1、炎井温泉
UCSC(1)网址:http://genome.ucsc。edu/cgi-bin/hgNear中华虎凤蝶
在Genome里选择物种,比如human,search里输入你的基因名PTEN,点击Go(2)出现新的页面,看到“Known Gene Names”下面的PTEN了吧,点它(3)又回到了和(1)类似的页面,此时,点击sequence(4)出现一个新的页面,选中promoter,同时可以输入数值修改具体的序列区域,比如Promoter including 2000 bases upstream and 100 downstream,即表示启动子—2000~+100区域国宝沉浮录
(5)点击“get sequence”,出现页面中最上面的序列“〉uc001kfb.1 (promoter 2000 100) PTEN — phosphatase and tensin homolog”就是你要的人PTEN启动子—2000~+100区域的序列了 2、Ensembl
(1)网址:http://www。/index.html
在“Search Ensembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homo sapiens(人),for框中输入基因名PTEN,点击Go
云母片(2)出现的新页面中比较乱,但不要管它,直接寻“Ensembl protein coding gene ”字样的,对,也就是第二个,点击它
(3)新出现的页面也很乱,不过依然不用管它,看到左侧有点肉(实在不知道怎么描述
了)的那些选项了吗,对,就是“Your Ensembl"下面那一堆,在里面“Genomic sequence",点它我要看戏
(4)现在的界面就一目了然了,在“5’ Flanking sequence”中输入数值确定启动子长度(默认为600),比如1000,点击update;
(5)出现的序列中,标为红的就是基因的外显子,红之间黑的序列就是内含子,而第一个红自然就是第一外显子了,那么从开始的碱基一直到第一个红的碱基间自然就是启动子-1000~+1的序列啦
这样,你不仅查到了启动子,连它的外显子、内含子序列也全部搞定了
3、SIB-EPD
(1)网址:http://www。epd.isb—sib.ch/
高校资产管理系统(2)具体使用方法大同小异,就是输入物种名、基因名,限定启动子序列区域
不过有了前两个,我想已经足够用了,个人感觉SIB—EPD的库容量太小,很多基因查不到