引物设计不求人！手把手教你设计RT-qPCR引物！

引物设计不求⼈！⼿把⼿教你设计RT-qPCR引物！

RT-qPCR 全称 Real-time polymerase chain reaction, 即实时聚合酶链锁反应，是⼀种在DNA扩增反应中，以萤光染⾊剂检测每次聚合酶链锁反应（PCR）循环后产物总量的⽅法。

超灵OK～这⾥对RT-qPCR的原理，应⽤及数据分析就不再赘述了，因为今天我们主要讲的是如何设计出好的PCR引物。

旧金山和约相信科研⼩伙伴们都已经⽤过Pubmed来设计引物了，基本就是 “傻⽠式操作”就解决了！但这⾥还需提醒⼩伙伴们两点：1. 需跨越⾄少⼀个外显⼦连接（⼀般我们⽤来做RT的RNA都是通过Trizol抽提法分离出来的，为了避免基因组的DNA也有可能被扩增出来，就要⾄少跨越⾄少⼀个exon-exon junction 了）。 2. 不要忘记选对“物种”！（这⾥以⼈种⽰例）

但是Pubmed设计出来的引物⼀般不尽如⼈意，⽐如说引物之间存在极⼤的互补性，3’端的互补重叠，形成引物⼆聚体等等。因为⽤Pubmed设计引物本⾝能设置的参数条件就很少，所以它才是最简单的。所以，今天我要给⼤家介绍两款实⽤的软件，Primer Premier 6.0 和 Oligo 7.0。

今天主要讲讲第⼀款，⾄于第⼆款，改天再聊啦！

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当然，这两款软件，要想⽤全功能版本，都是需要付费的哦！不过...，我们伟⼤的祖国有强⼤的某宝，这⾥就不多说了哈。

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好了，我们进⼊今天的正题……（说了这么多废话，终于要进⼊正题了！！！）

日本历史教科书问题⾸先，我们选⼀个基因举例来说，PPARA，⾄于为什么会选这个基因呢？因为啊，PPAR⽬前是肿瘤学研究中的⼀个“明星基因”，它的全称是Peroxisome proliferator-activated receptor, 即过氧化物酶体增殖物激活型受体，⽬前发现有三种亚型，PPAR a，PPARbeta/delta，PPAR r。

好吧…….听着好复杂的样⼦啊！总之，管它到底是什么呢，下⾯来说说它的引物如何设计。

⾸先，Pubmed检索⽬的基因，查序列号。

这⾥，我们以Human PPARA为例，点开。

⿏标按着不动⼀直向下划，到基⾦编码号。

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点开前⼀个基因序列号，到CDS序列。（因为这才是⽬的基因的编码序列！）

⿏标按下CDS，Pubmed会⾃动Mark出你想要的编码序列。然后....., copy下来就好了！

打开已安装好的Primer 6.0这个软件（这⾥叙述的是全功能版本的哦！），点击File-New-Sequence，然后会跳出来⼀个框框。

本文发布于:2024-09-20 23:34:50，感谢您对本站的认可！

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