引物二聚体的形成

什么是引物二聚体怎样消除引物二聚体
是引物的3'端间相互错配扩增形成的。引物二聚体的出现是必然的,只是或多或少的问题,电泳时看不到引物二聚体带也不代表没有二聚体出现,只是含量低我们 的肉眼看不到而已。提高PCR严谨性(包括提高退火温度,降低引物浓度等)可大大降低二聚体的浓度。减少PCR产物中引物二聚体的方法:1从引物自身 着手,重新设计引物,这是最根本解决这一问题的办法;2.可能模板有问题;模板浓度过小,适当加大模板量;酶,引物,Mg2+浓度可能过高,可 降低它们的浓度;4.取你所要加的上下游引物混合后,在100摄氏度下的沸水中煮5分钟,然后迅速拿出至于冰块之上瞬时冷却,这时再加入反应体系当中,引 物二聚体就会消失的;理由:引物可能会发生发夹结构,自身环化等结构,在100摄氏度下的沸水中煮5分钟可使引物变为单链,以减少二聚体。不过有人认为在 PCR仪上95度变性5min也同样达到目的,而且成功试过通过延长退火时间也可以消除引物二聚体。5.所配MIX中加5%的甘油或者5%的DMSO,可 以增强特异性;反应体系的配制在冰上进行,最后加TAq酶,PCR结束后,产物勿放置在室温下过长时间,有人认为室温下有些TAQ酶会将多余的 引物合成为二聚体。7.增加循环数;8.降低退火温度后有条带,则应逐渐提高温度,若提高温度的同时产物量减少,则考虑增加镁离子浓度(根据扩增片断长度 而定,片段长则相应镁离子浓度应该高一些);9.若降低退火温度,
安徽中医学院图书馆
发现还是只有引物二聚体,而且镁离子的浓度在20-25mmol/l没有区别,则考虑 Buffer等试剂没有完全融解、混匀,导致吸取的试剂浓度不对。
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10. 以上次的PCR产物作模板二次PCR,可以提高引物与模板的特异性,减少引物二聚体,如果两次时间间隔短的话,可以把原产物稀释100-1000倍,如果间隔较长可以稀释50-100倍。
反应成分问题:
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可能的原因
解决办法
  引物3’端互补
  重新设计引物
野生动植物资源保护与利用  引物长度过短
  增大引物长度
  引物浓度太高
  降低引物浓度
  模板浓度太低
  提高模板浓度
反应条件问题:

本文发布于:2024-09-25 02:23:54,感谢您对本站的认可!

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