《农业转基因生物安全管理条例》是转基因食品管理的主要依据，该条例要求在中华人民共和国境内从事农业转基因生物的研究、试验、生产、加工、经营和进出动的从业者，都必须遵守。 聚赖氨酸
以《农业转基因生物安全管理条例》为基础，随后颁布了转基因生物研究、试验、生产、加工、经营、进出口的5个配套规章。即《农业转基因生物安全评价管理办法》、《农业转基因生物进口安全管理办法》、《农业转基因生物标识管理办法》、《农业转基因生物加工审批办法》和《进出境转基因产品检验检疫管理办法》。与三个配套规章对应的，还有三个管理程序，即《农业转基因生物安全评价管理程序》、《农业转基因生物进口安全管理程序》及《农业转基因生物标识审查认可程序》，这也进一步加强了农业转基因生物的安全管理。
《食品安全法》《种子法》等法律法规也规定了转基因的相关内容我国对转基因食品的源头转基因生物的实施安全性评价制度。
苄丝肼《农业转基因生物安全评价管理办法》规定，在中华人民共和国境内从事农业转基因生物的研究、试验、生产、加工、经营和进口、出动，都需要进行安全评价。傅里叶变换对>奥密克戎BA.5.2变异株
安全评价工作按照植物、动物、微生物三个类别，以科学为依据，以个案审查为原则，实行分级分阶段管理。按照对人类、动植物、微生物和生态环境的危险程度，将农业转基因生物分为以下四个等级：安全等级I：尚不存在危险；安全等级Ⅱ：具有低度危险；安全等级Ⅲ：具有中度危险；安全等级Ⅳ：具有高度危险。凡在中华人民共和国境内从事安全等级为Ⅲ和Ⅳ的农业转基因生物研究的，从事所有安全等级的农业转基因生物试验和进口的单位以及生产和加工的单位和个人，应当根据农业转基因生物的类别和安全等级，向农业转基因生物安全管理办公室报告或者提出申请。申报材料按照《农业转基因生物安全评价管理办法》中要求准备。进口的申报材料需在进口前按《农业转基因生物进口安全管理办法》中要求准备。
通过安全性评价的，将获得农业转基因生物安全证书。我国批准了两类安全证书。一是批准了自主研发的抗虫棉、抗病毒番木瓜、抗虫水稻、高植酸酶玉米、改变花矮牵牛、抗病甜椒、延熟抗病番茄等生产应用安全证书。目前商业化种植的只有转基因棉花和番木瓜；转基因水稻、玉米尚未通过品种审定，没有批准种植；转基因番茄、甜椒和矮牵牛安全证书已过有效期，实际也没有种植。二是批准了国外公司研发的大豆、玉米、油菜、棉花、甜菜等作物的进口安全证书。进口的农业转基因生物仅批准用作加工原料，不允许在
国内种植。
《农业转基因生物加工审批办法》规定，在中华人民共和国境内从事以具有活性的农业转基因生物为原料，生产农业转基因生物产品的加工的单位和个人，应当取得加工所在地省级人民政府农业行政主管部门颁发的农业转基因生物加工许可证，具体需要提交的申请资料和要求具备的资质在《农业转基因生物加工审批办法》中有详细规定。
《农业转基因生物安全评价管理程序》规定，生产、经营转基因植物种子、种畜禽、水产苗种，要分别取得农业部颁发的生产许可证和经营许可证，并定期向所在地县级人民政府农业行政主管部门提供有关生产、经营情况的报告。
经营销售转基因食品，部分省份要求进行专区销售。例如：依据《食品安全法》关于经营转基因食品应当按照规定显著标示的规定，《黑龙江省食品安全条例》要求“经营转基因食用农产品和食品，应当显著标示。销售转基因食用农产品和食品，应当设专柜或者专区，并在显著位置进行明示”。
对转基因食品的第二阶段的监管，是转基因标识管理。实施农业转基因生物标识目录。国
内和进口食品都需要严格遵守，农业农村部与市场监督管理总局共同负责监管。海关总署依据《进出境转基因产品检验检疫管理办法》，对通过各种方式（包括贸易、来料加工、邮寄、携带、生产、代繁、科研、交换、展览、援助、赠送以及其他方式）进出境的转基因产品的进行检验检疫。
对列入实施标识管理的农业转基因生物目录的进境转基因产品，如申报是转基因的，海关会实施转基因项目的符合性检测，如申报是非转基因的，海关会进行转基因项目抽查检测；对实施标识管理的农业转基因生物目录以外的进境动植物及其产品、微生物及其产品和食品，海关会根据情况实施转基因项目抽查检测。经转基因检测合格的，准予进境。如有以下情况之一的，海关会通知货主或者其代理人作退货或者销毁处理：（1）申报为转基因产品，但经检测其转基因成分与《农业转基因生物安全证书》不符的；（2）申报为非转基因产品，但经检测其含有转基因成分的。进口农业转基因生物不按照规定标识的，重新标识后方可入境。
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