名称 | 简介 | 参考文献 | 备注 |
ALINE | 一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质兴文草根论坛-序列比对编辑器 | ||
AMDA | |||
AmiGO | 访问本体论和注释数据 | ||
AnnotationSketch | 基因组注释绘图库，基因组特征可视化 | ||
Arcadia | |||
ArchTEx | 2012全国百强县下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化 | ||
ArrayExpress | 将ArrayExpress数据集导入到R/Bioconductor中 | ||
ArrayExpressHTS | 用于RNA-seq数据处理和质量评估的一个流程 | ||
arrayMagic | 双cDNA微阵列质控和预处理 | ||
arrayQCplot | 用图形分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件 | ||
BALL | 生物化学算法库 | ||
BALLView | 用于分子建模研究和教育的一个工具 | ||
BamTools | 分析和管理BAM文件的一个C++应用程序接口和工具包 | ||
Batch Blast Extractor | 批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序 | ||
BayesPeak | 分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别 | ||
BEDTools二苯乙烯 | 比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM， GFF格式文件 | ||
BEST | 结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序 | ||
BIGpre | 一个下一代测序数据质量评估程序包 | 鹰和鹰 | |
BiNGO | 一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件 | ||
Bio++ | 用于序列分析、系统发生学、分子进化和体遗传学的一套C++库 | ||
BioCoder | 一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言 | ||
BioJava | Java语言编写的一个生物信息学开源框架 | ||
biomaRt | 生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析 （bioconductor）间的强力连接 | ||
Biopython | 适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具 | ||
BioRuby | 适用于Ruby编程语言的生物信息学软件 | ||
BioWarehouse | 一个生物信息学数据仓库整合工具包 | ||
birgHPC | 为生物信息学和分子动力学创建即时计算集，自启动linux发行版 | ||
Biskit | python编写的一个结构生物信息学软件平台（库） | ||
BisoGenet | 一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件 | ||
BlastR | 非编码RNAs的快速且准确地数据库搜索 | ||
Bowtie | 比对短DNA序列片段到大型基因组上的一个超快、 内存高效的程序 | ||
Bpipe | 一个运行和管理生物信息学流程的工具 | ||
BRAT | 重亚硫酸盐处理的片段分析工具 | ||
BRAT-BW | 重亚硫酸盐处理的片段的高效且准确地比对 | 情迷巴塞罗那 | |
Brian | 一个Python编写的脉冲神经网络模拟器 | ||
BSMAP | 全基因组重亚硫酸盐测序比对程序 | ||
BugView | 用于比较基因组的一个浏览器，Java编写 | ||
Caryoscope | 在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵列数据的一个 开源Java应用程序 | ||
CEAS | 顺式调控元件注释系统，对ChIP-chip，ChIP-seq的峰进行注释 | ||
CentiLib | 网络中心性的综合分析和探索 | ||
Cerebral | 一个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的Cytoscape插件 | ||
ChemmineR | 一个化合物挖掘（结构相似性搜索和小分子聚类）R框架 | ||
ChIPDiff | 从ChIP-seq数据中进行差异组蛋白修饰位点的全基因组识别 的一种HMM方法 | ||
ChIPMunk | ChIP-Seq数据中结合motif的深度和广度挖掘 | ||
ChIPpeakAnno | 一个注释ChIP-seq和ChIP-chip数据（峰）的Bioconductor包 | ||
ChIPseqR | 核小体定位和组蛋白修饰ChIP-seq实验分析 | ||
Chipster | 用于微阵列和其他高通量数据的用户友好的分析软件 | ||
CisGenome | 一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统 | ||
ClutrFree | 聚类树可视化与解释 | ||
COBrA | 一个生物本体论编辑器 | ||
Cobweb | 一个网络浏览和可视化Java小程序 | ||
ComBat | 使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批次影响 | ||
coMOTIF | 一个识别ChIP-seq数据中转录因子和共调控motif的混合框架 | ||
ContEst | 评估下一代测序数据中人类样品的交叉污染 | ||
Conscript | RasMol到PyMOL的脚本转换器 | ||
CoXpress | 基因表达数据中的差异共表达分析（R包） | ||
Cytoscape ESP | 使用逻辑操作符和通配符在多属性领域搜索复杂生物 网络的Cytoscape插件 | ||
Cytoscape Web | 一个交互式基于网络的网络浏览器 | ||
DAnTE | 一个定量分析组学数据（蛋白质组、微阵列）的统计工具 | ||
本文发布于:2024-09-23 01:25:34，感谢您对本站的认可！
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