分⼦动⼒学模拟——VMD多分⼦处理及脚本（2）准备⽂件 file>New molecule >Browse>name.pdb>load
模拟分⼦在⽔溶液中的状态
将⼯作⽬录指定到正确的路径
cd ⽬录
xingjing
执⾏模拟
mol new name.pdb
和导⼊晶体结构信息⼀样，但是⽂件后缀为psf
为psf导⼊坐标信息
ioa
在main窗⼝选中psf 然后右键，选择load data to the molecule 出现⼀个被⽔分⼦包围的蛋⽩结构。
以VMD显⽰晶体结构分⼦
操作如前所⽰
Tcl控制台操作
set crystal [atomselect top “all” ]
因此$crystal 代码 代表的是对crystal执⾏操作
$crystal set beta 0
此时分⼦颜⾊变成⼀致的
两个蛋⽩结构⽐对
1、选择原⼦
金浩振
国税31号文set atomsel1 [atomselect 0"alpha"]远程定向强声扩音系统
set atomsel2 [atomselect 1"alpha"]
ste M [measure fit $atomselect0 $atomselect1]
2、将两个结构移动到合适位置
$crystal move $M
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