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答：是的。
问2：这种图用什么软件可以画出来？
答：MEME、weblogo都可以。
MEME:
Weblogo:
如果想要得到更好看的图片，可以试试LATEX
问3：转录因子怎么预测靶基因？
答：转录因子结合到什么区域具有保守性的，如果已经知道转录因子结合的序列是什么特点，可以在基因上游2K区域这段序列，如果可以到，那么这段序列就是潜在的能够被该 转录因子结合。
问4：转录因子怎么启动子序列?
答：首先，启动子序列没有很严格的定义，通常认为定义基因上游2K左右为潜在的启动子区，而到底转录因子结合到什么区域，要具体做靶基因预测。
问5：怎么知道是序列是转录因子？
答：使用序列在转录因子数据库进行blast 比对。
问6：请问JASPAR能分析细菌的转录因子么?
答：JASPAR数据库是由开发的转录因子结合位点（TFBS）数据库 链接：
五洲国际码头对于JASPAR数据库，包括脊椎动物，线虫纲，昆虫，植物，真菌，TF结构分类。
问7：JASPAR结果 strand 有正有负怎么取舍？raf
答：为什么要取舍呢，转录的时候，其实两条链都可以转录的。
问8：请问用什么方法可以在寻已知蛋白的结合蛋白时，假阳性最小？是blast比对吗？
答：是的。蛋白与蛋白的相互作用应该是PPI的相互作用。
问9：PPI的结果是预测的吗？可信度多高？
答：是预测的，可信度问题无法很好定义，所以后续要做酵母双杂交或免疫共沉淀实验验证；预测是无法解决问题的，只是给我们提供一些筛选结果，缩小验证范围。
问10：转录因子到的靶基因的启动子结合位点，是不是我们研究基因的启动子？
答：不一定，预测的结果还是需要验证实验来证实。而且一个转录因子可能有多个靶基因启动子结合位点。
南方医科大学学报
问11：如果一个基因序列没有2000bp，会有启动子区吗？
答：这里可能混淆了两个概念，通常说的启动子序列2K不算在基因序列里面。而基因序列通常是从转录起始位点开始算的；启动子序列是从转录起始位点上游开始算的，但同时这也是一种经验性、保守的说法，也有可能一些转录因子的启动子序列不是2K,或者是更远的
基因上游部分，2K通常囊括了大部分的启动子序列。
问12：在RNA-seq的差异表达的list里面有几个TF，有没有比较好的方式把TF的target形成的网络搞出来？
答： RNA-seq结果可以2个有用信息。
第一，如果TF在jasper数据库已经有人报道了有这个model，那么就可以利用靶基因预测的方法去TF的target基因。
第二，如果你的RNA-seq样本比较多，比如10个、8个，那么TF的target基因可能是很多的， 这时需要过滤一下。可以计算潜在target与TF表达的相关系数，如果存在潜在的正相关，就可以判定可能是被调控的。这样过滤完，一个TF剩下的target可能就几十个。接下来，把结果导入到cytoscape里面进行可视化，那么调控网络就可以做出来了。
问13：马家老鸡铺请问一下在细菌里，已知一段启动子序列，怎么寻可以与之结合的潜在转录因子呢？
答：在JASPAR数据库里面，将报道过的该启动子序列把他拿出来，包含的motif，全部预测一遍，就可以到转录因子。
问14：组蛋白修饰的启动子区域有没有特定的序列？
答：没有特定的序列。因为组蛋白修饰染体的某个状态，他是没有特定的规律的，比如H3K4三甲基化，他有时是可以转化成一甲基化的，或者不甲基化，或者乙酰化。这是说规律是可以调整的，所以组蛋白修饰更多是一个表观调控的一部分，他并没有非要什么样的序列来说被修饰的。
问15：为什么启动子区一定要三甲基化呢？
答：这是因为三甲基化染质的结构是不一样的，但因为染体结构不一样，意味着空间结构不一样；打个比方，一个转录复合物结合到的区域就相当于一个停车位一样的，所以组蛋白修饰状态不一样，它的复合物结合不上去。所以如果是一甲基化的，复合物结合不上去，自然就不可能是一个转录因子结合位点。
武汉科技大学外语外事职业学院
所以三甲基化这个信息是比较准确判断这个是否是个转录因子结合位点的非常可靠的一个
参考信息。
备注：第10页更新了相对打分的解释，纠正了之前公式的错误。
问16：增强子结合区域是1甲基化，但是增强子也属于TF，那么3甲基化也不是肯定的么？
答：增强子未必是转录因子结合区域，比如enhancer RNA，结合的蛋白类型更转录因子结合的区域还是有区别的，两者是不一样的。
问17：正义链和反义链是什么意思？启动子区域在不同链怎么？
答：比如人类基因组里面，正义链已经被人为定义好了，某一条链是正链，某一条即为反链。那具体到基因的话，我们知道RNA的转录是单链转录的，转录有可能转录正义链也有可能转录反义链，所以启动子肯定是跟你的转录链在同一条链的。所以启动子不可能在反义链上，这里的得反义链是DNA的反义链，但你的转录本就在反义链上所以启动子区域通常跟你的转录连在同一条链上。
问18：正向转录和反向转录启动子区域有什么不同呢？
答：没有什么不同。
齐鲁周刊
问19：染体的正负链，跟 DNA模板的正负链不一样吗？
答：正向的话，位于我们染体位置信息中数字比较小减去2K；反向的话，在染体位置信息中数字比较大的加上2K。
问：可以举个例子吗？
答：转录因子是结合启动子区域，起始转录；而小RNA一般是靶向拮抗转录本的表达。
问20：预测某个基因的启动子序列，应该使用正义链的序列（与mRNA一致）吧？
答：是的。
问21：转录因子为什么允许错配呢？
答：转录因子结合规律类似于microRNA跟靶基因的结合。就是说这些结合本身有一种互补配对能量的问题，就是吉布斯自由能。如果一个转录因子蛋白的某些序列，因为蛋白序列
有某些特性，就是说跟正靶向结合时候，他的结合能力是下降的。在任何一个转录因子，他可能一两个模型，可能允许错配2个地方， 有可能错配3个地方，这些模型允许错配，我们就来统计这些基因存在哪些错位位点，所以，我们就可以把转录因子的结合模型总结出来。
你再给一条序列，那么可以根据这个完美模型来判定这个错配会导致能量下降多少，如果能量为100%的话，我们认为能量讲到80%的时候就能结合了，但这80%也是人为定的标准，比如你觉得80%太严了，你可以降到70%也许是OK的。但这也是一种经验性的标准。
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