PCR的种类

种类
原理
备注
反向PCR( Inverse PCR, IPCR)技术
反向PCR是克隆已知序列旁侧序列的一种方法.主要原理是用一种在已知序列中无切点的限制性内切酶消化基因组DNA.后酶切片段自身环化.以环化的DNA作为模板,用一对与已知序列两端特异性结合的引物扩增夹在中间的未知序列。该扩增产物是线性的DNA片段,大小取决于上述限制性内切酶在已知基闲侧翼DNA序列内部的酶切位点分布情况。用不同的限制性内切酶消化,可以得到大小不同的模板DNA,再通过反向PCR获得未知片段
该方法的不足是:需要从许多酶中选择限制酶,或者说必须选择一种合适的酶进行酶切才能得到合理大小的DNA片段。这种选择不能在非酶切位点切断靶DNA。大多数有核基因组含有大量中度和高度重复序列,而在YAC或Cosmid中的未知功能序列中有时也会有这些序列,这样,通过反向PCR得到的探针就有可能与多个基因序列杂交。
锚定PCR(Anchored PCR, APCR)技术
用酶法在一通用引物反转录花的启示cDNA3-末端加上一段已知序列, 然后以此序列为引物结合位点对该cDNA进行扩增, 称为APCR烽火通信南京研发中心
应用:它可用于扩增未知或全知序列, 如未知cDNA的制备及低丰度cDNA文库的构建。
不对称PCR(asymmetric PCR)技术
两种引物浓度比例相差较大的PCR技术称不对称PCR。在扩增循环中引入不同的引物浓度, 常用50~100÷1比例。在最初的10~15个循环中主要产物还是双链DNA, 但当低浓度引物被消耗尽后, 高浓度引物介导的PCR反应就会产生大量单链DNA
应用:可制备单链DNA片段用于序列分析或核酸杂交的探针。
反转录PCR(reverse transcription, RT- PCR油液分析)技术
可操作性
当扩增模板为RNA时, 需先通过反转录酶将其反转录为cDNA才能进行扩增。
RT - PCR应用非常广泛, 无论是分子生物学还是临床检验等都经常采用。
修饰引物PCR技术
为达到某些特殊应用目的, 如定向克隆、定点突变、体外转录及序列分析等, 可在引物的5’-端加上酶切位点、突变序列、转录启动子及序列分析结合位点等 。
巢式PCR(NEST PCR)技术
先用一对靶序列的外引物扩增以提高模板量, 然后再用一对内引物扩增以得到特异的PCR带, 此为巢式PCR。若用一条外引物作内引物则称之为半巢式PCR。为减少巢式PCR的操作步骤可将外引物设计得比内引物长些, 且用量较少, 同时在第一次PCR时采用较高的退火温度而第二次采用较低的退火温度, 这样在第一次PCR时, 由于较高退火温度下内引物不能与模板结合, 故只有外引物扩增产物, 经过若干次循环, 待外引物基本消耗尽, 无需取出第一次PCR产物, 只需降低退火即可直接进行PCR扩增。这不仅减少操作步骤, 同时也降低了交叉污染的机会。这种PCR称中途进退式PCR( drop-in, drop-out PCR)
主要用于极少量DNA模板的扩增。
等位基因特异性PCR(Allele- specificPCR, ASPCR)技术
ASPCR依赖于引物3’- 端的一个碱基错配,不仅减少多聚酶的延伸效率,而且降低引物-模板复合物的热稳定性。
这样有点突变的模板进行PCR扩增后检测不到扩增产物,可用于检测基因点突变。
单链构型多态性PCR(single- strandconformational polymorphism PCR, SSCPPCR)技术
SSCP- PCR是根据形成不同构象的等长DNA单链在中性聚丙烯酰胺凝胶中的电泳迁移率变化来检测基因变异。在不含变性剂的中性聚丙烯酰胺凝胶中,单链DNA迁移率除与DNA长度有关外,更主要取决于DNA单链所形成的空间构象2012新课标理综, 相同长度的单链DNA因其顺序不同或单个碱基差异所形成的构象就会不同,PCR产物经变性后进行单链DNA凝胶电泳时, 每条单链处于一定的位置,靶DNA中若发生碱基缺失、插入或单个碱基置换时,就会出现泳动变位,从而提示该片段有基因变异存在。
低严格单链特异性引物PCR (Lowstringencysingle specific primer PCR, LSSP- PCR)技术
LSSP - PCR 是建立在PCR 基础上的又一种新型基因突变检测技术。要求是“二高一低”, 高浓度的单链引物( 5’- 端/ 3’- 端引物均可),约4. 8Lmol,高浓度的Taq 酶( 16Lmol/ 100ml) , 低退火温度( 30℃),所用的模板必须是纯化的DNA片段。在这种低严格条件下, 引物与模板间发生不同程度的错配, 形成多种大小不同的扩增产物, 经电泳分离后形成不同的带型。对同一目的基因而言, 所形成的带型是固定的, 因而称之为“基因标签”。
这是一种检测基因突变或进行遗传鉴定的快速敏感方法。
复合PCR(multiplex PCR)技术
在同一反应中用多组引物同时扩增几种基因片段,如果基因的某一区段有缺失,则相应的电泳谱上这一区带就会消失。雅信cat
复合PCR主要用于同一病原体的分型及同时检测多种病原体、多个点突变的分子病的诊断。
重组PCR技术
重组PCR技术是在两个PCR扩增体系中, 两对引物分别由其中之一在其5’-端和3’-端引物上带上一段互补的序列,混合两种PCR扩增产物,经变性和复性,两组PCR产物互补序列发生粘连,其中一条重组杂合链能在PCR 条件下发生聚合延伸反应,产生一个包含两个不同基因的杂合基因。

本文发布于:2024-09-24 22:35:54,感谢您对本站的认可!

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