分⼦模拟软件amber_薛定谔autodock分⼦动⼒学模拟 GROMACS软件
⽣物分⼦互作基础 1.⽣物分⼦互作⽤研究⽅法
1.1蛋⽩-⼩分⼦、蛋⽩-蛋⽩相互作⽤原理
1.3 蛋⽩蛋⽩对接研究分⼦相互作⽤
1.1 PDB蛋⽩数据库功能
1.2 PDB蛋⽩数据可获取资源
1.3 PDB蛋⽩数据库对药物研发的重要性
2.PDB 数据库的使⽤
2.1 靶点蛋⽩结构类型、数据解读及下载
2.2 靶点蛋⽩结构序列下载
2.4 批量下载蛋⽩晶体结构
蛋⽩结构分析 1. Pymol 软件介绍
1.1 软件安装及初始设置
1.2 基本知识介绍（如氢键等）
2.Pymol 软件使⽤
2.1蛋⽩⼩分⼦相互作⽤图解
dwg
2.2 蛋⽩蛋⽩相互作⽤图解
2.3 蛋⽩及⼩分⼦表⾯图、静电势表⽰
2.4蛋⽩及⼩分⼦结构叠加及⽐对
2.5绘制相互作⽤⼒
2.6 Pymol动画制作
3.实例讲解与练习
同源建模 1. 同源建模原理介绍
1.1 同源建模的功能及使⽤场景
1.2 同源建模的⽅法
2. Swiss-Model 同源建模；
2.1 同源蛋⽩的搜索（blast等⽅法）
2.2 蛋⽩序列⽐对
2.3蛋⽩模板选择
2.4 蛋⽩模型搭建
2.5模型评价（蛋⽩拉曼图）
2.6 蛋⽩模型优化
3.实例讲解与练习
⼩分⼦构建 1. ChemDraw软件介绍
1.1⼩分⼦结构构建
1.2 ⼩分⼦理化性质（如分⼦量、clogP等）计算
3.实例讲解与练习
⼩分⼦化合物库
⼩分⼦数据库
1.1 DrugBank、ZINC、ChEMBL等数据库介绍及使⽤1.2 天然产物、中药成分数据库介绍及使⽤
⽣物分⼦互作⽤Ⅰ
Autodock 1.分⼦对接基础
1.1分⼦对接原理及对接软件介绍
分⼦对接软件（Autodock或薛定谔) 使⽤
2.1半柔性对接
2.1.1 ⼩分⼦配体优化准备
2.1.2 蛋⽩受体优化及坐标⽂件准备
2.1.3 蛋⽩受体格点计算
2.1.4 半柔性对接计算
2.2对接结果评价
2.2.1 晶体结构构象进⾏对⽐
2.2.2 能量⾓度评价对接结果
2.2.3 聚类分析评价对接结果
2.2.4 最优结合构象的选择
2.2.5 已知活性化合物对接结果⽐较
3.实例讲解与练习
虚拟筛选 2.3柔性对接
2.3.1 ⼩分⼦配体优化准备
2.3.2 蛋⽩受体优化及坐标⽂件准备
2.3.3 蛋⽩受体格点计算
2.3.4 柔性对接计算
2.3.5 柔性对接结果评价
2.3.6 半柔性对接与柔性对接⽐较与选择
分⼦对接⽤于虚拟筛选（Autodock，Vina或薛定谔）3.1 虚拟筛选定义、流程构建及演⽰
3.2 靶点蛋⽩选择
3.3化合物库获取
3.4虚拟筛选
3.5 结果分析（打分值、能量及相互作⽤分析）
⽣物分⼦互作⽤II
经立通ZDOCK 1.预测蛋⽩-蛋⽩相互作⽤（ZDOCK）
1.1 受体和配体蛋⽩前期优化准备
枭之城
1.2 载⼊受体和配体分⼦
1.3蛋⽩蛋⽩相互作⽤对接位点设定
1.4蛋⽩蛋⽩对接结果分析与解读
实例讲解与练习
构效关系分析 1. 3D-QSAR模型构建（Sybyl软件）1.1 ⼩分⼦构建
1.2创建⼩分⼦数据库
1.3 ⼩分⼦加电荷及能量优化
52se1.4 分⼦活性构象确定及叠合
1.5 创建3D-QSAR模型
1.6 CoMFA和CoMSIA模型构建
1.7 测试集验证模型
1.8模型参数分析
1.9模型等势图分析
1.10 3D-QSAR模型指导药物设计
实例讲解与练习
分⼦动⼒学模拟 1. 分⼦动⼒学简介（GROMACS软件）1.1分⼦动⼒学基本原理
1.2 Linux 系统介绍
1.3 分⼦动⼒学软件介绍（Gromacs）
Gromacs 进⾏分⼦动⼒学模拟
2.1 配体分⼦的处理
2.2 蛋⽩结构的处理
2.3 修改蛋⽩坐标⽂件
2.4修改拓扑⽂件
2.5构建盒⼦并放⼊溶剂
象王集团
2.6平衡系统电荷
2.7能量最⼩化
2.8 NVT平衡
2.9 NPT平衡
2.10 产出动⼒学模拟
分⼦动⼒学结果分析
3.1轨迹⽂件观察
3.2能量数据作图
3.3 计算结构的RMSD 值
3.4计算原⼦位置的根均⽅波动
3.5计算模拟过程中分⼦间的氢键数⽬
⽣物分⼦互作基础 1.⽣物分⼦互作⽤研究⽅法
1.1蛋⽩-⼩分⼦、蛋⽩-蛋⽩相互作⽤原理
1.2 分⼦对接研究⽣物分⼦相互作⽤
1.3 蛋⽩蛋⽩对接研究分⼦相互作⽤
蛋⽩数据库 1. PDB 数据库介绍
1.1 PDB蛋⽩数据库功能
1.2 PDB蛋⽩数据可获取资源
1.3 PDB蛋⽩数据库对药物研发的重要性
2.PDB 数据库的使⽤
2.1 靶点蛋⽩结构类型、数据解读及下载
2.2 靶点蛋⽩结构序列下载
2.3 靶点蛋⽩背景分析及相关数据资源获取途径
2.4 批量下载蛋⽩晶体结构
蛋⽩结构分析 1. Pymol 软件介绍
1.1 软件安装及初始设置
1.2 基本知识介绍（如氢键等）
2.Pymol 软件使⽤
2.1蛋⽩⼩分⼦相互作⽤图解
2.2 蛋⽩蛋⽩相互作⽤图解
2.3 蛋⽩及⼩分⼦表⾯图、静电势表⽰
2.4蛋⽩及⼩分⼦结构叠加及⽐对
2.5绘制相互作⽤⼒
2.6 Pymol动画制作
3.实例讲解与练习
同源建模 1. 同源建模原理介绍
1.1 同源建模的功能及使⽤场景
1.2 同源建模的⽅法误判率
Swiss-Model 同源建模；
2.1 同源蛋⽩的搜索（blast等⽅法）
2.2 蛋⽩序列⽐对
2.3蛋⽩模板选择
2.4 蛋⽩模型搭建
2.5模型评价（蛋⽩拉曼图）
2.6 蛋⽩模型优化
3.实例讲解与练习
⼩分⼦构建 1. ChemDraw软件介绍
1.1⼩分⼦结构构建
1.2 ⼩分⼦理化性质（如分⼦量、clogP等）计算
3.实例讲解与练习
⼩分⼦化合物库
⼩分⼦数据库
1.1 DrugBank、ZINC、ChEMBL等数据库介绍及使⽤1.2 天然产物、中药成分数据库介绍及使⽤
⽣物分⼦互作⽤Ⅰ
Autodock 1.分⼦对接基础
1.1分⼦对接原理及对接软件介绍
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