pressure and volume control

useGroupPressure yes;

useFlexibleCell no;

useConstantRatio no;

langevinPiston on

langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm

langevinPistonPeriod 200.宜昌市康庄路小学

淄博乐通塑料建材有限公司langevinPistonDecay 50.

langevinPistonTemp $temperature

在

wrapWater on

wrapAll on

这后边加⼀个

margin 3

we use the margin 3 command to allow large volume fluctuations that are typical during the first dynamics of a new system in an NpT ensemble.

Fatal error on PE 0> FATAL ERROR: UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR HT

HT OT (ATOMS 5525 5527 5526)

错误原因：⽔分⼦的两个HT原⼦之间不应该成键

TIP3P模型中，shake算法的⽔分⼦HH应该是有键的，但是vmd中那个solvate模块⾃动加的⽔的HH是没有键的，主动改⼀下solvate的top⽂件

修改办法：将原⽂件中的结晶⽔删除

原因：原体系中存在结晶⽔

关于FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!

⼏个解决⽅法:

a. 将实验环境改成在 NVT 或 NVE 条件下先进⾏平衡⼀段时间，之后视需要再改成 NPT 就较不容易出错。(主要⽅法!)

重烷基苯

b. langevinPistonPeriod ⾄少400，langevinPistonDecay⾄少200，有必要的话加到1000 500 也⾏

c. 增加 margin

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(2)

关于 NPT NVT NVE 的 conf⽂件设置:

NPT：在 conf ⽂件添加关于 langevinpiston (定压)和 langevin (定温)两项参数以及衍⽣参数的设置

NVT：取消 langevinpiston (定压) 等相关参数的设置(设为off或在最前⾯加#符号都⾏)，langevin (定温) 参数维持不变。NVE：取消 langevinpiston (定压)和 langevin (定温) 等相关参数的设置

蛋⽩质跑到⽔盒⼦外

cellBasisVector是按照⽔的minmax写的

Set water [atomselect top water]

Measure minmax $water

Cellprorigin 测量top all 的center

男生女生银版文章PME⽐cell稍微⼤

出现的原因是蛋⽩质距离膜边界太近

ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 21750!

ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.

准分子激光出现原因边界条件选择不合适

在⽣成psf⽂件时要考虑⼆硫键的存在，可使⽤⾃动⽣成⼯具；

Keep-water-out可使⽤默认的参数；

⼩分⼦的参数⽂件要添加到蛋⽩质-膜的参数⽂件中，在线⽣成的⼩分⼦psf⽂件要转换成charmm⼒场格式的。

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