植物启动子-顺式作用元件-批量提取-预测-可视化分析

电脑点菜

潘金莲之前世今生小说image.png

于是得到了拟南芥所有基因的CDS上游2kb（已经⾃动处理正反链）

2.提取⽬标基因集合的启动⼦序列心血管病防治知识

这⼀步⽐较简单，直接使⽤TBtools

image.png 查看下提取出来的⽂件信息是否正确

image.png亚硝酸盐氮

数⽬没错，长度没错，不过都是⼩写的。

3.将序列全部转换成⼤写

image.png 4.提交到PlantC ar e⽹站进⾏顺势作⽤元件预测波洛克

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设置邮箱，选择要上传的⽂件（如果超过100kb，就⽤TBtools的Fasta Split 分割⽂件，逐个提交），点击上传，静等邮件

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4. 整理和简化PlantC ar e分析结果

⼤概过了15min之后，邮箱提⽰收到邮件，是⼀个压缩包，解压即是

每⼀个序列对应了⼀个⽹页可交互的结果，⽽我们直接查看汇总⽂件即可

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使⽤Excel打开，基于表格中的信息，如最后⼀列，筛选并保留有⼀定查看⽬的元件，如响应类元件

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义序筛选后

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剩下900多个元件，还是很多，接下来充分利⽤Excel的筛选⼯具（或者⾃⼰⼿动逐个修改）将同⼀类的响应类元件给与同样的标签，⼤概花了10来分钟....

本文发布于:2024-09-20 23:27:32，感谢您对本站的认可！

标签：元件查看基因上传邮箱序列结果信息

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