围绕“肿瘤免疫”这一核心主题，在果友们的大力支持下，芒果公号已翻译多篇经典综述。肿瘤中的RNA是研究热点，也是生信分析的热点。肿瘤中的RNA（全文版），供大家阅读！
andida
原始文献：
RNA in cancer. Nat Rev Cancer 21, 22–36 (2021). /10.1038/s41568-020-00306-0.
——————青枣队长——————
基因表达紊乱是肿瘤的一个主要标志。事实上，目前已经证实转录因子活性的改变是许多肿瘤最常见亚型的驱动因素1。RNA对基因表达至关重要，无论是蛋白质编码RNA (mRNA) ，还是参与调节转录的非编码RNA (如长链非编码RNA (lncRNA)或7SK小核RNA (snRNA))、剪接 (如snRNA)和翻译(如核糖体RNA、tRNAs、microRNAs (miRNAs)相关的RNA2-6。最近研究表明，在肿瘤中RNA加工过程系统地改变表明RNA对肿瘤的发生、生 长和进展有重要影响7 – 19。RNA处理因子的基因突变水平、表达水平以及RNA水平本身上的变化是以一些非编码RNA的形式展现，如microRNA，lncRNA， tRNA片段BOX1和环状RNA (circRNAs)，它们的表达可能会发生改变，促进肿瘤的发生。N6-甲基腺苷BOX2的 RNA修饰已被证明在肿瘤20–23中发挥重要作用，已有综述概述了RNA修饰如何促进肿瘤24，但并未对此做深入讨论。 在肿瘤中RNA加工改变是常见的。研究认为，RNA亚型有助于探索肿瘤发生的潜在机制。例如，肿瘤途径既可由单个miRNAs调控，也可由多个miRNAs相互连接的调控网络控制，这些调控网络可能与它们所调控的靶点形成反馈环路4。剪接体突变可能促进血液系统恶性肿瘤发展的机制也被发现16-18,25,26。编码剪接调控因子SF3B1、U2AF1、SRSF2和ZRSR2的基因突变相互排斥16,17。影响剪接体部分蛋白质的突变可以影响一些常见的下游途径，这些途径通过改变mRNA剪接13，27或增加基因组的不稳定性28来促进肿瘤的发生，从而可能导致大量肿瘤标志物产生29。这些机制的进一步描述对于未来有希望出现的以改变RNA加工为靶向的肿瘤疗法的发展是至关重要的。 在这篇综述中讨论了如何改变编码和非编码RNA的加工或活性调控肿瘤的发生、生长和进展。明确RNA在肿瘤中已有作用 (miRNA和lncRNA)和新发现的作用 (选择性mRNA加工和circRNA)，以及它们参与肿瘤发生发展的机制。 基因表达途径mRNA被RNA聚合酶II 合成后，进行剪接，进而加工为成熟转录本，从细胞核运送到细胞质中翻译成蛋白质。这些相互关联的处理步骤是由许多大型高分子复合物完成的，如剪接体[3]和转录-出核复合体TREx和TREx2 (Fig. 1)。在生理条件下，许多非编码RNA也可对基因表达进行正向或负向调控，包括miRNA， lncRNA和circRNA。通常，miRNAs通过加速靶mRNAs30的脱腺苷化和降解来负向调控基因表达，而lncRNAs可以通过充当调节蛋白复合物的支架，通过定位于基因组DNA或通过改变基因组结构，通过顺式或反式作用调控基因表达31。
Fig.1：mRNA的加工和出核 ——————芒果译者：yancy——————
在首次发现miRNA的时候，Calin、Croce及其同事分析B细胞慢性淋巴细胞白血病中经常缺失的一个染体区域，他们想要出与之相关的基因。似乎相关区域的所有基因都与之无关，但他们随后意识到罪魁祸首不是蛋白编码基因，而是一个产生miRNA (miR-15和miR-16)的基因32爱美说。从那时起，许多miRNA被发现与肿瘤有关，或作为肿瘤抑制因子，或作为致癌基因 (在某些情况下，基于肿瘤微环境的不同，miRNA既能促进也能抑制肿瘤)(Fig. 2)。lncRNA最近被发现具有致癌或抑制肿瘤的功能 (Fig. 3)。在本节中，通过整合最近文献，综述了这些RNA亚型在肿瘤发生中的作用。 miRNAs的固有作用人类细胞中大多数蛋白的表达水平一定程度上都受到一种或多种miRNAs的调控水头损失33。miRNAs是由前体转录物经过连续的切割加工形成 (Fig. 2)。虽然miRNAs通常在长度上有20-23个核苷酸，但是靶向mRNAs 的碱基配对主要依赖于miRNA 5 '端的7或8个核苷酸 (称为“种子区”)。因此，一个miRNAs可以有许多mRNA靶标，一个mRNA也可以被多个miRNAs靶向。虽然miRNAs可以起到附加作用，显著抑制在3 '非翻译区 (UTR)有多个miRNA结合位点的靶蛋白的表达 (例如ZEB1 mRNA上有三个miR-200a结合位点，有五个miR-200b结合位点，但仅将一种类型的miRNA与靶mRNA结合，就会导致该靶mRNA的表达量下降)34。然而在一些情况下，几个miRNAs靶向一个调控系统的多个组分时，形成的网络影响可能就很重要。
RNA测序已经检测到超过1000种miRNAs。一些miRNAs，如肿瘤抑制因子let-7，在几乎所有的细胞类型中都大量表达，而另一些miRNAs则具有高度的细胞类型特异性表达，或者在某些细胞类型中存在非常低的水平，而在其他细胞类型中则不存在。大量表达的miRNAs，如let-7和miR-21，在每个细胞中表达数千个拷贝，这足以影响许多mRNAs。然而，由于miRNAs的两种主要检测方法，RNA测序和反转录PCR，都非常敏感，当检测低表达的miRNAs的可能影响时，需要谨慎怀疑。到目前为止，在5万篇将miRNAs与肿瘤联系的论文 (PubMed搜索“microRNA与肿瘤”)中，有一些需要进行严格的验证研究，才能得出明确的结论。确切数据表明，每一种公认的肿瘤29以车代磨特征都受miRNA介导的调节。这或许是意料之中的，因为miRNAs几乎影响了多细胞动物的所有发育和调控过程36。
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