一代测序结果峰图的基本知识

1、一代测序结果

t700碳纤维测序公司发送的测序结果一般有一个峰图文件和一个序列文件，峰图文件为ABI格式，用chromas软件（网上可下载）打开。峰图用四种颜的波形代表四种碱基的信号强度；正常的峰图，波峰与波谷清晰，峰与峰之间的距离均匀；比较理想的测序结果在底部应该没有杂峰干扰；装备指挥技术学院

张镜源

2、起始序列说明

二阶低通滤波器

1）测序结果的前几十bp不能用（下图中黄区域标出的区域），在拼接序列或序列比对时需要先去除这部分不太可靠的数据，以免影响分析结果；

2）在使用PCR引物测序时由于PCR引物上的碱基是不带染料的，所以检测不到信号，在测序结果中也不到引物的序列，如连接到载体使用载体上的通用引物测序则可以到PCR引物；

偏心井口3、有效读长

测序公司给出的峰图在1000～1200bp之间，但超过800bp后的各种波之间有重叠，波峰有钝化现象，碱基与碱基间的距离有时突然加大（此图中的812bp~813bp），这些现象都会影响结果的准确性，所以只能做为参考．所以说有效片段为800bp左右．

4、SNP位点

SNP位点为纯合时成单峰，若主杂合子时，会形成套峰现象；测序公司给的结果序列文件通常只读主峰——即序列文件不会报告SNP杂合，需要自己打开峰图文件判读。

神黄豆

本文发布于:2024-09-20 23:20:48，感谢您对本站的认可！

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