2020-01-14学习笔记：mRNA与IncRNA
长链⾮编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是⼀类存在于真核⽣物中，长度⼤于200个核苷酸，同时不表现出任何蛋⽩质编码潜能的⾮编码RNA。
最初它们被认为是RNA聚合酶Ⅱ转录的副产物，没有⽣物学功能。但是随着研究的深⼊，⼈们发现：虽然lncRNAs本⾝不编码蛋⽩质，却在真核⽣物的基因表达调控中起着⾮常重要的作⽤，它以RNA的形式参与了⽣物体基因组印记、染⾊质修饰，转录激活、转录⼲扰，核内运输等多种重要的调控过程，从⽽发挥其⽣物学功能。lncRNAs的长度通常在200nt～100000nt之间，结构类似于mRNAs，经过剪接，具有poly(A)尾巴和启动⼦结构。由于lncRNAs与mRNAs存在⼀定的相似性，且lncRNAs与mRNAs均存在⽣物学功能，因此对lncRNAs与mRNAs的鉴定及区分⼯作尤为重要。 政府预算收支科目客户满意度评价系统lncRNA在⽣物体内含量相当丰富，约占RNA的4-9%（mRNA约占1-2%）。lncRNA的组织特异性及特定的细胞定位，显⽰lncRNA受到⾼度严谨的调控，⽬前已知其与发育、⼲细胞维持、癌症及⼀些疾病相关。虽然近年来随着基因芯⽚及第⼆代⾼通量测序技术的⼴泛运⽤，lncRNA不断被发现，但此类转录本的确切功能还未知。⽬前市场上的lncRNA芯⽚通常将lncRNA与mRNA设计在⼀起，RNASeq数据中也包含lncRNA, mRNA序列，因此可以通过分析lncRNA与mRNA表达相关性对lncRNA进⾏功能注释。
可以分析的内容：
①计算LncRNA与mRNA表达相关性，根据设定的域值筛选lncRNA与mRNA关系对，构建lncRNA与mRNA共表达⽹络95新歌
②基于lncRNA与mRNA表达相关性以及lncRNA与mRNA基因组位置近邻关系，得到lncRNA的潜在靶标基因，对差异表达的lncRNA靶标基因进⾏功能注释以及功能富集分析
③研究lncRNA与mRNA的共表达⽹络的拓扑学特性，基于度筛选⽹络拓扑上重要的lncRNA，这些lncRNA极有可能是与研究背景相关的lncRNA
④客户提供研究背景相关⼀组基因，根据表达相关性可以出与这组基因相关的lncRNA，从⽽构建出感兴趣的共表达⽹络。通过构建的共表达⽹络能进⼀步到感兴趣的 hub lncRNA
lncRNA深度挖掘分析
山东小狐仙1 差异lncRNA靶基因预测
lncRNA的靶基因较为复杂，主要分为正式和反式两种作⽤机制.lncRNA作⽤机制与miRNA类似，均可以通过调控相应的mRNA来⾏使功能，所以靶基因的预测在科学研究中都显得⾮常必要。
2 靶基因Gene Ontology分析
我们将靶基因向gene ontology数据库的各节点映射，计算每个节点的基因数⽬.
NMS3 靶基因Pathway分析
信号通路分析需要完备的注释信息⽀持，通过整合KEGG、Biocarta、Reactome等多个数据库的信息可以精确检验来进⾏Pathway的显著性分析。
4 lncRNA与调控基因的表达机制
通过整合lncRNA的信息和靶基因之间的关系，我们可以得到⼀个lncRNA与靶基因之间的调控⽹络图.
5 转录因⼦结合位点预测
对于差异表达lncRNA，提取转录起始位点上下游序列，使⽤预测程序对其转录因⼦结合位点进⾏预测.
6 基因关联分析
现在市⾯上的lncRNA芯⽚均含有mRNA的表达探针，通过将lncRNA的靶基因分析结果与芯⽚上mRNA的表达结果做关联分析，可以更进⼀步的分
析lncRNA的功能。
7 信号通路调控⽹络构建：牡丹江木工机械厂
实验中基因同时参与了很多Pathway，通过构建信号通路调控⽹络，从宏观层⾯看到Pathway之间的信号传递关系，在多个显著性Pathway中发现受实验影响的核⼼Pathway，以及实验影响的信号通路之间的调控机理。
8 lncRNA的功能分析
根据lncRNA最新的功能数据库，利⽤⽣物信息学⼯具，做出Function-Tar-Net图表，从⽽得出lncRNA与功能的关系
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