(完整)酶切保护碱基表 引物设计原则

(完整)酶切保护碱基引物设计原则
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PCR引物设计原则
PCR引物设计的目的是为了到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA 序列。因此,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要到DNA序列的保守区.同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它.如这一段不能形成二级结构,那就可以在这一区域设计引物。现在可以在这一保守区域里设计一对引物。一般引物
长度为15~30碱基,扩增片段长度为100~600碱基对。让我们先看看P1引物。一般引物序列中G+C含量一般为40%~60%.而且四种碱基的分布最好随机。不要有聚嘌呤或聚嘧啶存在。否则P1引物设计的就不合理。应重新寻区域设计引物.同时引物之间也不能有互补性,一般一对引物间不应多于4个连续碱基的互补。引物确定以后,可以对引物进行必要的修饰,例如可以在引物的5′端加酶切位点序列;标记生物素、荧光素、等,这对扩增的特异性影响不大。但3′端绝对不能进行任何修饰,因为引物的延伸是从3′端开始的。这里还需提醒的是3′端不要终止于密码子的第3位,因为密码子第3位易发生简并,会影响扩增的特异性与效率. 综上所述我们可以归纳十条PCR引物的设计原则:
① 引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。
广州视窗② 产物不能形成二级结构。微秒
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③ 引物长度一般在15~30碱基之间.
④ G+C含量在40%~60%之间。
⑤ 碱基要随机分布。
⑥ 引物自身不能有连续4个碱基的互补。
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矢尖蚧⑦ 引物之间不能有连续4个碱基的互补.

本文发布于:2024-09-21 08:42:21,感谢您对本站的认可!

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标签:引物   设计   碱基
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