启动子顺式作用元件之PLACE数据库是怎么用的??

启动⼦顺式作⽤元件之PLACE数据库是怎么⽤的??
写在前⾯:如果你不知道顺式作⽤元件是什么?请翻阅之前的⽂章:顺式作⽤元件的认识、查、分析
正⽂在这:今天有⼀个⼩伙伴在私信问我PLACE数据库怎么⽤
原谅我马赛克打的太丑
然⽽对于长期使⽤PLANTCARE的我来说,这个问题有点超纲。
中生菌素不过没事,不懂咱就学,还能咋滴是不是,毕竟实验汪的核⼼竞争⼒就来源于⾮常有耐⼼,学的快,上⼿快。
⾸先,最常⽤的两个分析⽹站的区别是?
植物顺式作⽤调控元件(PLANTCARE)数据库不仅收录了植物顺式作⽤元件,⽽且收录了植物增强⼦(enhancer)和抑制⼦(inhabitor)。
植物DNA顺式作⽤调控元件(PLACE)数据库是从已发表⽂献中搜集的植物的DNA顺式作⽤元件的基序(motif),该数据库标注了每个基序和相关⽂献摘要,但是仅包含维管植物。
zhif
来源于:王秋岩,何淑雅,马云,李俐娟,李斌元.启动⼦分析⽅法的研究进展[J].现代⽣物医学进展,2015, 15(14):2794-2800.
其次,两个分析⽹站的分析结果如何分析?
PLANTCARE的结果应不⽤多说吧,花花绿绿的元件,点击⼩加号,来源物种,具体位置和motif,功能⼀⽬了然。
但是PLACE的结果就让⼈有点不知所措了,密密⿇⿇的⼩⼦,整体颜⾊也让⼈感觉很严肃。
PLACE结果图⼀
以上图为例,⾸先1199是你输⼊序列的碱基数,(+)(-)则分别表⽰motif是正向(5’——》3‘)还是反向;接下来,让我们点开蓝⾊⼩字
S000265,页⾯⾃动跳转到其详细内容
PLACE结果图⼆
如果你想看懂这个结果,就⼀定要明⽩左侧的字母含义,所有含义均在下⽅列出,相信聪明的你肯定⼀看就懂哈。
ID, a unique identifier;
AC, a unique accession number; 同S000XXX细细的蓝线
DT, date of update;
DE, a brief description of the motif;主要也就是看看这⾥。
KW, keywords;设计施工一体化
OS, common name and/or scientific name of plant species;
RA, author name(s) of a relevant report;
RT, title of the report;
RL, bibliographic information of the report;
RD, PubMed ID numbers (of MEDLINE database at NCBI-NIH, USA) and/or GenBank accession number, where available;这⾥需要注意的是,并不是每个reference都有PubMed ID,如果有的话,恭喜,你可以点击PubMed ID直达原⽂。
亿目(repeat RA to RD for up to seven reports);
SQ, motif sequence。
高新技术产业化
怎么样,简简单单,
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本文发布于:2024-09-22 17:39:28,感谢您对本站的认可!

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