Discovery Studio官方教程--预测蛋白质序列性质(PTM、抗原表位、亲水疏水性等)

目的：通过此教程，了解Discovery Studio中预测蛋白质二硫键的操作过程。

所需功能和模块：Discovery Studio Client，DS Sequence Analysis

meta分析所需数据文件：1jfq.fasta

所需时间：1小时

介绍

Predict Protein Sequence功能可基于单一蛋白序列预测并计算如下性质：

基于蛋白序列预测蛋白翻译后修饰（PTM）位点：

氧化位点、糖基化位点、水解位点、脱酰胺基位点、裂解位点、天冬氨酸异构化位点

基于蛋白序列预测抗体中保守氨基酸残基

基于蛋白序列预测抗原表位

基于蛋白序列识别半胱氨酸、二硫键中的半胱氨酸的识别（需提供蛋白结构）

基于蛋白序列计算生物物理学性质，包括分子量、等电点、净电荷、摩尔消光系数、包涵体表达发生几率；中国新技术新产品

基于蛋白序列预测蛋白亲疏水性、跨膜区。

蛋白质序列的分析预测

首先从北京同性恋RCSB网站下载1jfq.fasta文件，将文件中的冒号改为"_"，将文件中的"|"改为空格，在写字板中删除轻链(L)部分。在文件浏览器（Files Explorer）中，到1jfq.fasta文件，双击打开在分子窗口中显示。

图1

在工具浏览器（Tools Explorer）中，展开Macromolecules| Analyze Sequences，点击Predict Sequence Properties。

流程对应参数在参数浏览器中打开。

Input Sequences设置为1jfg:All。

如有相应蛋白结构，则可设置Input Protein Structures参数，若无法提供，则该参数空着即可。

设置Calculate Biophysical Properties参数为True，用于计算蛋白的分子量、等电点、净电荷、摩尔消光系数、包涵体表达发生几率等生物物理学性质。

点击Annotation Types下拉菜单，可勾选Sequence motifs，基于PROSITE预测蛋白翻译后修饰位点（PTM位点）；也可勾选Conserved amino acids识别出抗体中的保守残基；也可勾选Antigenic regions预测蛋白潜在的抗原线性表位。

点击Motifs参数右侧按钮，弹出对话框。（图2）

可选择不同的翻译后修饰位点类型。

其余参数设置为默认参数，点击Run运行。（图3）

图2

固晶机图3

点击Background等待作业运行。

作业完成后，展开陈和平作业浏览器（Jobs Explorer）中该任务并点击Report链接，在Html窗口中打开Report页面。

结果分析

在Report页面中可以看到Summary一栏显示了所有基于蛋白序列预测计算得到的信息（图4）。

图4

点击表格中Sequence Features栏的19Features链接，会打开一张表格。（图5）

该表格中显示了该蛋白序列中预测出的19个sequence feature及每个feature所对应的序列。

图5

在Report页面中点击View Results。

会打开两个窗口。（图6）北京现代汽车培训管理系统

其中一个窗口为序列窗口，不同sequence feature对应序列用不同颜进行标注；另一窗口用块标注出了所有预测的sequence feature。这两个窗口可以交互式对应，如在下图右侧窗口中选中相应sequence feature，则左侧窗口中相应序列即被选中。

图6

本文发布于:2024-09-21 05:41:06，感谢您对本站的认可！

标签：蛋白序列预测位点参数计算浏览器

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