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叶绿体(质体)有自己相对独立的遗传物质而被称为半自主性细胞器。关于其起源一直存在争论。现存两种观点：即内共生起源学说与细胞内分化学说。近年来，大量叶绿体基因组全序列被测定，发现其与细胞核中的基因组序列很不同，却类似细菌的DNA。分子生物学的研究结果为内共生起源学说提供了更多证据。 内共生起源学说认为，叶绿体起源于早期原始真核细胞与原核细胞的内共生事件。该学说认为叶绿体的祖先是古老的光合细菌，被原始真核细胞吞噬并保留，形成共生体。在长期的生命进化过程中。共生体逐渐演变为能进行光合作用的自养真核生物。叶绿体可能起源于早期的原核生物蓝细菌。研究还显示，叶绿体可能存在二次内共生的迹象。也就是说，如果原始真核细胞吞噬了原始的初次共生体细胞，最终可产生含有中小学电教3层膜的质体。根据上述推论，红藻等可能源于初次内共生体，它们的质体只含有双层膜结构。另一些单细胞生物的质体含有3河南省图书馆
层或4层被膜，可能是经历二次内共生、甚至是3次内共生演化过程的产物。古生物学研究发现，被认为是初级内共生体的红藻化石存在于12亿年的地层中，而可能代表二次内共生产物的多细胞藻类（如褐藻）等化石，则大量存在于10亿年的地层中。提示二次内共生事件 承担民事责任的方式
发生较晚。不管是两层还是更多层膜，质体最里面一层的成分与细胞中其它膜的都不同，而更接近于原核生物的细胞膜。
细胞内分化学说认为，真核细胞的前身是一种较高等的好氧细菌，但其DNA复制与细胞分裂并不完全同步，因而细胞内出现多套染体。由于靠近染体的细胞质膜内陷将不同的染体分别包围在双层膜中，逐渐演变成了原始的线粒体、叶绿体与细胞核。
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