之前的推⽂跟⼤家交流的是关于⼀些甲基化概念的东西，从现在开始要跟⼤家开始聊聊真正的甲基化数据的分析和处理了。当然，⽬前有很多⽹站⽀持甲基化数据的在线分析，但是如果⼤家希望⾃⼰的数据分析更加个性化以及多元⼀点，还是建议⼤家下载原始数据或者矩阵数据进⾏处理。 废话不说，开始正式的讲解。
1
我们选择第⼀个进去。发现该数据集研究的是⾃发性肺纤维化。vb脚本
轮廓度
该数据集是由12个样本组成，其中前8个样本是肺纤维化，后⾯4个为正常对照组。在该数据集中，我们下载矩阵数据。可以直接点击Series Matrix file(s)直接进⾏下载。但是在这⾥，我们打算⽤代码进⾏下载和处理。
2
同时，我们需要⼈为地⽣成⼀个的⽂件。这个⽂件由两列构成，分别为group和sample。具体的需要根据每个数据集进⾏调整。
3
开始加载我们分析所需要的R包，并对数据进⾏下载，读取和简单的预处理。
这⾥我们可以看⼀下标准化之前和之后的箱线图的分布。我们可以看出，标准化处理之前的箱线图的中位值未处于同⼀⽔平线上。⽽标准化处理后的箱线图中所有样本均处于同⼀⽔平线上，使各种实验条件下的测量可以相互⽐较，消除测量间的⾮实验差异。这样所有的样本就具有可⽐性了。
4
我们需要对我们的数据进⾏质控，只有数据质量达到标准，我们后续的分析才能有保障。
这张densityBeanPlot图我们可以发现这批样本甲基化⽔平有两个峰，第⼀个峰位于0附近，第⼆个峰位于1附近，这⾥可以看到甲基化⽔平的⼀个整体的分布。
抚州地质学院5
我们对甲基化位点进⾏甲基化分析并绘制热图。focusaudio
妈祖城网
6
6
我们对甲基化差异的区域也需要进⾏分析。
7
我们打开dmrs.xls⽂件，发现没有基因的名字，所以最后⼀步，我们需要对这个⽂件进⾏注释。注释过程我们需要以下⼏列数据，chr, start, end, Ref，Alt。其中Ref，Alt这两列数据缺失，需要⼿动⽤0补充。
以上就是甲基化矩阵数据的分析过程，整个操作过程也⽐较简单，希望⼤家不要只看⼀下哦，最好是操作⼀遍。另外对每条代码也最好去仔细理解⼀下。下次推⽂开始，我们开始要讲解关于原始甲基化数据的处理！
征稿启事
七月论坛「医学⽅」现正式向粉丝们公开征稿！内容须原创⾸发，与科研相关，⼀经采⽤，会奉上丰厚稿酬（300-2000元），详情请戳。
“医学⽅”始终致⼒于服务“医学⼈”，将最前沿、最有价值的临床、科研原创⽂章推送给各位临床医师、科研⼈员。
豫公网安备41160202000603
站长QQ:729038198
关于我们
投诉建议