生物信息学实验

实验一生物信息学资源的利用—Genebank核苷酸序列的查

一、实验目的：了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源，并以NCBI提供的Genebank为例，学习核苷酸序列的分类学检索方法和使用技巧。

二、实验器材：计算机，NCBI、EMBL等生物信息学网络资源。

三、实验原理：根据Genebank 提供的数据资源，应用分类学方法进行核苷酸序列的查。

四、实验内容：查下列不同物种的不同基因组的核苷酸序列。

表1：不同物种的不同基因组的核苷酸序列表

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中文名	学名	基因名称	备注
松材线虫	Bursaphelenchus xylophilus	18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S
黑腹果蝇	Drosophila melanogaster	COII COI NADH
黄花石斛	Dendrobium densiflorum	18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S
古尼虫草	Cordycepsgunnii	18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S
蝉花	Cordyceps sobolifera	18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S
蛹虫草	Cordyceps militaris	18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S
冬虫夏草	Cordyceps sinensis	18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S
啤酒酵母	Saccharomyces cerevisiae	COII
枯草杆菌	Bacillus subtilis	16S
大肠杆菌	Escherichia coli	16S 23S
大豆疫霉菌	Phytophthora sojae	COII COI NADH ITS1-5.8S-ITS2
辣椒疫霉	Phytophthora capsici	ITS1-5.8S-ITS2
致病疫霉	Phytophthora infestans	ITS1-5.8S-ITS2

五、实验步骤：

1、打开NCBI网站的主页，然后点击Genebank，进入到Genebank 的界面，然后点击网页上端Search后面的基本检索输入框选择所要查询的数据库，然后在后面一个方框中输入所查询的核苷酸序列的相关的关键词，点击检索按钮。

2、进入对应的核苷酸序列子库界面，点击目标核苷酸序列子库。

3、根据子库中提供的各条序列的注释及各自的GenBank收录号，寻自己查的目标序列，点击目标序列的GenBank收录号，进入目标核苷酸序列界面。

4、点击所需要的目标核苷酸序列的GenBank收录号就可以得到我们想要的核苷酸序列，然后将它们拷贝下来。

六、实验要求：每个人必须至少查3个种，5条核苷酸序列。必须写明查到的核苷酸序列以及各条核苷酸序列的GenBank收录号-LOCUS，基因注释-DEFINITION，文章的作者AUTHORS，文章题目-TITLE，文章所发表的期刊-JOURNAL。

七、实验结果：

查的核苷酸序列基本情况表

LOCUS JN054403 894 bp DNA linear PLN 01-NOV-2011

DEFINITION Phytophthora melonis strain NN-1 18S ribosomal RNA gene, partial

sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene,

and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S

ribosomal RNA gene, partial sequence.

蒸发残渣 AUTHORS Wu,Y.G., Huang,S.L., Fu,G., Hu,C.J. and Lu,S.F.

TITLE Identification of the causal agent of wax gourd blight in South

China

JOURNAL Unpublished

ORIGIN

1 tgggattccc accctagaac tttccacgtg aaccgtatca acaagtagtt gggggcctgc

61 tctgtgtggc tagctgtcga tgtcaaagtc ggcgactggc tgctatgtgg cgggctctat

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181 ccattcttga ttactgaata tactgtgggg acgaaagtct ctgcttttaa ctagatagca

241 actttcagca gtggatgtct aggctcgcac atcgatgaag aacgctgcga actgcgatac

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361 ggttagtcct gggagtatgc ctgtatcagt gtccgtacat caaacttggc tctcttcctt

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本文发布于:2024-09-22 09:38:22，感谢您对本站的认可！

标签：序列核苷酸实验

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