值得推荐的分子动力学模拟入门书籍

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值得推荐的分⼦动⼒学模拟⼊门书籍

⼊门阶段，⾸先你要知道你想做什么，最好是个看起来不太难的⽂章照着把⾥⾯的模拟⾃⼰重复⼀遍。因为全原⼦模拟⼤都是⽤⼀些软件来进⾏的，因此你⾸先需要的是学会⼀些软件的使⽤，常⽤的⽣物分⼦模拟软件包括：Gromacs、Amber 和 NAMD 等等，材料有关的模拟还有 Lammps 等软件。学这些东西的时候⾸先主要是要知道模拟的基本流程以及实现的⽅法，包括怎样搭建模拟的体系、各种⽂件格式的转换、系综与盒⼦的选择、⽔及离⼦、能量极⼩化等等，等到模拟的轨迹出来怎样对数据进⾏处理，等到之后还可以学习软件⾥⾯的⼀些插件，例如⼀些加速采样的⽅法等等。

⾃⼰学⼀种语⾔的话，在初期，做台湾成人文学 MD ⽐较重要的是脚本语⾔，包括 Shell 脚本或者其它你⾃⼰喜欢的脚本。因为最终你还是不太可能完全在⾃⼰的电脑上跑程序的，所以要有⼀个你⾃⼰⽤得⽐较熟的、能对⼤规模的数据进⾏处理的语⾔，我觉得 Python 是很适合的，⽽且⾥⾯的 Prody，Matplotlib 等等各种包都⾮常好⽤。

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⼊门之后，如果希望⾃⼰通过⼀些量⼦化学的计算结果去调整和修改现有的⼒场，那么需要能看懂其他⼈的代码，这种时候很可能会需要能读懂Fortran 的代码。如果⾃⼰喜欢做⼀些简化模型⾃⼰弄着玩，⽤ Python 之类的写起来是简单，但是效率太低，还是需要会⼀点点 C 或者 C++，当然语⾔只是⼀⽅⾯，更重要的是⾃⼰要结合实际的体系做⼀些最简单的优化。

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相⽐起书籍来，还可以关注⼀些做模拟的学术们聚集的论坛和社区，例如：⼩⽊⾍、分⼦模拟论坛、ResearchGate 等等。

参考书的话，其实有很多，不过还是要看你⾃⼰需要哪⽅⾯的内容：陶慕宁

分⼦模拟⽅⾯的经典书籍：Understanding molecular simulation: From algorithms to applications 和 Molecular Modelling -Principles and Applications ，两本书的侧重点有些不同。

中⽂书籍：《分⼦模拟的理论与实践》《计算化学——从理论化学到分⼦模拟》中的部分章节；

湖南科技学院图书馆

偏统计和计算物理⽅⾯：Statistical Mechanics: Algorithms and Computations。

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