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R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记--转载

R语⾔可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记--转载

#先加载包

library(ggpubr)

#加载数据集ToothGrowth

data("ToothGrowth")

head(ToothGrowth)

## len supp dose

## 1 4.2 VC 0.5 ## 2 11.5 VC 0.5 ## 3 7.3 VC 0.5 ## 4 5.8 VC 0.5 ## 5 6.4 VC 0.5 ## 6 10.0 VC 0.5

⽐较⽅法

R中常⽤的⽐较⽅法主要有下⾯⼏种：

⽅法R函数描述

st()⽐较两组(参数)

Wilcoxon st()⽐较两组(⾮参数)

ANOVA aov()或anova()⽐较多组(参数)

st()⽐较多组(⾮参数)

各种⽐较⽅法后续有时间⼀⼀讲解。

添加p-value

主要利⽤ggpubr包中的两个函数：

compare_means()：可以进⾏⼀组或多组间的⽐较

stat_compare_mean():⾃动添加p-value、显著性标记到ggplot图中

小雪花的泪compare_means()函数

该函数主要⽤⽤法如下：

compare_means(formula, data, method = "st", paired = FALSE,

group.by = NULL, up = NULL, ...)

缓冲垫

注释：

formula：形如x~group，其中x是数值型变量，group是因⼦，可以是⼀个或者多个

data：数据集

method:⽐较的⽅法，默认为"st", 其他可选⽅法为："t.test"、"anova"、"st"

特雷诺指数paired：是否要进⾏paired test(TRUE or FALSE)

group_by: ⽐较时是否要进⾏分组

指定参考组

stat_compare_means()函数

主要⽤法：

stat_compare_means(mapping = NULL, comparisons = NULL hide.ns = FALSE,

label = NULL, label.x = NULL, label.y = NULL, ...)

注释：

mapping：由aes()创建的⼀套美学映射

comparisons：指定需要进⾏⽐较以及添加p-value、显著性标记的组

hide.ns：是否要显⽰显著性标记ns

label：显著性标记的类型，可选项为：p.signif(显著性标记)、p.format(显⽰p-value) label.x、label.y：显著性标签调整

...：其他参数

⽐较独⽴的两组

compare_means(len~supp, data=ToothGrowth)

结果解释：

.y：测试中使⽤的y变量

p:p-value

p.adj：调整后的p-value。默认为hod="holm"

p.format：四舍五⼊后的p-value

p.signif：显著性⽔平

method:⽤于统计检验的⽅法

绘制箱线图

p <- ggboxplot(ToothGrowth, x="supp", y="len", color = "supp",

palette = "jco", add = "jitter")#添加p-valuep+stat_compare_means()

#使⽤其他统计检验⽅法

上海冷气机厂

p+stat_compare_means(method = "t.test")

上述显著性标记可以通过 label.x、 label.y、 hjust及 vjust来调整

显著性标记可以通过 aes()映射来更改：

aes(label=..p.format..)或aes(lebel=paste0("p=",..p.format..))：只显⽰p-value，不显⽰统计检验⽅法aes(label=..p.signif..)：仅显⽰显著性⽔平

约玛奥利拉aes(label=paste0(..method..,"\n", "p=",..p.format..)):p-value与显著性⽔平分⾏显⽰

举个栗⼦：

p+stat_compare_means(aes(label=..p.signif..), label.x = 1.5, label.y = 40)

也可以将标签指定为字符向量，不要映射，只需将p.signif两端的..去掉即可p+stat_compare_means(label = "p.signif", label.x = 1.5, label.y = 40)

⽐较两个paired sample

compare_means(len~supp, data=ToothGrowth, paired = TRUE)

道路石油沥青利⽤ggpaired()进⾏可视化

ggpaired(ToothGrowth, x="supp", y="len", color = "supp", lor = "gray", line.size = 0.4, palette = "jco")+ stat_compare_means(paired = TRUE)

多组⽐较

Global test

compare_means(len~dose, data=ToothGrowth, method = "anova")

可视化

ggboxplot(ToothGrowth, x="dose", y="len", color = "dose", palette = "jco")+ stat_compare_means()

本文发布于:2024-09-21 16:26:19，感谢您对本站的认可！

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