关于16S基础知识
核糖体:Ribosome,由 RNA(rRNA)和蛋白质 组成,配合 tRNA 来翻译 mRNA。核糖体按沉降系数来分类,S就是沉降系数,原核70S,真核80S。我们一般研究微生物,70S,由50S和30S两个亚基组成。再细分为 5S、16S、23S,我们的 16S 就是指核糖体的亚基的一个组分,16S rRNA。(记住,这是原核生物核糖体的一个组分) 2012安徽文综
16S rRNA:这并不是我们的研究对象,因为我们测序的不是它,而是它对应在DNA双链上的基因序列,16S rDNA。可以这样理解,我们所说的16S 就是指 反垃圾邮件系统16S rDNA。广西电影制片厂
分子钟孕妇职业装:即氨基酸在单位时间以同样的速度进行置换。16S 的进化具有良好的时钟性质,在结构与功能上具有高度的保守性,在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝,5S、16S、23S rDNA的拷贝数相同。16S rDNA由于大小适中,约1.5Kb左右,既能体现不同菌属之间的差异,又能利用测序技术较容易地得到其序列,故被细菌学家和分类学家接受。(来源百度)
普天间基地所以,16S测序的大致逻辑就是:
拿到一个样品,我们捕获其16S区域(引物PCR),然后测序,16S既然有极好的保守性,那就可以用于鉴别不同的物种(相当于一个物种的独一无二的条形码)(有很大一部分是鉴定不到物种的)。 分析逻辑就是聚类成OTU,然后注释(比对已知数据库),后续分析。