稀释引物

干粉引物溶解稀释方法:
  收到引物后,在开启离心管盖前在3000-4000转/分钟的转速下离心1分钟,以防开盖时引物干粉散失。引物保存在高浓度的状况下比较稳定。如果对实验的重复性要求较高,合成的OD数较大,建议分装,避免反复冻融。引物一般配制成10-100pmol/ul(umol/l)。
  三博远志的引物在出厂时都标有1OD 相当于多少umol 的计算结果,进行稀释时的引物加水量可以按以下公式计算:
  稀释成100pmol/ul 1OD 需加水量(ul)=1OD相当于umol 数×10000
  例如,您拿到的引物DNA合成报告单上标有1OD≈0.0035umol ,包装量是1OD/管,如果您希望将引物浓度定为100umol/L,那么只需用35ul无核酸酶的双蒸水将1OD的引物干粉溶解即可。
  ◆液体引物再稀释可用下列公式:
  稀释引物要达到的浓度(pmol/ul)=母液浓度(pmol/ul)×汲取母液的体积(ul)÷(汲取母液的体积(ul)+加水量(ul))
收到引物后,在开启离心管盖前在3000-4000转/分钟的转速下离心1分钟,以防开盖时引物干粉散失。引物保存在高浓度的状况下比较稳定。如果对实验的重复性要求较高,合成的OD数较大,建议分装,避免反复冻融。引物一般配制成10-100pmol/ul(umol/l)。
  三博远志的引物在出厂时都标有1OD 相当于多少umol 的计算结果,进行稀释时的引物加水量可以按以下公式计算:
  稀释成100pmol/ul 1OD 需加水量(ul)=1OD相当于umol 数×10000
枫丹白露画派  例如,您拿到的引物DNA合成报告单上标有1OD≈0.0035umol ,包装量是1OD/管,如果您希望将引物浓度定为100umol/L,那么只需用35ul无核酸酶的双蒸水将1OD的引物干粉溶解即可。
  ◆液体引物再稀释可用下列公式:
  稀释引物要达到的浓度(pmol/ul)=母液浓度(pmol/ul)×汲取母液的体积(ul)÷(汲取母液的体积(ul)+加水量(ul))
  1. Oligo DNA是以OD260单位来计算的,这是指在1ml体积1cm光程标准比皿中,260nm波长下吸光度为1A260的Oligo溶液定义为1 OD260单位,根据此定义,1 OD260单位相当于33μg的Oligo DNA,您可以根据此数据和您的Oligo DNA分子量,计算得到摩尔数以计算不同摩尔浓度的溶液。
  2. 引物序列的分子量计算公式如下:
  MW=(A碱基数×312)+(C碱基数×288)+(G碱基数×328)+(T碱基数×303)-61
  例如:引物TGGGCGGCGGTTGGTGTTACG A=1 C=3 G=11 T=6
  MW=(1×312)+(3×328)+(6×303)-61=6541
  3. Oligo DNA的分子量也可以用以下近似方法计算:Oligo DNA中的每个脱氧核苷酸碱基的平均分子量近似为324.5,则一条Oligo DNA的分子量=碱基数×324.5。
  例:您得到一管标为5 OD260的20 mer Oligo DNA
  分子量=20×324.5=6490
  质量数=5×33=165μg
  摩尔数=165/6490=0.025μmol=25nmol
  若加灭菌双蒸水400μl溶解,则浓度为25nmol/400μl=62.5μM
  4. 装有引物的eppendorf管一般保存于-20℃,临用前稀释。
  5. 由于Oligo DNA呈很轻的干膜状附在管壁上,打开时极易散失,所以打开管子前请先离心10,000rpm,1min,然后再慢慢打开管盖。
  6. 在装有引物的eppendorf管内加入100-500μl双蒸水,盖上管盖,充分上下振荡5-10分钟,再次离心10,000rpm,1min。
  7. 计算原引物管primer的浓度(必要时测OD260核对厂家提供引物量是否正确)。yuqing
  8. 计算并将应用primer稀释为10pmol/μl。
  9. 标明原引物管、应用引物管、稀释方法,置-20℃保存。
  一般合成的引物以OD来2.怎样溶解引物?
数据通信网一般合成报告单给出了每OD引物的摩尔数,根据该数值,您可以根椐您的实验需要加入适量的无核酸酶的双蒸水(PH>6.0)或TE缓冲液(PH 7.5-8.0),开启瓶盖溶解之前最好在3000-4000转/分钟 的转速下离心1分钟,防止开盖时引物散失。
合成的引物应如何保存?
没有溶解的引物非常稳定,可以在-20张炜 你在高原下保存至少1年,溶解好的引物可以事先稀释为100μmoL/L的储存液,分装数份保存于-20冰箱,可以保存至少半年以上(反复多次冻融会降低使用寿命)。使用前,将浓溶液稀释成工作液(10 pmol/ml或20 pmol/ml)后进行实验。
注意工作液千万别用TE稀释,要用DEPC水,或去离子水稀释.因为TE可以鏊合镁离子,镁离子对Taq酶活性发挥至关重要,影响PCR反应.
1.如何测定引物的OD值?
  用紫外分光光度计在260nm波长测定溶液的吸光度来定量,请注意紫外分光光度计的使用,测定时溶液的吸光度最好稀释到0.2-0.8之间(吸光度太高或太低会有较大的误差)。DN废墟上的鲜花
A干粉用一定体积的水充分振荡溶解以后,取部分溶液稀释到1ml并在1ml标准比皿中测定其吸光度,即为所测体积的OD值,进而可以计算出母液的OD值。
  举例:您拿到一管干粉的DNA,用1ml水溶解成母液,取该母液50μL稀释成1ml并在1ml标准比杯中测定的吸光度为0.25,说明该50μL中含有0.25OD的DNA,也即说明原来1ml母液中含有5OD的DNA。
2.怎样溶解引物?
  生工的合成报告单给出了每OD引物稀释为100μmoL/L(即100pmol/ul)浓度的加水量,您可以根椐您的实验需要加入适量的无核酸酶的双蒸水(PH>6.0)或TE缓冲液(PH 7.5-8.0),开启瓶盖溶解之前最好在3000-4000转/分钟 的转速下离心1分钟,防止开盖时引物散失。
  3.合成的引物应如何保存?
  没有溶解的引物非常稳定,可以在-20℃下保存至少1年,溶解好的引物可以事先稀释为100μmoL/L的储存液,分装数份保存于-20℃冰箱,可以保存至少半年以上(反复多次冻融
会降低使用寿命)。使用前,将浓溶液稀释成工作液(10 pmol/ml或20 pmol/ml)后进行实验。
  4.如何检测引物的纯度?
  实验室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的一定浓度的聚丙烯酰胺凝胶进行电泳,<12个碱基的引物用20%的胶,12-60个碱基的引物用16%的胶,>60个碱基的引物用12%的胶,取0.2OD左右的引物,用尿素饱和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到饱和,上样前加热变性(95℃,2min)。加入尿素的目的一是变性,二是增加样品比重,容易加样。600V电压进行电泳,一定时间后(约2-3小时),剥胶,用荧光TLC板在紫外灯下检测带型,在主带之下没有杂带,说明纯度是好的(有时由于变性不充分,主带之上可能会有条带,乃是引物二级结构条带)。
  5.一般的合成的引物在5'和3'末端有磷酸基团吗?
  没有,5'和3'末端均为-OH基。如需要加磷酸基团,订货时需特别注明。 
  6.合成的引物进行PCR反应时无目的带,怎么办?
  PCR反应失败的原因很多,可以从以下几个方面考虑。
  1) 引物和模板是否配对,同源性有多大?
  2) 引物本身是否有立体结构.
  3) PCR反应用试剂是否能正常工作?
  4) PCR仪是否工作正常?
  5) PCR反应条件是否合适?
  如果一切正常,还无法解决问题时,生工将为您免费重新合成引物。
  7.测定了引物的OD值后发现A260/A280<1.8,引物的纯度合格吗?
  由于核酸在260nm附近有强吸收,而蛋白质在280nm附近有强吸收,从生物体内提取核酸时,常用A260/A280比值来评价核酸纯度(比值在1.8~2.0之间),这一判断是基于序列中A、G、C、T所占比例大致相同时的结果。而合成的DNA/RNA则不同,序列很短 (通常在2
0~30个碱基之间),其中A、G、C、T各种碱基所占比例很不相同,由于各种碱基的摩尔消光系数不同,因此不同碱基构成的引物的A260/A280比值也不同,例如当序列中C、T碱基的含量高时,该比值会大大低于1.8。所以不能用A260/A280的比值来判断引物的纯度
  8.上海生工可以合成多长的序列?
  由于用户和基因拼接的要求,生工很好地合成过不少于100碱基左右长度的长片段。因为生工可以提高起始合成数量、加大合成用的试剂量、用PAGE纯化。如果您的实验需要,生工愿意接受110碱基以下的订单。
  9.PCR产物经过克隆以后测序发现引物区与合成序列不相符合,怎么办?
文振富  多数是PCR过程和克隆过程中引入的错误。遇到这种情况,请您:
  1) 可以要求生工重新免费合成引物。
  2) 重新挑取克隆测序,会有到正确克隆的可能.
  10.如何将两条互补的单链退火形成双链?
  用退火缓冲液(10mM Tris, pH 7.5 - 8.0, 50mM NaCl, 1mM EDTA)溶解引物, 将要退火的引物等摩尔数混合,总体积不要超过500微升,加热到95℃ 2mins,然后缓慢冷却至室温(低于30度)即可。退火的产物可以放在4度待用。
  11.使用3%的Agarose凝胶电泳分析合成的引物,发现有很多条泳带,为什么?
  对引物进行电泳一定要使用变性PAGE电泳。由于引物是单链DNA,容易形成复杂的立体结构,因此进行Agarose电泳时,容易出现多条泳带,更无法用Agarose电泳进行定量了
  12.能否根据引物电泳后EB染后条带的亮度对合成的引物进行定量?
  不能。因为EB是通过嵌入到核酸的双螺旋间而使其着的。合成的DNA分子为单链,只有通过自身回折形成局部发夹环结构或链间形成部分双螺旋结构,才能被EB染。由于不同引物的序列不同,形成双螺旋的能力不同,因此染能力不尽相同,也就不能根据EB染带的亮度来对合成的DNA进行定量。
  13.2 OD的引物可以多少做次PCR反应?
  一般来讲,20个碱基左右的2 OD的引物最少可以做400次PCR反应。
  14. DNA合成粗产物中含有什么杂质?
  DNA合成仪合成的粗产物,其中除了含有所需的目的DNA片段以外,还含有合成反应过程中产生的目的片段短的失败片段以及脱保护基团产生的铵盐,生工提供的引物已全部通过纯化去除短片段、通过脱盐去除盐分。

本文发布于:2024-09-25 02:30:16,感谢您对本站的认可!

本文链接:https://www.17tex.com/xueshu/268132.html

版权声明:本站内容均来自互联网,仅供演示用,请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系,我们将在24小时内删除。

标签:引物   合成   稀释   生工   进行   溶解   干粉
留言与评论(共有 0 条评论)
   
验证码:
Copyright ©2019-2024 Comsenz Inc.Powered by © 易纺专利技术学习网 豫ICP备2022007602号 豫公网安备41160202000603 站长QQ:729038198 关于我们 投诉建议