如何进行质粒查

丹尼博伊尔经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱,很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易到了,刚开始帮忙查了下,还公布了一些查质粒图谱比较好的网站,后来看得多了,很多时候,这样的帖子直接跳过了。今天又看到几个求质粒图谱的帖子,因此决定就查质粒图谱的方法,写个总结帖子,希望对虫子们有些帮助。这些方法,大部分是自己学习的过程中积累的,也许总结得还不够全面,望其他虫友指正。
方法一:安装软件Vector NT
      做分子实验,经常和不同的质粒打交道,了解各种质粒的图谱信息是必需的,invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音,功能强大、界面美观,使用起来很人性化。后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上,因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观,安装这款软件是非常必要的。而且,一旦安装了这款软件,你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱(不是有虫子求pRS系列质粒吗?帖子链接emuch/bbs/viewthread.php?tid=3103223&fpage=1,如下图,数据库中本身就有很多)。这里就不一一细说,各位虫子可以自己体验下。(这款软件的下载和使用说明书站内很多)
方法二:查质粒图谱的网站: 
这个之前有人求助质粒图谱时,我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址,估计不是专题,很多人没看到,现在在此重新总结下
中国课堂教学网1.Vector Database
地址:/g?a=vdb
这个网站很页面很人性化,直入主题,也是我经常用到一个网站,比如同样这个帖子求pRS类质粒图谱(注意,是一类质粒图谱,没关系,照样能到),直接在搜索框输入pRS,可以看到,之类质粒一共有三十多个。
到自己需要的质粒名称,点击进入,就可以看到质粒图谱了
碳化硅纳米线拿第一个质粒pRS413举例,如上图,质粒图谱是不是很难看,对,我也觉得很难看,没关系,看见view sequence了吗?点击进入,我们就得到该质粒图谱的序列了。
纪念马克思200周年如何得到比较好看的质粒图谱呢,看到GeneBank了吗?对,熟悉vector的虫子们肯定知道该如何做了,对,点击进入,如下图,复制所有的代码部分,新建txt文件,粘贴上代码后,将文件扩展名由txt更改为gb格式,导入vector,你就可以在vector里面看到质粒图谱了。
金属表面耐磨涂层因为这个网站我经常用,并且和NCBI网站的运用方式一样,以及和Vector软件的配合使用,因此讲解比较啰嗦。
2.Vector DB
网址:genome-www.stanford.edu/vectordb/vector.html
这个网站我也用得比较多,总结和分类都比较完整。基本包括了所有表达系统的质粒信息。
不过唯一有一点不爽的就是,这个网站竟然没有搜索栏啊,太不人性化了。那如何在那么多质粒信息中查到我们所需要的质粒的信息呢?没关系,我们有网页字符查功能,见红标记部分。
方法是:网页工具栏 编辑--------在此页上查,然后输入你的质粒名称,就可以了。比如:我们输入pRS,是不是就和搜索栏一样出现有用信息了?
点击我们需要的质粒进入下以页面,以质粒pRS303为例,如下图。有用信息除了对该质粒进行的一些描述性语言外,最重要的要算是红标记部分了,sequence link进入是该质
粒的序列。NCBI link,点击直接进入了NCBI,如何在NCBI中得到质粒图谱,下面将进行详细解释。
吴迪 网球
3.NCBI
网址:bi.v/
真不好意思,这么重要的网站,留到这时候才介绍,NCBI功能很广泛,其他功能我就不介绍了,重点介绍如何用NCBI查质粒图谱信息。如下图,search下拉框中选中Nucleotide,搜索栏输入质粒名称,拿pRS303举例:
search后,得到搜索结果,如下图,点击右边的send to,选中file,genebank等选项,点击Create File选项,得到一个gb格式的文件,导入vector软件中,就得到了我们需要的质粒图谱了。

本文发布于:2024-09-23 08:20:24,感谢您对本站的认可!

本文链接:https://www.17tex.com/xueshu/472720.html

版权声明:本站内容均来自互联网,仅供演示用,请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系,我们将在24小时内删除。

标签:质粒   图谱   查找   虫子   软件
留言与评论(共有 0 条评论)
   
验证码:
Copyright ©2019-2024 Comsenz Inc.Powered by © 易纺专利技术学习网 豫ICP备2022007602号 豫公网安备41160202000603 站长QQ:729038198 关于我们 投诉建议