已发表动植物基因组

已发表动植物基因组
在分子生物学领域的圈内人,如果还不了解全基因组测序的飞速发展,用娃娃的话说,那真是一个奥特曼了。高通量测序技术出现掀开了生命科学研究的新篇章,促进了许多研究方向的的复苏和蓬勃发展,同时也涌现了一些交叉学科。
2011年德国爆发急性肠出血性流行病疫情——极大困扰着英国剑桥市新生儿护理病房的医护人员。来自Sanger研究院的研究人员从多个患者身上取样,并采用Illumina MiSeq进行全基因组测序。通过生物信息学分析得知,在疫情爆发过程中发生了一系列小规模突变,流行病学家据此绘制出一个进化树,追踪疫情逐步靠近可疑的源头。文章作者Julian Parkhill表示:基因测序提供了明晰的线索,这是其他方法难以做到的。文章发表在流行病学顶级杂志The Lancet Infectious Diseases
2012年发表在science杂志旗下Science Translational Medicine另外一篇文章也同样表明了全基因组测序技术在流行病学中重要作用。位于马里兰州贝塞斯达市医疗中心出现了严重的血液传染病事件,在此次事件中,共有17名病人感染了血液传染病,并造成6人死亡。来自美国NIH人类基因组研究所的研究人员从病人体内和医院一些设备上采集了细菌样本,并对不
同菌株的基因组进行测序。通过对突变菌株进行聚类分析,将病人分组,再结合病例住院的记录(入院时间、所在病房等)画出了最可能的传播路线。
基因组测序提供的详尽细节让传染病学家们真正地理解了疾病传播途径,详尽的追踪技术将带来更加完善的公共健康领域内的传染病学研究。所以流行病学家更有可能到事件发生的真正原因,而非最简单的原因。这两件事让我们真实的看到了全基因组测序在流行病学的重要作用。
事实上,媲美曼哈顿和登月计划的人类基因组计划所带来的巨大作用正在逐渐显现,高通量测序技术走向个性化医疗已是大势所趋。全基因组测序使得生命可以测量,人们可以更加方便快捷的了解生命的奥秘。
目前已发表基因组序列的物种如下,对于进一步解析其生命活动提供了极大帮助。
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植物基因组
中文名
发表时间
刊物
IF
基因组大小
主要研究单位
拟南芥
2000.12
Nature
34.48
125Mb
欧美科学家共同完成
水稻
2002.04
Science
29.747
466Mb
中科院遗传所等
水稻
2002.04
Science
29.747
467Mb
Torrey Mesa Research Institute
杨树
2006.09
Science
29.747
480Mb
美国橡树岭国家实验室等
葡萄
2007.09
Nature
34.48
490Mb
法国Genoscope国家基因测序中心等
衣藻
2007.01
Science
29.747
130 Mb
美国加利福尼亚大学
小立碗藓
2008.01
Science
29.747
480Mb
德国弗莱堡大学等
番木瓜
2008.04
Nature
34.48
370Mb
美国夏威夷农业研究中心等
三角褐指藻
2008.11
Nature
34.48
27.4Mb
法国国家科学研究院等
高粱
2009.01
Nature
34.48
730Mb
美国乔治亚大学等
玉米
2009.11
Science
29.747
2300Mb
美国爱荷华州立大学等
黄瓜
2009.11
Nature Genetics
34.284
350Mb
中国农科院蔬菜花卉研究所等
大豆
2010.01
Nature
34.48
1100Mb
美国HudsonAlpha基因组测序中心等
二穗短柄草
2010.02
Nature
34.48
260Mb
国际短柄草研究协会(IBI
褐藻
2010.06
Nature
34.48
196Mb
巴黎匹兹堡大学医学中心等
团藻
2010.07
Science
29.747
138Mb
美国能源部联合基因组研究所等
蓖麻
2010.08
Nature Biotechnology
29.495
350Mb
美国JCV
小球藻
2010.09
Plant Cell
9.293
46Mb
法国埃克斯马赛大学等
苹果
2010.09
Nature Genetics
34.284
742Mb
意大利农业研究所等
森林草莓
2010.12
Nature Genetics
34.284
240Mb
美国北德克萨斯大学等
可可树
2010.12
Nature Genetics
34.284
430-Mb
法国CIRAD
野生大豆
2010.12
PNAS
9.432
915.4 Mb
韩国首尔国立大学等
褐潮藻类
2011.02
PNAS
9.432
57Mb
美国纽约州立大学石溪分校等
麻风树
2010.12
DNA Res.
3.525
410Mb
日本千叶县上总DNA研究所等
卷柏
2011.05
Science
29.747
212Mb
美国普度大学等
枣椰树
2011.05
Nature biotechnology
29.495
685Mb
卡塔尔威尔康奈尔医学院等
琴叶拟南芥
2011.05
Nature Genetics
34.284
206.7 Mb
美国南加州大学
马铃薯
2011.07
Nature
34.48
844Mb
BGI、中国农科院蔬菜花会所等
条叶蓝芥
2011.08
Nature Genetics
34.284
140Mb
伊利诺伊大学等
白菜
2011.08
Nature Genetics
34.284
485Mb
中国农科院蔬菜花会所等
印度
2011.10
Genome biology
6.89
534Mb
秘林National Research Council of Canada,
木豆
2011.11
Nature biotechnology
29.495
833Mb
国际半干旱地区热带作物研究所等
蒺藜苜蓿
2011.11
Nature
34.48
500Mb
美国明尼苏达大学等
蓝载藻(灰胞藻门)
2012.02
Science
29.747
70Mb
美国罗格斯大学等
粟(谷子)
2012.05
Nature biotechnology
29.495
423 Mb
BGI和张家口市农业科学院等
番茄
2012.05
Nature
34.48
760Mb
美国康奈尔大学等
甜瓜
2012.07
PNAS
9.432
375Mb
西班牙的九个研究中心
香蕉
2012.07
Nature
34.48
523Mb
法国CIRAD
棉花
2012.08
Nature Genetics
34.284
775Mb
农科院,北大,华大基因
大麦
2012.10
Nature
34.48
5.1Gb
国际大麦基因组协作组织
2012.11
Genome Research
13.608
527Mb
南京农业大学等
西瓜
2012.11
Nature Genetics
34.284
425Mb
北京农林科学研究院等
甜橙
2012.11
Nature Genetics
34.284
367Mb
华中农业大学等
小麦
2012.11
Nature
34.48
17Gb
利物浦大学等
梅花
2012.12
Nature Communication
7.396
280Mb
北京林业大学等
鹰嘴豆
2013.1
Nature Biotechnology
29.425
738Mb
印度ICRISAT
毛竹
2013.2
Nature Genetics
34.284
2.075G
中国林业科学研究院林业研究所
角叉菜
2013.2
PNAS
9.681
105Mb
国国家科学研究中心等
小麦A基因组
2013.3
Nature
34.48
4.94Gb
中国科学院遗传与发育生物学研究所等
小麦D基因组
2013.3
Nature
34.48
4.36Gb
中国农科院作物科学研究所等
桃树
2013.3
Nature Genetics
34.284
265Mb
国际桃基因组计划协作组
短花药野生稻
2013.3
Nature Communication
7.396
261Mb
中科院遗传与发育生物学研究所等
2013.5.10
Genome biology
9.04
929Mb
武汉植物园
枣椰树
2013.8.6
Nature Communications
10.015
605.4Mb
中科院北京基因组研究所
动物基因组
 
 
 
 
 
中文名
发表时间
刊物
刊物
基因组大小
主要研究者及国家
秀丽隐杆线虫
1998.12
Science
29.747
97Mb
The C. elegans Sequencing Consortium
果蝇
2000.03
Science
29.747
120Mb
Celera Genomics
冈比亚按蚊
2002.10
Science
29.747
280Mb
美国塞雷拉基因组公司等
小家鼠
2002.12
Nature
34.48
2.5 Gb
Mouse Genome Sequencing Consortium
红鳍东方豚
2002.12
Science
29.747
380Mb
新加坡分子与细胞生物学研究院等
玻璃海鞘
2002.12
Science
29.747
150Mb
美国能源部JGI
线虫
2003.11
PLoS Biology
13.501
104Mb
美国冷泉港等
褐家鼠
2004.04
Nature
34.48
2.75 Gb
美国得克萨斯州贝勒医学院等
黑斑鲀
2004.10
Nature
34.48
340Mb
法国、西班牙、美国
家蚕
2004.12
Science
29.747
428.7 Mb
西南大学等
2004.12
Nature
34.48
1.06Gb
中国华大基因等
克氏锥虫
2005.07
Science
29.747
67Mb
美国罗克维尔市基因组研究院等
黑猩猩
2005.09
Nature
34.48
2.7Gb
美国哈佛-麻省理工的博德研究所等
2005.12
Nature
34.48
2.5 Gb
美国哈佛-麻省理工的博德研究所等
意蜂
2006.10
Nature
34.48
236Mb
人类基因组测序中心等
海胆
2006.11
Science
29.747
1Gb
人类基因组测序中心等
姥鲨
2007.04
Plos Biology
13.501
0.91Gb
新加坡分子与细胞生物学研究院等
猕猴
2007.04
Science
29.747
2.87Gb
人类基因组测序中心等
短尾负鼠
2007.05
Nature
34.48
3.4Gb
美国哈佛-麻省理工的博德研究所等
青鳉鱼
2007.06
Nature
34.48
700Mb
日本东京大学等
伊蚊
2007.06
Science
29.747
1376Mb
美国MCD基因组研究院等
马来线虫
2007.07
Science
29.747
90Mb
美国匹兹堡大学等
海葵
2007.07
Science
29.747
357Mb
美国JGI能源部等
2007.11
Genome Research
11.2
2.7Gb
马里兰州国立癌症研究所等
赤拟谷盗
2008.04
Nature
34.48
204Mb
人类基因组测序中心等
鸭嘴兽
2008.05
Nature
34.48
1.84Gb
美国华盛顿大学等
文昌鱼
2008.06
Nature
34.48
520Mb
美国JGI能源中心等
丝盘虫
2008.08
Nature
34.48
104Mb
美国加利福尼亚大学等
南方根瘤线虫
2008.08
Nature Biotechnology
29.495
永磁铁氧体
86Mb
I法国国家农业研究所等
古猛犸象
2008.11
Nature
34.48
4.7Gb
美国宾夕法尼亚州立大学等
2009.04
Science
29.747
2.87 Gb
人类基因组测序中心等
曼氏血吸虫
2009.07
Nature
34.48
360Mb
Sanger研究院等
日本血吸虫
2009.07
Nature
34.48
397Mb
中国国家人类基因组中心等
2009.11
Science
29.747
2.7Gb
美国博德研究所等
熊猫
2010.01
Nature
34.48
2.25Gb波纹钢管
深圳华大基因研究院
金小蜂
2010.01
Science
29.747
295Mb
美国罗切斯特大学等
豌豆蚜虫
2010.02
PLoS Biol.
13.501
517Mb
国际蚜虫基因组协会
水螅
2010.03
Nature
34.48
1.05Gb
美国JGI能源部等
非洲爪蟾
2010.04
Science
29.747
1.7 Gb
美国西昌学院学报JGI能源部等
珍珠鸟
2010.04
Nature
34.48
1.2Gb
美国华盛顿大学等
人类体虱
2010.07
PNAS
9.432
110Mb
美国伊利诺斯大学等
海绵
2010.08
Nature
34.48
190Mb
美国加利福尼亚大学等
蚂蚁
2010.08
Science
29.747
C. floridanus240 Mbb; H. saltator330 Mbb
纽约大学等
火鸡
2010.09
PLoS Biology
13.501
1.1 Gbb
美国动物家禽科学部等
库蚊
2010.10
Nature
34.48
540Mb
美国加州大学河滨分校等
异体住囊虫
2010.11
Science
29.747
148Mb
法国CEA
红毛猩猩
2011.01
Nature
34.48
3.09Gb
美国华盛顿大学基因组中心等
阿根廷蚁
2011.01
PNAS
9.432
250.8Mb
美国旧金山大学等
红收割蚁
2011.01
PNAS
9.432
250–284 Mb
美国里士满厄尔汉学院等
火蚁
2011.01
PNAS
9.432
484.2Mb
瑞士洛桑大学等
水蚤
2011.02
Science
29.747
200Mb
美国印第安纳大学等
大头切叶蚁
2011.02
PLoS Genetics
9.532
300Mb
美国威斯康星-麦迪逊大学等
旋毛虫
2011.02
Nature Genetics
34.284
64Mb
美国华盛顿大学医学院等
袋獾
2011.06
PNAS
9.432
3.3Gb
澳大利亚罗伊癌症研究中心等
顶切叶蚁
2011.06
Genome Research
11.2
313Mb
哥本哈根大学等
鹿角珊瑚
2011.07
Nature
34.48
420Mb
日本冲绳县科学与技术研究所等
缅甸蟒
2011.07
Genome Biology
6.89
1.4Gb
科罗拉多大学医学院等
大西洋鳕鱼
2011.08
Nature
34.48
830Mb
挪威奥斯陆大学等
澳大利亚袋鼠
2011.08
Genome Biology
6.89
2.9Gb
澳大利亚袋鼠基因组研究中心等
绿蜥蜴
2011.09
Nature
34.48
1.78Gb
美国哈佛-麻省理工的博德研究所等
裸鼹鼠
2011.10
Nature
34.48
2.6Gb
韩国梨花女子大学等
食蟹猴和中国恒河猴
2011.10
Nature Biotechnology
29.495
2.85Gb
中山大学、BGI
猪蛔虫
2011.10
Nature
34.48
272Mb
BGI,墨尔本大学等
二斑叶螨(棉红蜘蛛)
2011.11
Nature
34.48
90Mb
西安大略大学等
帝王蝶
2011.11
Cell
31.152
273Mb
马萨诸塞大学医学院、等
指猴(夜狐猴)
2011.12
Genome Biology and Evolution
2.674
3Gb
芝加哥大学、维尔康奈尔医学院
埃及血吸虫
2012.01
Nature Genetics
34.284
385Mb
BGI、墨尔本大学等
鳄鱼
2012.01
Genome Biology
6.89
2.5Gb
加利福尼亚大学、佛罗里达大学等
大猩猩
2012.03
Nature
34.48
3.04Gb
英国韦尔科姆基金会桑格研究所等
马氏珠母贝
2012.04
DNAresearch
3.525
1.15Gb
日本冲绳县科学与技术研究所等
诗神袖蝶
2012.05
Nature
34.48
269Mb
伦敦大学学院、剑桥大学等
倭黑猩猩
2012.06
Nature
34.48
3Gb
德国马克斯普朗克人类进化研究所等
牦牛
2012.07
Nature genetics
34.48
2.6Gb
华大基因
牡蛎
2012.09
Nature
34.48
559Mb
中国科学院海洋所等
双峰骆驼
2012.11
Nature Communication
7.396
2.38Gb
内蒙古大学等
2012.11
Nature
34.48
2.6Gb
国际家猪基因组测序协作组
中央狐蝠
2012.12
Science
31.201
2Gb
深圳华大基因研究院等
大卫鼠耳蝠
2012.12
Science
31.201
2Gb
深圳华大基因研究院等
山羊
2012.12
Nature Biotechnology
29.425
2.66Gb
昆明动物所等
海洋蠕虫
2012.12
Nature
34.48
324Mb
莱斯大学等
淡水水蛭
2012.12
Nature
34.48
228Mb
莱斯大学等
青螺
2012.12
Nature
34.48
348Mb
莱斯大学等
小菜蛾
2013.1
Nature Genetics
34.284
339.4Mb
福建农林大学等
家鸽
2013.1
Science
31.201
1.3Gb
犹他大学等
中国树鼩
2013.2
Nature Communication
7.396
3.2Gb(2.86G bassembled)
中科院昆明动物所等
海七鳃鳗
2013.2
Nature Genetics
34.284
816Mb
美国海洋生物学实验室等
非洲眼丝虫
2013.3
Nature Genetics
34.284
91.4Mb
美国国立卫生研究院等
游隼/猎隼
2013.3
Nature Genetics
34.284
1.2Gb
英国卡迪夫大学等
西部锦龟
2013.3
Genome Biology
9.04
2.59Gb
美国加州大学等
绦虫
2013.3
Nature
34.48
115Mb-141Mb
Sanger研究院等
腔棘鱼
2013.4
Nature
34.48
2.18Gb
美国Benaroya研究所等
剑尾鱼
2013.3.31
Nature Genetics
34.284
669Mb
华盛顿大学医学院等
斑马鱼
41381
Nature
34.48
1.412Gb
英国桑格研究院
中华鳖和绿海龟
2013.4.28
Nature Genetics
34.284
2.21Gb/2.24Gb
深圳华大基因研究院
藏羚羊
2013.5
Nature Communication
7.396
2.75Gb
青海大学等
2013.6.09
Nature Genetics
34.284
1.1GB
中国农业大学等
蚊子
2013.6.12
Nucleic Acids Research
8.278
201Mb
美国加州大学尔湾分校等
地山雀
2013.7.1
Nature Communication
10.015
1.086Gb
中科院动物研究所、诺禾致源
黑线仓鼠
2013.7.21
Nature Biotechnology
32.438
2.7G
深圳华大基因研究院
2013.8.06
Cell research
10.526
2.3G
浙江大学等
蛭形轮虫
2013.8.22
Nature
38.597
蔡琳近况244Mb
美国那慕尔大学等

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