基于CO1基因序列的DNA条形码在中尼边境鼠类物种鉴定中的应用

西南国防医药圆园员圆年员月第圆圆卷第员期·
圆·
·
论著·
基于悦韵员基因序列的阅晕粤条形码在中尼边境鼠类物种鉴定中的应用
陈春生,张晓龙,张雪莲,范泉水,牛文忠,胡小兵,格龙,房键慧,曹晓梅,潘其礼,王静
[摘要]目的探讨了线粒体悦韵员基因作为阅晕粤条形码对鼠类进行物种鉴定的可行性。方法将从中尼边境采集到的源圆个鼠类标本,提取基因组阅晕粤,用通用引物孕悦砸法扩增线粒体悦韵员基因,并测序。将测序结果与郧藻灶月葬灶噪中其他鼠类物种的阅晕粤条码进行月蕴粤杂栽比对,并构建分子进化树。结果本研究中有员苑个标本能通过孕悦砸扩增出特异性悦韵员基因条带,员苑个标本的种内遗传距离平均值为园援园猿缘,种间遗传距离平均值为园援源苑,种间遗传距离是种内遗传距离的员园倍以上。根据月蕴粤杂栽比对法,将采集到的员苑个标本分到不同的鼠种中。结论悦韵员基因序列能够对鼠类进行有效的物种鉴定。
[关键词]鼠类分类;悦韵员基因;阅晕粤条形码;分子进化树
中图分类号匝猿源猿援员;砸员愿源援猿缘文献标识码粤
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论革命种属的快速鉴定是鼠类研究的重要内容,由于形态学鉴定的局限性和传统分类学家队伍的持续缩减,鼠类分类学的发展迫切需要新技术的支持。近年来,随着分子技术的发展,基于阅晕粤条形码的分子分类系统克服了传统形态学分类存在的缺陷,已成为生物分类学研究中引人注目的新方向和研究热点。阅晕粤条形码通过对一个标准目的基因的阅晕粤序列进行分析,从而对相关物种进行鉴定〔员〕。线粒体阅晕粤以母系遗传为主,基因重组率低,同时进化速率较快,是进行遗传进化和种分类研究的良好材料。且大多数动物的悦韵员基因可以被通用引物所扩增,因此,动物界物种鉴定通常选择悦韵员基因作为条形码〔圆〕。
员材料与方法采自中国境内的樟木地区和尼泊尔境内的郭达日村,各取其肝脏,原愿园益保存备用。
员援圆主要试剂和材料基因组提取试剂盒购自陨灶增蚤贼则燥早藻灶公司;凿晕栽孕泽、耘载栽葬择阅晕粤聚合酶等购自大连宝生物工程公司;胶回收试剂盒购自上海华舜生物工程有限公司;通用引物由上海生工(杂葬灶早燥灶)合成。取肝脏标本缘园皂早,用剪刀剪碎,提取基因组阅晕粤,提取过程按照试剂盒操作说明书进行。原圆园益保存备用。扩增鼠类悦韵员基因片段。孕悦砸扩增的通用引物序列如下:
通用引物员:
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通用引物圆:
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员援员样品采集本研究使用的源圆个鼠类标本分别
作者单位:愿缘园园园圆拉萨,西藏出入境检验检疫局(陈春生);中国检验检疫科学研究院(张晓龙,房键慧,曹晓梅,潘其礼,王静);成都军区疾病预防控制中心(张雪莲,范泉水,牛文忠,胡小兵);西藏地方病防治所(格龙)
万方数据
西南国防医药 圆园员圆  年 员  月第 圆圆  卷第 员  期 ·圆
猿·
圆援 圆
悦韵员  基 因 片 段 的 月蕴粤杂栽  比 对 结 果 结 合
悦粤粤悦悦粤陨粤粤陨郧粤陨粤栽陨郧郧 鄄猿鸳
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孕悦砸 反应扩 增 体 积 为 圆缘  μ造,其 中 员园  伊  缓 冲 液 圆援 缘  μ造,员园  皂酝  凿晕栽孕园援 缘  μ造,引 物 各 园援 缘  μ造,蕴粤  栽葬择 酶 园援 员缘  μ造,模板 阅晕粤  圆  μ造。孕悦砸 反应条件为:怨缘  益
预变性 缘  皂蚤灶,怨源  益 变性 猿园  泽,缘源  益 退火 猿园  泽,苑圆  益 延 伸 员  皂蚤灶,猿缘
个循环,最后再 苑圆  益 延伸 员园  皂蚤灶。每 次 孕悦砸 设立不含模板 阅晕粤  的空白对照。扩增产物 郧藻灶月葬灶噪 中 其 他 鼠 类 物 种 的 阅晕粤  条 码,将 上 述 员苑 个样本的 悦韵员  基因序列进行 月蕴粤杂栽  比对,与各样本 同源性最高的鼠种见表 员。
圆援 猿        员苑  个样本的分子进化树    分 别 将 员圆 条 由 引 物 员  扩增出的 悦韵员  基因序列和 缘  条由引物 圆  扩增出 的 悦韵员  基因序列构建分子进化树( 图 圆)。
员援  猿 基 因 序 列  月蕴粤杂栽    比 对 所 获 序 列 用 悦蕴哉杂栽粤蕴宰 软件 进 行 比 对( 匀藻遭藻则贼  等,圆园园猿 ),并 与 郧藻灶月葬灶噪 中 鼠 线 粒 体 悦韵员  基因序列进行 比 较。 用 酝耘郧粤 源援 园  软 件( 运则藻泽泽 等,圆园园缘 )中 的 运蚤皂怎则葬  双 参 数法计算遗传距离。 圆 结果
圆援 员 悦韵员 基因扩增结果 利用合成的引物扩增出 约 愿园园  遭责  的片段,与目标片段的长度相符。经过胶 回收和基因片段测序进一步确 认。 有 员苑  个 样 本 成 功扩增出 悦韵员  基 因 片 段,其 中 再阅缘园、在酝园猿、再阅源怨、 在酝园源、在酝圆员 的目的片段是用引物 圆  为 引 物 扩 增 出 的。见图 员。
图 圆      分子进化树
猿 讨论
因为动物线粒体 阅晕粤 具有结构简单、呈母系遗 传、几乎不发生重组、进化速度快等特 点,是研究种
间分子进化和系统发育最有用的基因之一〔猿〕
。本研
究采用通用引物对 源圆  个鼠类标本的线粒体 阅晕粤 中 的 悦韵员  基 因 进 行 扩 增,只 有 其 中 员苑  个 标 本 扩 增 出 了目的条带,考虑未全部扩增出目的条带的原因,可 能是通用引物在鼠类中不具有普遍的适用 性,也可 能扩增体系的条件不完全适合,在后续的研究中将 加以改善。
准确的物种鉴定是人类认知自然和可持续发展 的必要前提。形态学特征鉴定物种已难以满足科学 发
展的巨大需求〔源〕
。而种内和种间遗传距离的大小 是进行物种间鉴定的重要标志,较大的种间差异是 对物种进行准确鉴定的先决条件〔缘〕
。此次实验构建 的分子进化树显示,员苑 个标本的种内遗传距离平均 值为 园援 园猿缘,种间遗传距离平均值为 园援 源苑,种间遗传 距离是种内遗传距离的  员园  倍 以 上〔圆〕。 由 此 说 明,
悦韵员  基因序列能够对鼠类进行有效的物种鉴定。从
图 员      鼠 悦韵员  基因扩增产物电泳
万方数据
西南国防医药 圆园员圆  年 员  月第 圆圆  卷第 员  期
·圆源·
非人类表 员      悦韵员  基因序列的 月蕴粤杂栽 比对结果
本研究的初步 结 果 看,用 悦韵员  基 因 的 阅晕粤  条 形 编 码进行种类鉴定具有方便、快捷、经济
、准确等优点,
具有一定的可行性〔缘〕。此外,马英〔远〕
对青海省小型 兽类样本的 悦韵员  基因部分序列进行了测定,结果显 示同一物种的不同个体均形成高支持率的单系,种 间分支很明显,说明啮齿动物线粒体 悦韵员  基因是一 个有效的 阅晕粤 条形码标准基因。
自从 圆园园猿  年加拿大科学家  孕怎葬造  匀藻遭藻则贼 提出了 阅晕粤 条码的概念以来,利用线粒体细胞素 悦  氧化
酶Ⅰ亚基( 皂贼悦韵Ⅰ)这一特定基因的特定区段作为
阅晕粤  条码为生物 物 种 编 码〔苑〕
对研究物种的分类具 有重大意义。而作为能够用作条形编码的基因,必 须具备两个看似矛盾的特征,一是必须具有相对的 保守性,便于用通用引物扩增出来;二是要有足够的
变异能够将物种区别开来〔愿〕
最近几年,利用线粒 体 阅晕粤  悦韵员 基因作为条形码对物种进行鉴定研究 已得到越来 越 广 泛 应 用。阅晕粤  条 形 码 作 为 可 信 息 化的分类学标准和有效分类学手段,逐步发展为学 科前沿之一。可以预见,在未来的遗传学和物种分 类学上,阅晕粤 条 形 码 以分类学知识为基 础,促进了 不同学科之间的相互联系,将产生重大的科学影响
和深远的社会及经济意义〔怨〕
【 参考文献】
藻曾贼则葬燥则凿蚤灶葬则赠  糟则赠责贼蚤糟 凿蚤增藻则泽蚤贼赠 蚤灶 葬灶  葬皂责澡蚤责燥凿 早藻灶怎泽:蚤皂责造蚤糟葬贼蚤燥灶泽 枣燥则  凿藻泽藻则贼  泽责则蚤灶早  糟燥灶泽藻则增葬贼蚤燥灶[ 允 ]援  酝燥造  耘糟燥造,圆园园远 ,员缘 :猿园苑猿  鄄猿园愿圆 援
匀藻遭藻则贼 孕 阅  晕,
砸葬贼灶葬泽蚤灶早澡葬皂 杂,宰葬葬则凿 允  砸援 月葬则糟燥凿蚤灶早 葬灶蚤皂葬造 造蚤枣藻糟赠贼燥糟澡则燥皂藻 悦燥曾蚤凿葬泽藻 泽怎遭怎灶蚤贼 员  凿蚤增藻则早藻灶糟藻泽 葬皂燥灶早 糟造燥泽藻造赠  则藻造葬贼藻凿 泽责藻糟蚤藻[泽  允]援 孕则燥糟 砸  杂燥糟蕴燥灶凿  月蚤燥造 杂
糟蚤,圆园园猿 ,圆苑园 :怨远  鄄  怨怨 援高玉时,
屠云洁,
童海兵,等援 远  个地方鸡种线粒体 悦韵陨 基因的 阅晕粤 条形码[ 允]援 农业生物技术学报,圆园园苑 ,员缘(远 ):怨圆源  鄄  怨猿园 援孟玮,杨天燕,海萨,等援 基于线粒体 悦韵陨  基因序列的亚东 鲑 阅晕粤 条形码研究[ 允]援 水产学杂志,圆园员园 ,圆 (员 ):圆园员园  鄄  圆园员源 援彭居俐,王绪祯,
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马英援 阅晕粤 条形码技术在青海省小型兽类及寄生蚤鉴定中的 应用研究[ 阅]援 北京:中国疾病预防控制中心,圆园员园 援 匀藻遭藻则贼  孕  阅  晕,悦赠憎蚤灶泽噪葬  粤,月葬造造  杂  蕴,藻贼  葬造援 月蚤燥造燥早蚤糟葬造  蚤凿藻灶贼蚤枣蚤糟葬贼蚤燥灶泽贼澡则燥怎早澡 阅晕粤  遭葬则糟燥凿藻[泽  允]援 孕则燥糟藻藻凿蚤灶早 燥枣 贼澡藻 砸燥赠葬造 杂燥糟蚤藻贼赠 月:月蚤燥造燥早赠杂糟蚤藻灶糟藻,圆园园猿,圆苑(园  员缘员圆):猿员猿 鄄  猿圆员援
肖武汉,张亚平援 鱼类线 粒 体 阅晕粤[ 允]援 水 生 生 物 学 报,圆园园园 , 圆源(源 ):猿愿源  鄄  猿怨员 援 苟惠天,
关贵全,殷 宏,等援 阅晕粤  条形码技术在兽医寄生虫学 研究中的 应 用[ 允 ]援  中 国 兽 医 科 学,圆园员员 ,源员( 员员 ):员圆园远  鄄员圆员园 援
〔圆 〕 〔 猿 〕 〔源 〕 〔缘 〕 〔远 〕 〔苑 〕
〔愿 〕 〔怨 〕 ( 收稿日期:圆园员员  鄄  员圆  鄄  员远 )
〔员 〕    宰蚤贼贼 允  阅  杂,栽澡藻则造燥枣枣  阅  蕴,匀藻遭藻则贼  孕  阅  晕援 阅晕粤  遭葬则糟燥凿蚤灶早  则藻增藻葬造泽
·短篇·
巧用术后宁 员    方法
陈丽玲,郑丽霞
[ 关键词]  术后宁;骨牵引;护理
取已灭菌的术后 宁( 海南新阳光药械有限公司生 产 ),
规格为 苑  糟皂 伊 远  糟皂 大小,使用时先用 缘豫 的碘伏棉签消毒牵 引针眼处;撕开术后宁外包装,取出术后宁后,用无菌剪刀从 术后宁长边中间剪开一长约 猿  耀 源  糟皂 的口子,然后撕开剥离 纸,开口通过牵引针贴于针眼上即可。每周二、五更换,如果 敷料渗血较多时,随时更换。 中图分类号    砸 源苑猿援 远
文献标识码 月 文章编号    员园园源  鄄园员愿愿(圆园员圆)园员  鄄园园圆源  鄄园员 凿燥蚤:员园援 猿怨远怨 辕躁援蚤泽泽灶援 员园园源  鄄园员愿愿援 圆园员圆援 园员援 园远猿
临床上在骨牵引患者的牵引针眼护理中,传统的方法是用 苑缘豫 的酒精消毒针眼处,用纱布覆盖。此方法比较繁琐,给繁忙 的护理工作增添工作量,也容易出现遗漏等问题。近年我科在 骨牵引患者的针眼保护方法上做了改进,现介绍如下。
圆    优点
此方法简单方 便;术 后宁中间的敷料比输液用优韧宁 厚,能较有效吸 收 渗 血 渗 液;无 需每天更换消 毒,减轻工作 量,降低感染机会。
作者单位:猿远猿园园园  福建 厦门,解放军 员苑缘  医院〈 厦门大学附属东
南医院〉骨科
聚砜
( 收稿日期:圆园员员  鄄  园猿  鄄  圆怨 )
人造美女郝璐璐
万方数据
序列 比对结果 序列 比对结果 序列  比对结果 序列  比对结果 在酝园员
黄胸鼠 在酝园圆 缅甸小鼠 在酝园猿 黄胸鼠 在酝园源 黄胸鼠 晕月园远
褐家鼠
在酝园怨 黄胸鼠 晕月员园  黄胸鼠 晕月员缘  中麝鼩 晕月员远
土小家鼠
在酝员苑 黄胸鼠 在酝圆园 小家鼠 在酝圆员 黄胸鼠 再阅源源
高原鼠兔
再阅源远 高原鼠兔 再阅源怨 黄胸鼠 再阅缘园 黄胸鼠 再哉杂园远
高原鼠兔

本文发布于:2024-09-22 10:33:21,感谢您对本站的认可!

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