反应物的优化是没有发生化学反应前的最低构象结构。如果是A+B的反应，应该单独各自优化。过渡态是发生化学反应生成产物的最低反应路径中能量的最高点——这个只针对基元反应而言，如果不是基元反应，就没有过渡态这个说法——虽然复合反应也是多个基元反应的组合，其中每个基元反应有每个基元反应自己的过渡态，但没有总体的说复合反应的过渡态的说法。如果A+B放在一起优化，没用TS，没有虚频，而能量明显降低了，结构有明显变化，那就是出现了反应前期络合物，这个就要分步处理了。如果能量变化不明显，也许是由于BSSE引起的，也许是属于物理吸附，典型的范德华力作用，这个不属于化学反应范畴。所以，你优出来的的，要看能量变化，要看结构，没有虚频就是稳定构象，不会是过渡态。能量变化大，结构变化大，就属于前期络合物，此为中间体，它的形成单独是一个基元反应，也应该有过渡态（不一定非要，看情况处理），然后再中间体和产物的过渡态去。如果结构没有明显变化，那就没必要放在一起优化。
Amorphous Cell：提供Amorphous Cell模块中的工具，可以建立复杂无定型系统中的代表性模型并预测它们的性质。 CASTEP：提供CASTEP模块中的工具，可以进行第一原理量子力学计算，研究如半导体、陶瓷、金属、矿物和浮石等晶体或表面的性质。
Dmol3:提供Dmol3模块中的工具，可以进行基于泛函密度理论的量子力学计算，分析分子和周期系统。
PDP：提供PDP模块中的工具，可以进行大尺度长时间的介观动力学模拟。
Discover：提供Discover经典模拟模块中的工具，可以优化分子结构，计算电子经典轨道，分析很大范围内的结构和轨道的性质。
Equilibria：提供Equilibria模块中的工具，可以确定烷烃和其它小分子结构的相图。
Forcite：提供Forcite模块中的分子动力学工具，可以研究很大范围内的系统。它最主要的近似是原子核运动所处的势场用经典力场代替。
MesoDyn：提供MesoDyn模块中的工具，可以研究复杂流体动力学和在大尺度长时间中的平衡状态。
Reflex：提供丝锥夹头Reflex和Relex Plus模块中的工具，可以查看、模拟、索引和精修粉末衍射的数据，求解晶体结构。
VAMP：提供VAMP模块中的工具，可以使用半经验量子力学算法模拟气体和溶液中的反应和性质。、
你guess一个过渡态以后，需要进行结构优化后才可以进行振动分析
搜索properties，搜到最后一个时停止，在附近就可以到你需要的energy of barrier.
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