0. （RNA-RNA碱基配对
1. 数据库名称：TANRIC数据库
沃府视讯网址：/main/TANRIC:Overview种属信息：人类功能：TANRIC是独立验证候选 lncRNA 的一大神器，是癌症非编码RNA的地图集。除了包括TCGA的数据外，还对 Cancer Cell Line Encyclopedia（CCLE）里各种细胞系的数据进行了深度的分析和整合。一共包括20种癌症，超过8000个样品。TANRIC是一个交互式的数据分析和可视化平台，含有三大类的数据，包括lncRNA注释信息，RNA-Seq数据以及profiling数据。TANRIC有两大功能查询和分析 lncRNA。提供每个样品的表达量信息，包括正常的组织和癌组织；计算 lncRNA 表达量与哪些临床指标相关、预后相关性；计算候选lncRNA 和每个编码基因、microRNA之间的相关系数；还提供不同肿瘤表达水平的 Heatmap 图展示功能。 2. 数据库名称：LNCediting
网址：bioinfo.life.hust.edu/LNCediting/种属信息：人、猴、鼠、果蝇功能：RNA编
曲艺表演辑是一种广泛的转录后机制，可以对RNA转录本中的特定核苷酸序列进行离散的改变。RNA编辑事件可导致mRNA的误义密码子改变，mRNA中选择性剪接的调节，或在小的非编码RNA（如miRNA）中调控RNA及其结合位点的修改。最近的研究开发了计算方法，可以从不同物种的下一代测序数据中准确检测出200多万份A-to-I RNA编辑。然而，绝大多数这些RNA位点位于基因组的非编码区，具有未知的功能相关性。LNCediting为长链非编码RNA (lncRNAs)的RNA编辑功能预测提供了全面的资源。
3. starbase 数据库
网址：starbase.sysu.edu/种属信息：包括多个物种，可选择人类信息功能：多种功能且操作简便易懂。由中山大学团队开发，用来研究由大规模 CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) 产生的lncRNA, miRNA, ceRNA, RNA-bingding protein 和mRNA互作网络的数据库，其中的数据包含了14中tumor samples，超过了6000个样本，可以选择多个数据库进行协同预测，可以选择CLIP-Seq数据的等级。starBase可以用来研究protein-lncRNA, miRNA-lncRNA, ceRNA networks等。某些时候可能会显示无法登陆数据库，需要中山大学ID之类的，但是隔一段时间又可以登陆（能否登上需查看近期运势）
三星e728
4. 数据库名称：LncRBase
网址：bicresources.jcbose.ac.in/zhumur/lncrbase/种属信息：人和小鼠主要功能：该数据库目前共有216562个lncRNA转录本条目，包含lncRNA转录本基本特征、基因组位置，与lncRNA相关的重复元件、印迹基因、启动子信息等。可以搜索映射到特定lncRNA的微阵列探针以及相关的疾病信息，也可以搜索组织中的lncRNA表达。
5. 数据库名称：lncipedia数据库
网址：/种属信息：人类。主要功能：能够对目前大部分已知的lncRNA进行相关查询。对于一个只知道名字的lncRNA通过这个数据库能够知道它的序列信息、转录本信息、同源性、具体的位点/编码蛋白的可能性、目前相关的文章、以及它的在不同数据的不同的名字。
6. 数据库名称：LncRNASNP
网址：bioinfo.life.hust.edu/lncRNASNP#!/种属信息：人、小鼠功能：长链非编码RNA（lncRNAs）正在成为调控各种细胞过程和疾病的关键因素。LncRNASNP是一个提
供人/小鼠lncRNAs单核苷酸多态性（SNPs）综合资源的数据库。它包含lncRNA中的SNP，SNP对lncRNA结构的影响，lncRNA的突变和lncRNA:miRNA结合。
7. 数据库名称：lnCAR
网址：/explorer种属信息：人和小鼠功能：中山大学肿瘤防治中心的任间教授和左志向副研究员合作在2019年Cancer Research发表的，这个数据库主要是整理来自GEO数据库中的10大类癌症大概60000个样本的芯片表达数据以及13000个样本的临床资料，可以使得科学家快速查阅感兴趣lncRNA在不同癌症、不同条件的差异表达情况以及生存预后信息。数据网站可视化很好，结果可下载，维护的很好，是一个很值得用的网站。
8. 数据库名称：LncRNome愈慢愈美丽
网址：s.in/lncRNome种属信息：人类功能：超过18000转录本目前已作为lncRNA标注，覆盖先前注释非编码转录本，包括大型基因间非编码RNA，反义RNA和加工的假基因。但在提供稳定的注释，交叉引用和生物相关的信息资源方面有显著的差
距。由印度CSIR基因组和整合生物学研究所开发的lncRNome，旨在填补这一空白，他们通过把生物显著性的各种各样的信息注释整合到一个全面的知识库。
9. 数据库名称：Cancer LncRNA Census
网址：/clc种属信息：人Cancer LncRNA Census是一项持续的工作，旨在鉴定和分类与癌症有关的lncRNA基因。包含在CLC中的lncRNA必须（1）与癌症有因果关系，并且（2）必须由GENCODE注释。CLC不仅包括来自文献资源的lncRNA，而且还包括来自诱变和CRISPRi筛选的候选癌症lncRNA。CLC提供了高可信度癌症lncRNA的数据集， 诱变图谱是鉴定lncRNA在肿瘤发生中深层保守作用的新颖手段。
10. 数据库名称：lncLocator
网址：www.csbio.sjtu.edu/bioinf/lncLocator/种属信息：人、鼠功能：lncLocator用于预测lncRNA亚细胞定位。为了充分利用lncRNA序列信息，开发者同时采用无监督深度模型生成的k-mer特征和高级抽象特征，将这两种特征分别输入支持向量机（SVM）和随机森林（RF），构造了四个分类器。然后采用堆叠集成策略对四个分类器进行组合，得
到最终的预测结果。目前的lncLocator可以预测5个lncRNA的亚细胞定位，包括细胞质、细胞核、细胞质、核糖体和外泌体，在构建的基准数据集上的总体准确率为0.61。
11. 数据库名称：LncRMap
网址：u.edu.tw/php/index.php种属信息：人类功能：首先鉴定了lncRNAs并提供了lncRNAs及其同源蛋白编码基因的表达谱。其次，提供了lncRNAs的miRNA调节因子及其同源基因。第三，检测了lncRNA衍生的内源性siRNAs（esiRNAs），并在人类基因组中构建了lncRNA衍生esiRNAs及其相互作用的基因靶点。最后，介绍了lncRNAs之间的邻近基因。
12. oncolnc 数据库
网址：starbase.sysu.edu/种属信息：人功能：原始数据来源于TCGA数据库的23种肿瘤，主要用于检索lncRNA的表达情况，尤其是直接给出目的lncRNA的cox 回归结果，包含cox相关系数，P值，表达中位数、平均值，还可绘制生存曲线，尤其可通过选择表达的百分位数来进行。并且，分析结果的生存数据也可下载excel，来进一步进行自己绘制生存曲线图。
13. 数据库名称：ChIPBase
网址：a/种属信息：人类功能：提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。这个数据库主要是对于一些lncRNA的表达及lncRNA与转录因子之间的关系的一个注释数据库。主要可以了解与转录因子相关的lncRNA的结合情况。需要注意的是，这个网站只能输入GeneSymbol，其实是lncRNA的转录名，一般是“RP11-XXXX”。
14. 数据库名称：LncBook
网址：bigd.big.ac/lncbook/index种属信息：人类功能：该数据库中包含以下8种lncRNA相关信息：LncRNAs、Featured LncRNAs、Function、Diseases、Expression、Methylation、Variation、Interaction。①LncRNAs提供lncRNA的ID，染体位置，长度，外显子个数，类型等基本信息；②Featured LncRNAs只包含来自lncRNAWiki数据库中的有功能注释和文献支持的lncRNA；③Function给出lncRNA的生物学功能注释和参与的生物学过程；④Diseases给出lncRNA相关的疾病信息，包括实验验证和预测两种；⑤Expre
ssion通过分析HPA和GTEx两个公共项目的转录组数据，给出lncRNA在各个组织中的FPKM表达值；⑥Methylation通过分析TCGA和ENCODE数据库的数据，给出lncRNA相关的甲基化信息；⑦Variation将dbSNP数据库中的SNP位点映射到lncRNA上，同时提供来自COSMIC和ClinVar数据库的注释信息，以及1000G中的频率信息；⑧Interaction采用targetScan和miRanda两款软件预测lncRNA与miRNA的相互作用，取交集作为最终的结果，实验证据主要来自starbase数据库。
15. 数据库名称：Lnc2Meth
网址：bio-bigdata.hrbmu.edu/Lnc2Meth/index.jsp种属信息：Human功能：主要研究lncRNA上的DNA甲基化位点，提供疾病为主和转录为主的两种检索模式；可区分不同甲基化，高甲基化、低甲基化、甲基化和去甲基化六种模式。对于lncRNA上DNA甲基化模式分为三种：Cis-methylated lncRNA，Trans-Methylation Due to LncRNAs(TMDL)和Trans-Methylation Regulated LncRNA(TMRL)彩蛋功能：对450芯片进行重注释。
16. 数据库名称：LncRNADisease v2.0
桥头堡论坛
网址：anut/lncrnadisease/种属信息：人、小鼠、大鼠主要功能：LncRNADisease v2.0基于文献与相关数据库，整合和收集了有实验和/或计算支持的lncRNA-疾病的关联信息，利用各种证据资源来评估特定lncRNA-疾病关联的可靠性，并提供每个lncRNA-疾病关联的置信度得分。数据库记录了超过20万个lncRNA-疾病关联，是研究lncRNA潜在临床应用的宝贵资源。该数据库还提供lncRNA，mRNA和miRNA之间的转录调控关系。
17. 数据库名称：lncACTdb
超级回路
网址：www.bio-bigdata/LncACTdb/index.html 种属信息：人在内20多个物种功能：LncACTdb2.0是一个更新和显著扩展的数据库,提供了不同物种和疾病相关 ceRNA的综合信 息,成为研究 ceRNAs的重要网络资源。具体包括:(1)从超过5000篇已发表文献中人工筛选 到2663篇具有实验 ce数据支持的 RNA信息(2)将数据库的范围扩大到23个物种和213种疾 病/表型;(3)纳入更多的RNA类型,如环状RNA和假基因;(4)从TCGA数据中鉴定出33种 症类型的候选 IncRNAceRNA相关的互作关系并对其评分;(5)为ceRNA提供存活率、互作网 络和癌症标志的图解信息。
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