基于ITS序列位点特异性PCR的酸枣仁及其混伪品的鉴别

基于ITS序列位点特异性PCR的酸枣仁及其混伪品的鉴别
园林建筑的空间美感李桂林;宋雅迪;吕振晖;刘春晖;李佳;张夏楠
【摘 要】目的:基于ITS序列建立酸枣仁及其市场混伪品的分子鉴定方法.方法:收集酸枣仁及其常见混伪品理枣仁、枳棋子、紫荆子、兵豆,提取总DNA,基于ITS序列设计引物进行PCR扩增,对扩增产物进行测序,用BioEdit分析软件进行序列比对,针对变异位点用Primer Premier 5.0设计特异性鉴别引物,进行PCR反应并考察反应条件.结果:ITS序列可以用于酸枣仁及其易混淆品种的鉴别研究,在位点特异性PCR反应条件考察中,DNA模板用量范围应为0.7 ~2.1 ng·μL-1,退火温度在59℃时特异性最佳,实验建立的方法对不同Taq酶和PCR仪具有普遍适应性.结论:研究设计的位点特异性引物在一定条件下的PCR反应中,酸枣仁能扩增出66 bp的条带,而其他混伪品不能扩增出条带,从而实现了酸枣仁与其混伪品的快速、准确鉴别.
【期刊名称】《中国现代中药》
【年(卷),期】2016(018)012
【总页数】5页(P1566-1570)
博雅汉语
【关键词】酸枣仁;ITS;特异性PCR;分子鉴定
【作 者】李桂林;宋雅迪;吕振晖;刘春晖;李佳;张夏楠
实践理性批判【作者单位】首都医科大学中医药学院,北京100069;首都医科大学中医药学院,北京100069;首都医科大学中医药学院,北京100069;首都医科大学中医药学院,北京100069;首都医科大学中医药学院,北京100069;首都医科大学中医药学院,北京100069
【正文语种】中 文
酸枣仁为鼠李科植物酸枣Ziziphus jujuba Mill.var.spinosa(Bunge)Hu ex H.F.Chou 的干燥成熟种子。产自河北、陕西、辽宁、山东、河南、安徽等省。酸枣仁性平,味甘、酸,具有养心补肝、宁心安神、敛汗、生津的功能,用于虚烦不眠、惊悸多梦、体虚多汗、津伤口渴[1]。现代药理学研究表明,本品具有镇静催眠、镇痛抗惊厥、降压、降血脂、增强免疫功能、抗缺氧、抗心律失常、抗衰老、抗辐射及抗血小板聚集等作用[2]。由于酸枣仁野生资源减少,市场货源供不应求,药材市场上出现以同属植物滇刺枣Zizyphus mauritiana Lam.的种子理枣仁混作酸枣仁出售的情况,此外还有枳椇子Hovenia dulcis(又名拐枣仁)、
兵豆Lens culinaris、紫荆子Cercis chinensis等混伪品出现。目前对于酸枣仁的鉴别研究多采用药材性状[3]、显微特征[4]、薄层谱[5]、电泳[6-7]、紫外光谱[8-9]、扫描电镜[10]等传统鉴别方法,但由于该5个品种外观性状相近,显微组织特征不明显,化学成分复杂,以上这些方法专属性不强,且容易受到外加因素的干扰[11]。本实验即以ITS序列作为分子标记,应用位点特异性PCR技术筛选特异性鉴别引物,建立一种快速、稳定的分子鉴别方法以区分酸枣仁及其混伪品药材。
1.1 仪器
DYY-6D电泳系统(北京市六一仪器厂),PCR仪(Life Technologies 公司,型号 Veriti;德国Eppendorf AG 22331 Hamburg;德国Eppendorf Mastercycler pro),1-14台式离心机(德国SiGMR公司),Vilber Lourmat凝胶成像仪(法国),Plant Genomic DNA kit 50 Preps植物基因组DNA提取试剂盒(TianGen)。
1.2 试剂
2x Easy Taq®PCR SuperMix,2x Phusion High-Fidelity PCR MM W/HF Buffer,Trans F
astTaq DNA Polymerase(5U·μL-1),TaKaRa dNTP Mixture 2.5 mm each,Trans 10x FastTaq Buffer(Mg2+),Trans2K®DNA Marker(北京全式金生物技术有限公司),琼脂糖Biowest® Regular Agarose G-10,Tiangen 10 000x GeneGreen Nucleic Acid Dye,10x Mops 电泳缓冲液[生工生物工程(上海)股份有限公司]。
1.3 药材
收集安国、亳州药材市场的20份材料,包括11份酸枣仁、5份理枣仁、2份枳椇子、1份紫荆子、1份兵豆,鉴定人为首都医科大学中医药学院李佳副教授。基尔霍夫定律教案
2.1 提取样品总DNA
取适量样品研磨成细粉,采用植物基因组DNA提取试剂盒提取样品总DNA,于-20 ℃保存备用。
2.2 ITS片段扩增与测序
各样品采用ITS通用引物进行扩增[12],ITS1:5′-AGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGG-
3′;ITS 4:5′-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3′。PCR反应体系总体积为50 μL,包括25 μL 2x Phusion High-Fidelity PCR MM W/HF Buffer,正反引物各2.5 μL,DNA 5 μL,无菌水15 μL。反应条件为98 ℃ 30 s,35个循环(98 ℃ 7 s,55 ℃ 20 s,72 ℃ 15 s),72 ℃ 7 min。产物由北京睿博兴科生物技术有限公司测序,各样品均采用正反双向测序,以保证结果的准确性。
2.3 构建系统发育树
根据测序结果利用CLUSTAL X软件进行序列排序,使用MEGA6进行遗传分析构建系统发育树。
2.4 设计位点特异性鉴别引物
根据2.2测序结果将酸枣仁、理枣仁、兵豆、枳椇子、紫荆子的ITS序列用CONTIG软件同源对齐并辅以人工校对,多重序列比对进行差异变异位点分析,根据变异位点采用Primer Premier 5.0软件设计特异性鉴别引物。引物序列由北京睿博兴科生物技术有限公司合成。引物序列为ZmITS3F:5′-CAACCAGCGAACCCGTGAA-3′;ZmITS3R:5′-CCAAGGAAGGCTCCGTGACA3′。
复方红景天2.5 PCR扩增条件的确定
用设计的特异性鉴别引物进行PCR反应,反应体系为25 μL,包括12.5 μL 2x Easy Taq®PCR SuperMix缓冲液,正反引物各0.5 μL,DNA 35 ng·μL-1 共1.5 μL,无菌水10 μL。PCR反应条件为94 ℃ 5 min,35个循环(94 ℃ 30 s,55 ℃ 15 s,72 ℃ 30 s),72 ℃ 7 min。反应结束后取反应产物5 μL,用1%琼脂糖凝胶电泳检测,SYNGENE凝胶成像系统观察、成像。为使PCR鉴别反应准确高效,考察了DNA模板量(0.4~2.6 ng·μL-1)、退火温度(53、55、56、57、59、61、63 ℃)、Taq酶种类(2x EasyTaq®PCR SuperMix、Trans FastTaq DNA Polymerase)以及不同PCR仪(Life Technologies 公司,型号 Veriti;德国Eppendorf AG 22331 Hamburg;德国Eppendorf Mastercycler pro)对PCR鉴别反应的影响。
3.1 酸枣仁及其混伪品的ITS分析及系统发育树的构建
采用Mega 6分析软件进行酸枣仁及其混伪品系统发育树的构建,采集NJ法构建系统发育树,见图1,采用Kimura2-parameter 距离,系统树各分支的置信度用bootstrap method检验,共进行1000次循环。从图1可知,酸枣仁与理枣仁的亲缘关系最近,其次为枳椇子,
与紫荆子和兵豆的关系较远,都可以区分开,可信度在98%以上,符合植物分类结果。证明ITS序列可以用于鉴别酸枣仁及其混伪品。
3.2 PCR反应条件考察
为建立准确、简便的酸枣仁及其混伪品分子鉴别方法,本文对设计的鉴别引物在PCR反应中的应用进行了全面考察。
3.2.1 DNA模板量的考察 对25 μL PCR 反应体系中的模板DNA用量进行了考察,分别设置为0.42、0.70、0.98、1.26、1.54、1.82、2.10、2.38、2.66 ng·μL-1,反应体系为:12.5 μL 2x Easy Taq®PCR SuperMix 缓冲液,正反向引物各0.5 μL,无菌水补齐。图2结果显示,模板浓度为0.42 ng·μL-1时正伪品均未出现条带,而提高到2.10 ng·μL-1及以上则全部出现条带,其余模板量均能区分开酸枣仁及其混伪品,因此确定本方法DNA模板浓度范围应为0.70~2.10 ng·μL-1。实验采用0.70 ng·μL-1 DNA模板浓度继续进行其他条件的考察。
3.2.2 退火温度的考察 设置退火温度分别为53、55、56、57、59、61、63 ℃进行考察,
结果见图3。退火温度为53、55、56、57 ℃时伪品依稀可见假阳性条带,退火温度提高至59 ℃时伪品无条带,而正品酸枣仁有清晰的特异性扩增条带,退火温度为61、63 ℃时,伪品无条带,而正品条带也不易扩增出来。因此,为保证PCR反应具有良好的可重复性及区分度,采用59 ℃作为此方法的退火温度。
3.2.3 两种DNA聚合酶的考察 除上述方法中使用的聚合酶2x EasyTaq®PCR SuperMix,本研究还考察了另一种常用聚合酶Trans FastTaq DNA Polymerase(5 U·μL-1)的反应效果。PCR反应体系为25 μL,其中Trans FastTaq DNA Polymerase(5 U·μL-1)0.2 μL,TaKaRa dNTP Mixture 2.5 mm each 2 μL,Trans 10x FastTaq Buffer(Mg2+)2.5 μL,正反引物各 1 μL,DNA模板 1.40 ng·μL-1(1 μL),无菌水17.3 μL。PCR反应条件为94 ℃ 5 min,35个循环(94 ℃ 30 s,59 ℃ 15 s,72 ℃ 30 s),72 ℃ 7 min,结果见图4。采用两种聚合酶的PCR反应条件下,伪品无条带,而正品均有66 bp特异性扩增条带,说明特异性引物可用多种酶进行实验,无单一局限性。
3.2.4 PCR仪对实验结果重复性的影响 选用3台不同PCR仪器及同一仪器多次实验,结果均能区分开酸枣仁及其混伪品。
模糊综合评价法
ITS序列是位于高等植物核糖体rRNA基因上高度重复的串联序列单位,被广泛用于被子植物系统学的研究,尤其是近源属间和属内系统学的研究。目前ITS序列作为植物分子鉴定的特异性片段在泽泻[13]、红景天[14]、肉苁蓉[15]等多种药用植物中得到探讨和应用,陈士林等[16]以ITS2序列为主体推出了植物类中药材DNA条形码鉴定的通用引物,并已得到了广泛应用。本实验即选用DNA条形码中的ITS序列作为分子标记,使用现有文献记录的ITS序列通用引物对收集的样品进行测序,构建系统发育树的结果也证实了ITS序列可以作为分子标记来区分酸枣仁及其混伪品,这与任莉等的研究结果相一致[17]。实验收集的样品是当前药材市场较为常见的混伪品,其中理枣仁与酸枣仁为同属来源,形态相近最不容易区分。本实验基于ITS序列设计筛选鉴别酸枣仁及其混伪品的位点特异性引物,建立了位点特异性PCR方法,并对其反应条件进行了一系列考察,力求得到稳定、可重复的鉴别体系,可以准确鉴别出酸枣仁及其混伪品。
位点特异性引物PCR具有操作简单、成本低、重复性好、鉴定条带单一、样品用量少等优点,此外可以极大降低PCR的假阳性率,保证鉴定结果的准确性[18]。本实验建立的分子鉴别方法,将为应用DNA条形码鉴别中药材提供理论依据,同时也为开发酸枣仁快速鉴别试剂盒打下理论基础。
【相关文献】
[1] 国家药典委员会.中华人民共和国药典:一部[S].北京:中国医药科技出版社,2015:366-367.
[2] 郑晔,钱苏瑜,游自立.酸枣仁药理作用研究进展[J].四川生理科学杂志,2006,28(1):35-37.
[3] 孙柳源.酸枣仁的两种混伪品[J].浙江中医学院学报,2000,24(3):73.
[4] 梅华,毕飞霞,张荣.酸枣仁、理枣仁、枳椇子三者之间性状、显微的区别[J].时珍国医国药,1996,(3):51.

本文发布于:2024-09-22 04:35:14,感谢您对本站的认可!

本文链接:https://www.17tex.com/xueshu/268207.html

版权声明:本站内容均来自互联网,仅供演示用,请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系,我们将在24小时内删除。

标签:酸枣仁   序列   引物   进行   特异性   鉴别   反应
留言与评论(共有 0 条评论)
   
验证码:
Copyright ©2019-2024 Comsenz Inc.Powered by © 易纺专利技术学习网 豫ICP备2022007602号 豫公网安备41160202000603 站长QQ:729038198 关于我们 投诉建议