PubMed是因特网上重要的免费文献检索系统。
目前全球最著名的医学文献数据库系统是美国国立医学图书馆的MEDLINE,该数据库重数据免费提供给各个检索系统的开发商,因此在因特网上有重多的免费MEDLINE检索系统。这些系统所涵盖的文献年代、检索结果的输出格式 以及检索途径各不相同,但是,目前被医务人员广泛使用的仍然是美国国立医学图书馆的 PubMed系统 PubMed和NCBI:
1. 美国国立医学图书馆“NLM”
2. 早在1879年,编译医学文献的检索刊物IM
去离子水ph
3. 1964年采用计算机进行电子编辑和排版,在此基础上开发了“医学文献分析与检索系统”(即著名的MEDLARS)
4. 1971年正式建立了钙系统的联机系统,称为“MEDLARS联机检索系统,杨赤忠MEDLARS onlin
e,既MEDLINE系统。
5. PubMed则是NLM的国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)开发的一个以网络为基础的检索系统,自1997年免费提供服务
PubMed ――特点:
PubMed具有MEDLINE 所具有的各种检索和数据库优势,同时还具有以下特点:
⏹ 连接广泛:包括对外链接和对内链接,对内指与NCBI其它数据库的链接和PubMed文献相似度计算后的相关文献链接,对外连接指出版商提供的文献全文的连接,有免费和需要注册的。
⏹ 更新速度快:出版商直接把电子版提供给NLM
⏹ 收录文献范围广:三个层次的数据库:MEDLINE数据库、PreMEDLINE数据库和出版商直接提供的文献数据库等
PubMed ――收录范围
总体包括:
⏹ 辽宁电视台直播生活收录年限:1966~
⏹ 收录内容: 70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊的文献和一些非医学内容的文献,主要是MEDLINE。内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科,另外有非医学内容的文献,如science 和nature中具有地理学方面的文献。 ⏹ 收录文献量:1100,000条记录
文献来源:
⏹ MEDLINE:自1966年以来71个国家出版的4000多种期刊。有UI和PMID。带有标识[PubMed-index for MEDLINE]
⏹ PreMEDLINE:处于加工阶段的文献记录,尚未表引主题词。有UI和PMID。带有[PubMed-in process]标识。
出版商提供的文献数据:出版商以电子版形式先将文献传送给PubMed。仅有PMID。带有[
PubMed-as supplied by publisher]标识。MEDLINE对某些期刊中的文章是选择性的收录,一些非医学的文章不被MEDLINE收录,但是出版商将这些文章的电子版提供给PubMed;另外一种情况是出版商还把不被MEDLINE收录的过期刊文章的电子版提供给PubMed,如:MEDLINE自1999年开始收录Molecular Diagnosis,但是出版商把1999年以前的文章的电子版都提供给了PubMed。
Pub主页:NCBI
一.边框内容:
1. Entrez PubMed:有关PubMed 概述、常见的问题解答、应用手册和New/Noteworthy:提供有关近期活即将发生的PubMed系统扩增的信息
2. PubMed Services:
journals database:用期刊的全名、标准的缩写、国际标准系列号(ISSN)查询。如
Blood 为期刊的全文;而:“N Engl J Med ”为MEDLINE期刊的标准缩写。如果一个期刊的
名称正好是MeSH主题词,PubMed将按MeSH转换同时加自由词检索,而不按期刊名称转换,如“science”。如果要检索Science杂志,应该写为“science[TA],表示:Journal Title Abbreviation 包括期刊的全名、标准的缩写、国际标准系列号(ISSN)。
MeSH Browser:用于浏览MeSH词表。
Single citation matcher: 单批论文匹配器,可查询单批论文。允许用户使用填空形式输入期刊的著录信息来寻一篇论文,包括期刊名称、卷、期、起始页和终止页、文章的题目等信息。
Batch citation matcher: 成批论文匹配器,可一次性查询多篇文章,允许用户按照指定的格式输入著录信息,包括刊名、卷、页等。格式为journal_title|year|volume|first_page|author_name|your_key|
结果可以通过EMAIL返回
Clinical querier: 通过一种内置的检索过虑器,即事先设计好检索策略的组合,保正用户可以检索到应用循证医学活动的相关文献,是为临床医生而设计,与疾病的、诊断
、病因和预后等相关的文献,设有循证医学的系统综述。通过设立2种Filter,限制检索范围。
sensitive search (broad) : (sars) AND (randomized controlled trial[Publication Type] OR
(randomized[Title/Abstract] AND controlled[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract]))
specific search (narrow) : (sars) AND ((clinical[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract])
OR clinical trials[MeSH Terms] OR clinical trial[Publication
Type] OR random*[Title/Abstract] OR random allocation[MeSH
Terms] OR therapeutic use[MeSH Subheading])
Cubby: (小仓库)可以方面用户在多次检索文献时自由的存储检索策略。但是1.不能保存通过Related Articles链接得到的相关文献。2.检索式的序号(#3)不能用在此。所存
检索结果以日期及保存的时间顺序递减排列,即后输先排。3.最多可存100个检索式
3. Related Resource:
order documens: 直接通过当地的医学图书馆订全文
NLM gateway: 另外一种文献检索系统,是由NLM的里斯特-希尔国家生物医学交流中心(Lister Hill National Cener for Biomedical Communications, LHNCBC)开发建立,2000年10月16日正式向公众开放。它可以在一个界面上同时检索NLM的多个检索系统或数据库,多许多NLM的信息资源实现“一站检索”。其使用对象主要是那些刚刚利用NLM网上资源,但又不知道有何资源可利用,也不知道如何进行检索的临床医师、卫生保健相关人员、图书馆员、研究人员、学生、患者及其家属等。检索者可快速查询到所需的信息资源。
Consumer health: 基于网络的公共健康信息
Clinical alerts: 提供NIH资助的临床试验结果,这些结果能够明显的影响疾病的发生率和死亡率
v: 进入NIH/NLM网页浏览定期更新的有关政府或私人资助的临床研究项目的信息
PubMed central: 由NCBI主办的免费的医学全文电子期刊
二. PubMed检索
(一) 一般检索:
PubMed 马克思主义认识论检索规则和语法
① 布尔运算符AND ,OR ,NOT 必须大写,例如,vitamin c OR zinc ;
② 如想查词组须用英文双引号,如”t cell receptor”
③ PubMed 从左至右进行布尔运算,圆括符可以改变运算顺序;运算顺序是:
NOT>AND>OR ,利用括号可以不过多考虑运算顺序。如common cold AND (vitaminc OR zinc)。括弧内的字段是作为一个整体来处理的。
④ 如果输入的字段含有主题词组,PubMed 优先按词组检索。如果不希望这样,应该
加布尔运算符。例如输入:air bladder fistula ,PubMed 会将"air bladder"作为词组。
此时应输入:air AND bladder AND fistula 。
⑤ 字段标记符(tag )使用规则:只能在词后加字段标记符,如:romatherapy [mh],
mh 为主题词缩写,必须用封闭的方括弧[ ],大小写和空格会被忽略,如crabs [mh]
= Crabs[MH]。
⑥ 日期格式:采用YYYY/MM/DD [ DP ] english translation格式,如1998/03/06 [ dp ] ,1999/10 [EDAT]。
月和日可以不写。输入日期范围则用冒号连接,如1996 :1998 [ dp ] ,1998/01 :1998/04
[ dp ] 。日期字段标记符有3 个: Date of Publication [DP] :出版日期;
Entrez Date[EDAT] :进入PubMed 的日期;
MeSH Date [MHDA]:该引文被 MeSH 主题词编入索引的日期。
⑦ 期刊标记符有3 个:jsubseta - Abridged Index Medicus 只检索《医学索引》;jsubsetd-
Dental 只检索《牙科文献索引》;jsubsetn - Nursing 只检索《护理学索引》的期刊
例如: neoplasms AND jsubseta
⑧ 检索须有摘要的文献,使用 "hasabstract"。 如: neoplasms AND hasabstract
⑨ 检索印刷前的引文,使用"pubstatusaheadofprint"。 例如: pubstatusaheadofprint AND
特点:
1. 默认布尔逻辑运算符,但要大写,包括AND 广州市市长、OR、 NOT。
2. 词组的检索要用双引号“XX XX”
3. 截词符为星号,只能用在单词的后面,最多包括150个单词,不默认空格。
4. 检索词的自动转换功能: 对于不规范的自由词通过以下方式(顺序)进行自动转换:
MeSH Translation Table
Journals Translation Table:如果检索词既是MeSH又是Journals,只进行MeSH检索