测序想要完美,引物的选择很重要

测序想要完美,引物的选择很重要
路遥说,⼈⽣的道路虽然漫长,但紧要处常常只有⼏步,特别是当⼈年轻的时候。同样的,科研的道路虽然漫长,但决定成就的只有⼏点,特别是做实验时是否谨慎。
影响Sanger测序结果的条件有很多,前⾯已经详细介绍过了单条带稳定的PCR产物的制备,今天为您解析另⼀个关键因素——如何选择测序引物。
测序引物不能等同于PCR扩增引物,需要满⾜以下⼏个条件:湖北省图书馆
⽐较 | 通⽤引物优势显
测序通⽤引物⼀般是根据载体的元件(启动⼦、终⽌⼦等)选择的,例如常见的通⽤引物T7即T7启动⼦,CMV-Forward是由CMV启动⼦设计的,M13F则是根据lac Z基因得来的。现在常说的通⽤引物还包括针对某些载体设计的载体引物,例如根据载体的绿⾊荧光蛋⽩基因设计的载体引物pEGFP-C-3。
测序公司通常会免费提供⼀些常见通⽤引物。这些经过QC验证的引物,质量上有更好的保证。⽤载体的通⽤引物测序,可以监测出⽬的⽚段是否成功克隆到载体中(是否为空载)。考虑到通⽤引物的技术和成本优势,⾦唯智建议您实验中尽可能选⽤通⽤测序引物。
功率因数校正
⼀般情况下,PCR产物(尤其是较短的PCR产物)测序结果不理想时,可以将PCR产物克隆到载体中,⽤载体的通⽤引物测序。特别是当PCR⽚段长度⼩于200bp时,建议您优先选择克隆到载体中测序。
配对 | 载体、位点是关键
通⽤引物只与载体相关,不受⽬的⽚段限制。测序时,不同载体需选择不同的通⽤引物。
某个载体该选⽤什么通⽤引物,可以通过⾦唯智公司官⽹上“服务资源”中的“免费通⽤引物”或者登录⾦唯智在线订单系统中的“通⽤引物选择⼯具”进⾏查询。
中牟黑大蒜⼏种常见载体所使⽤的通⽤引物
除了载体,引物结合位点对通⽤引物的选择也有很⼤影响。由于Sanger测序法的局限性,通常刚开始的50bp-100bp测序不太稳定,通⽤引物不能距离克隆位点太近(建议⼤于50bp),否则有可能会导致部分⽬的⽚段测不出来。因此,T 载体(pMD 18-T载体)的测序通常选择正向引物M13F(-47)和反向引物M13R(-48)⽽不建议选择M13F和M13R。
pMD 18-T载体图谱及相关位点说明干支表
图⽰:M13F和M13R虽然在T载体克隆位点两端也有结合位点,但是距离多克隆位点太近(约30bp),因此对T载体测序通常会选择距离克隆位点约50bp的正向引物M13F(-47)和距离克隆位点约60bp的反向引物M13R(-48)。
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标签:引物   载体   测序
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