RNA分子生物学参考题及答案

名词解释:
1. imprinted RNA
某些基因呈不遵从孟德尔定律的亲源依赖性单等位基因表达, 其另一等位基因不表达或表达极弱,具有这种现象的基因被称为印迹基因。基因组印记(genomic imprinting),又称遗传印记(genetic imprinting)或亲本印记(parental imprinting),指控制某一表型的一对等位基因由于亲源不同而差异性表达,即机体只表达来自亲本一方的等位基因。由印记基因转录的非编码RNAimprinted RNA
2. 染质免疫共沉淀
在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起,通过超声或酶处理将染质切为小片段后,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来。流程:甲醛处理细胞---收集细胞,
超声破碎---加入目的蛋白的抗体,与靶蛋白-DNA王馨流产复合物相互结合---加入ProteinA,结合抗体-靶蛋白-DNA复合物,并沉---对沉淀下来的复合物进行清洗,除去一些非特异性结合---洗脱,得到富集的靶蛋白-DNA复合物---解交联,纯化富集的DNA-片断---PCR分析。
3. ito导电膜lncRNA
Transcripts longer than 200 nucleotides that have little or no protein-coding capacity. Long ncRNAs can regulate gene expression through a diversity of mechanisms.
4. snRNA
细胞内有小核RNA(small nuclearRNAsnRNA)它是真核生物转录后加工过程中RNA剪接体的主要成分,参与mRNA前体的加工过程。现在发现有五种snRNA爱意在细微处弥散,其长度在哺乳动物中约为100-215个核苷酸。snRNA一直存在于细胞核中,与40种左右的核内蛋白质共同组成RNA剪接体,在RNA转录后加工中起重要作用。另外,还有端粒酶RNA它与染体末端的复制有关;以及反义RNA,它参与基因表达的调控。
5. piRNA
piRNA(piwi-interactin RNA), 是近年来新发现的一类内源性非编码的小RNA 分子, 大小集中在26-31nt, 能够特异性地同Argonuat 蛋白家族中的Piwi 亚家族蛋白结合,主要在生殖细胞中表达,与精子发生,生殖细胞成熟相关。
6. gRNA
gRNA即引导RNA,是引导RNA编辑的RNA分子,长度大约是60~80个核苷酸,是由单独的基因转录的,具有3’寡聚U的尾巴,中间有一段与被编辑mRNA精确互补的序列,5’端是一个锚定序列,它同非编辑的mRNA序列互补。在编辑时,形成一个编辑体,以gRNA内部的序列作为模板进行转录物的校正,同时产生编辑的mRNAgRNA 3’端的oligo(U) 尾可作为被添加的U的供体。
7. RNA编辑
是指在RNA水平上改变遗传信息,导致成熟RNA编码序列和它的转录模板之间不匹配,信息改变的方式包括碱基取代、插入或缺失等。
8. 细菌非编码RNA
细菌非编码RNA(small non-coding RNA, sRNA)是一类长度在50~500个核苷酸, 不编码蛋白质的RNA。迄今, 在各种细菌中共发现超过150多种sRNA。它们通过碱基配对识别靶标mRNA, 在转录后水平调节基因的表达, 是细菌代谢、毒力和适应环境压力的重要调节因子。
9. 基因沉默
基因沉默是指生物体中特定的基因由于种种原因不表达. 基因沉默发生在两种水平上,一种是由于DNA甲基化、异染质化以及位置效应等引起的转录水平上的基因沉默(tran-scriptional gene silencing,TGS),另一种是转录后基因沉默(post-transcriptional gene silen-cing,PTGS),即在基因转录后的水平上通过对靶标RNA进行特异性降解而使基因失活。在这两种水平上引起的基因沉默都与基因的同源性有关,称为同源依赖性的基因沉默(homology-dependent gene silencing,HDGS)
10. mRNA剪接
mRNA前体去除掉内含子而保留外显子的修饰过程。
11. microRNA
MicroRNA (miRNA) 是一类由内源基因编码的长度约为22 个核苷酸的非编码单链RNA 分子,它们在动植物中参与转录后基因表达调控。到目前为止, 在动植物以及病毒中已经发现有4361 miRNA 分子。大多数miRNA 基因以单拷贝、多拷贝或基因簇(cluster) 的形式存在于基因组中。
12. mRNA
messenger RNA,携带从DNA编码链得到的遗传信息,并以三联体读码方式指导蛋白质生物合成的RNA,由编码区、上游的5非编码区和下游的3非编码区组成。约占细胞RNA总量的3%~5%。真核生物mRNA的5端带有7-甲基鸟苷-5-三磷酸的帽子结构和3端含多腺苷酸的尾巴。由核内不均一RNA剪接而成,可作为模板指导翻译产生具有特定氨基酸序列蛋白质的RNA携带从DNA编码链得到的遗传信息,在核糖体上翻译产生多肽的RNA
13. XIST
X-inactive specific transcript的缩写,属于Imprinted RNA,具有一些特性1.仅仅在多于一
X染体的细胞中转录。2.仅仅转录两条X染体中的一条,随机转录父方或母方来源的X染体。3.不编码蛋白质,整个RNA作为功能分子。4.XIST从其转录的位点包裹产生它的X染体,从而使染体失活。
14. RISC
RNA-induced silencing complex (RISC):一种RNA-蛋白质复合物,通过与目标mRNA完全或者部分的互补配对来实施切割或者翻译抑制功能。SiRNA组装siRISCmiRNA组装miRISCRISCs(无论siRISC还是miRISC)包括两种类型:切割型和不切割型。现在的研究表明,RISC当中的AGO白质决定了RISC是切割型的还是不切割型的。
15. Drosha
Drosha is a Class 2 RNase III enzyme responsible for initiating the processing of microRNA (miRNA), or short RNA molecules naturally expressed by the cell南水北调工程 that regulate a wide variety of other genes by interacting with the RNA-induced silencing complex (RISC) to induce cleavage of complementary messenger RNA (mRNA). A microRNA mol
ecule is synthesized as a long RNA primary transcript known as a pri-miRNA, which is cleaved by Drosha to produce a characteristic stem-loop structure of about 70 base pairs long, known as a pre-miRNA. Drosha exists as part of a protein complex called the Microprocessor complex, which also contains the double-stranded RNA binding protein Pasha (also called DGCR8), which is essential for Drosha activity and is capable of binding single-stranded fragments of the pri-miRNA that are required for proper processing.
16. Dicer
RNase III家族中特异识别双链RNA的一员,它能以一种ATP依赖的方式逐步切割由外源导入或者由转基因,病毒感染等各种方式引入的双链RNA,切割将RNA降解为19-21bp的双链RNAs(siRNAs),每个片段的3’端都有2个碱基突出。Dicer在催化过程中以二聚体的形式出现,其催化结构域在dsRNA上反平行排列,形成4个活性位点,但只有两侧的2个位点有内切核酸酶活性。
17. Northern Blot
Northern杂交是利用DNA可以与RNA进行分子杂交来检测特异性RNA的技术,首先将RNA混合物按它们的大小和分子量通过琼脂糖凝胶电泳进行分离,分离出来的RNA转至尼龙膜或硝酸纤维素膜上,再与放射性标记的探针杂交,通过杂交结果可以对表达量进行定性或定量。Northern杂交与Southern杂交相比,条件要严格些,特别是RNA容易降解。
问答题:
1. Piwi 亚家族蛋白有哪3 种蛋白成员,如果它们突变或缺失对生殖细胞有什么影响?
答:MIWIMILI MIWI2 (主要局限于生殖细胞中表达), MILIMIWI 在精子发生过程的不同阶段先后表达,三者的突变会引起精子发生出现显著缺陷,致使雄性不育。
2. RNA编辑的部位和作用
RNA5’区域、编码区、3’非翻译区及PolyA)尾都可发生RNA编辑,使mRNA获得功能,翻译成功能性的蛋白质。其作用有:
①产生起始位点。CyBCOIIIMURF3基因没有AUG湖南假烟团伙被端起始密码子,通过RNA编辑后,在阅读框内创造了AUG
②创造连续的或延续的开放阅读框。布氏锥虫中的COIIImRNA55%发生了剪辑,在731个核苷酸区域内的145个位点增加了407Us,在9个位点删除了19真菌之怒Us
③产生终止密码子。COIIImRNA通过剪辑在3’端产生终止密码子。
④在PolyA)尾中添加Us,由此影响mRNA的稳定性,从而影响mRNA和蛋白质的丰度。
3. 按照细菌非编码RNAsRNA)发挥功能的机制不同,可将其分为哪几类?
答:不同的sRNA发挥功能的机制不同。按照发挥生物学功能的形式,目前可以把细菌非编码RNA分为3类。
(1) 行使管家功能的sRNA。它们是高度表达并且是必需的。目前至少发现3种该类型的sRNA,包括具有酶催化活性并形成RNaseP的催化亚单位M1 RNA、转移信使tmRNA及组成核糖核蛋白(RNP)复合物的4.5S RNA
(2) 蛋白质结合sRNA。如6S RNA在原核生物中高度保守并且在稳定期逐渐积聚,它能够与ơ70-RNA聚合酶相互作用并改变它对启动子识别的特异性。
(3) mRNA相互作用的调控sRNA。这是细菌sRNA发挥调节功能最为普遍的一种形式,目前发现的细菌sRNA绝大多数都属于这个类型。 
总分100
考勤 20
平时作业 5
Talk 35
开卷考试 40

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