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限制性内切酶酶切位点保护碱基

寡核苷酸近末端位点的酶切
(Cleavage Close to the End of DNA Fragme nts (oligo nu cleotides))
为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求，    NEB采用了一系列
含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。实验结果对于确定双酶切 顺序将会有帮助（比如在多接头上切割位点很接近时），或者当切割位点靠近 DNA末端时也很有用。在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加 上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。
实验方法：用r[32P]ATP在T4多聚核苷酸激酶的作用下标记 0.1A260单位的寡核 苷酸。取1卩已标记了的寡核苷酸与20单位的内切酶，在20°C条件下分别反
应2小时和20小时。反应缓冲液含70 mM Tris-HCl （pH , 10 mM MgCI, 5 mM DTT 及适量的NaCI或KCI （视酶的具体要求而定）。20%的PAGE（7 M尿素）凝胶电 泳分析，经放射自显影确定酶切百分率。
本实验采用自连接的寡核苷酸作为对照。 若底物有较长的回文结构，切割效率则 可能因为出现发夹结构而降低。
DNA合成，新链的延伸方向是 573因此，需要在5端加上酶切位点，因为内切酶除了有特异 的识别位点之外，还需多几个无需特异性的碱基提供一个    platform让它可以结合上去， 否则
会掉下来.引物的结构就是（573）：保护碱基+酶切位点+原来的引物序列
首先要看目的基因中是否含有该酶切位点，只有没有的才可以选    （小虾米酶切位
点分析）。其次，如果需要做表达，需要考虑起始密码子，防止移码突变
1酶
寡核苷酸序列
链长
切割率%
2 hr
20 hr
Acc I
GGTCGACC
8
0
0
CGGTCGACCG
10
0
0
CCGGTCGACCGG
12
0
0
Afl III
CACATGTG
8
0
0
CCACATGTGG
10
>90
>90
CCCACATGTGGG
12
>90
>90
Asc I
GGCGCGCC
8
>90
>90
AGGCGCGCC
10
>90
>90
TTGGCGCGCCA
12
>90
>90
Ava I
CCCCGGG5
8
50
>90
CCCCCGGG5G
10
>90
>90
TCCCCCGGSGA
12
>90
>90

BamH I
CGGATCCG
8
10
25
CGGGATCCCG
10
>90
>90
CGCGGATCC3CG
12
>90
>90
Bgl II
CAGATCTG
8
0
0
GAAGATCTTC
10
75
>90
GGAAGATCTTCC
12
25
>90
BssH II
GGCGCGC
8
0
0
AGGCGCGCCT
10
0
0
TTGGCGCGCAA
12
50
>90
BstE II
GGGT(A/T)ACCC
9
0
10
BstX I
AACTGCAGAACCAATGCATTGG
22
0
0
AAAACTGCAGCCAATGCATTGGA
24
25
50
CTGCAGAACCAATGCATTGATGCAT
27
25
>90
Cla I
CATCGATG
8
0
0
GATCGATC
8
0
0
CCATCGATGG
10
>90
>90
CCCATCGATGGG
12
50
50
EcoR I
GGAATTCC
8
>90
>90
CGGAATTCCG
10
>90
>90
CCG3AATTCCGG
12
>90
>90
八数码问题Hae III
GGGGCCCC
8
>90
>90
AGCGGCC3CT
10
>90
>90
TTG0GGCC3CAA
12
>90
>90
Hi nd III
CAAGCTTG
8
0
0
CCAAGCTTGG
10
0
0
CCOAAGCTTGGG
12
10
75
Kpn I
GGGTACCC
8
0
0
GGGGTACCCC
10
>90
>90
CGGGGTACCCCG
12
>90
>90
Mlu I
GACGCGTC
8
0
0
美军南海活动新特点
CGACGCGTCG
10
25
50
Nco I
CCCATGOG
8
0
0
CATGCCATGOCATG
14
50
75


Nde I
CCATATGG
8
0
0
C8ATATG3G
10
0
0
CGCCATATGGCG
12
0
0
GGGTTTCATATGAAACCC
18
0
0
GGAATTCCATATGGAATTCC
20
75
>90
GGGAATTCCATATGGAATTCCC
22
75
>90
Nhe I
GGCTAGCC
8
0
0
CGGCTAGCCG
10
10
25
CTAGCTAGCTAG
12
10
50
Not I
TTGCGGCCGCA
12
0
0
ATTTGCGGCCGCTTA
16
10
10
AAATATGCGGCCGCATAAA
20
10
10
ATAAGAATGCGGCCGCAAACTAT
24
25
90
AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAGGAAAA
28
25
>90
Nsi I
TGCATGCATGCA
12
10
>90
CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT
22
>90
>90
Pac I
TTAATTAA
8
0
0
GTTAATTAAC
10
0
25
CCTTAATTAAGG
12
0
>90
Pme I
GTTTAAAC
8
0
0
京城寻访
GGTTTAAACC
10
0
25
GGGTTTAAACCC
12
0
50
AGCll GJIIIAAAGSGCGCGCCGG
24
75
>90
Pst I
GCTGCAGC
8
0
0
TGCACTGCAGTGCA
14
10
10
AACTGCAGAACCAATGCATTGG
22
>90
>90
AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA
24
>90
>90
CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT
26
0
纳赛尔主义
0
Pvu I
CCGATCGG
8
0
0
ATCGATCGAT
10
10
25
TCGCGATCGCGA
12
0
10
Sac I
CGAGCTQ3
8
10
10
Sac II
GCCGCGCC
8
0
0
TCCCCGCGSGA
12
50
>90
Sal I
GTCGAQ3TCAAAAGGCCATAGCGGCCGC
28
0
0
G0GTCGAQ3TCTTGGCCATAGCGGCCGCGG
30
10
50
ACGCGTCGAG3TCGGCCATAGCGGCCGCGGA
A 32
10
75

sao2
Sea I
GAGTACTC
8
10
25
AAAAGTACTTTT
12
75
75
Sma I
CCCGGG
6
0
10
CCCCGGG3ca4102
8
0
10
CCCCCGGGSG
10
10
50
TCCCCCGGGGA
12
>90
>90
Spe I
GACTAGTC
8
10
>90
GGACTAGTCC
10
10
>90
CGGACTAGTCCG
12
0
50
CTAGACTAGTCTAG
14
0
50
Sph I
GGCATGCC
8
0
0
CATGCATGCXTG
12
0
25
ACATGCATGCXTGT
14
10
50
Stu I
AAGGCCTT
8
>90
>90
GAAGGCCTTC
10
>90
>90
AAAAGGCCTTT
12
>90
>90
Xba I
CTCTAGAG
8
0
0
GCTCTAGAGC
10
>90
>90
TGCTCTAGAGCA
12
75
>90
CTAGTCTAGACTAG
14
75
>90

本文发布于:2024-09-25 14:30:39，感谢您对本站的认可！

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