自然科学基金自由申请的项目，申请书是函评专家打分以及会评专家投票评审的主要甚至是唯一依据，即对自然科学基金项目的评审在某种意义上是对“申请书”的评审，申请书撰写质量的高低决定了项目的资助与否。
很多项目申请失利的主因是“创新性”不足，尤其是对工程科学类。创新性一般体现在对自然现象观察、分析的基础上，形成新理念、提出新概念、激发新思路、发现新问题、采用新方法、设计新实验、论证新定理、建立新模型、验证新理论、寻求新规律、解释新现象、得到新结果等具有探索未知事物、揭示自然规律的观点和原理。探求这些新观点和新原理，就要以自然现象为背景，以科学本质和相应的科学知识为基础，提出与之对应的新问题，经过分析、综合等辩证思维过程后，进而提出假说。 按照《》的定义，科学假说是指“根据已有的科学知识和新的科学事实对所研究的问题作出的一种猜测性陈述。它是将认识从已知推向未知，进而变未知为已知的必不可少的，是科学发展的一种重要形式。”在以假说为背景的创新性方面，现有的申请书一般存在以下几方面缺陷，主要表现在：一是科学问题研究中忽视提出相应的科学假说，对前人的研究成果没有产 生怀疑、没有发现新的矛盾，即对学术背景没有认识到应该认识到的新问题。二是正在进行的科学研究，没有意识到所研究的内容就是“假说”，因此没有依照科学假说的思路和方法进行更加深入地研究，特别是对关键问题的深化探讨。三是不知从何处着手，提出、凝练科学问题并开展科学假说的研究工作。
关于科学假说的研究，以前的学者大部分是从科学思维、认识论的角度进行论证，如孙伟平从科学思维的角度对科学假说的形成过程、方法及原则进行探讨；雷社平研究了科学假说的证实性；王桂山对假说的形成进行了辫证分析；沙世蕤进行科学假说的系统研究；杨潇以地学为研究对象，论述了科学假说方法。在绝大部分指导撰写申请书的文章，很少涉及从“科学假说”的角度探讨自然基金的申请，包括本文作者曾经从系统科学的角度，分析国家自然科学基金工程科学项目选题、科学问题、“机理”类项目研究内涵、“模型”类项目研究内涵等。
桥梁结构设计科学假说在科学发展史上起到重要作用，恩格斯曾经指出：只要自然科学在思维着，它的发展形式就是假说。许多重大的科学发现就是依据一定的科学事实，提出“假说”，论证“假说”，形成理论直至应用。因此本文以科学假说与系统科学科学思维为基础，从科学假说及
其特征、原则、作用与系统结构假说、环境假说及系统与环境相互作用原理及其演化过程假说的角度，就自然基金申请中科学假说的论证、检验等问题进行探讨，有助于自然科学基金中科学问题的深入理解，有利于自然科学基金项目的申请、评审、管理及研究工作。
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2 自然基金申请中科学假说的特征、原则与作用
科学假说一般来自是生产实际和科学实验的发展，或者根据已知的科学知识和有限的科学材料，出现了已知的无法解释的新事实新。还有经过广泛的观察、实验和论证，使有关的理论和科学材料成为比较完整的。科学假说是形成科学理论的前提和基础，预示着提出新的问题，或从新的角度去看旧的问题，产生新的可能性。科学假说一般有两个特点，一是假说是对自然奥秘的有根据的猜测，它是人类洞察自然的能力和智慧的高度表现,以一定的科学事实和已知的科学知识为依据，具有科学性。因此自然基金申请书必须建立在以工程背景、管理背景、科学背景等为事实的基础上，采用科学抽象、逻辑推理等科学方法，升华为科学假说，同时采用科学语言进行描述。一般来说，科学事实和已知的科学知识是有限的，因此创造性思维对科学假说的产生发挥着非常重要的作用。二是假说带有一定的想象、推测的成分，具有或然性。因此，科学假说的或然性表明自然基金项目在研究过程中，
能源开发可以全面、部分或分阶段地完成科学假说的证实性工作，甚至证实所提出的假说不成立。
从科学假说的基本特点来看，提出科学假说须遵循解释原则、对应原则、简单性原则和可检验性原则等四条方法论的原则。这就要求申请书中提出的科学假说不能和研究对象范围内经过检验的事实相冲突，不能同原有理论中经过检验的真理成分相矛盾，但必须包含或解释原有理论无法解释的事实。并且科学假说在逻辑上以尽可能少的初始假定或公理，符合客观对象在观察和实验（试验）或经验上检验科学假说的科学性。
聊城岳建国科学假说具有两方面的作用，即科学假说在科学观察和实验中的先导作用及科学理论形成和发展过程中的桥梁作用。因此在广泛的文献搜集、调研、观察等过程的基础上，研究者要发挥想象力，大胆地质疑先前的假说、超前提出新的科学假说，遵循质疑并提出问题-提出假说-自我否定-探索修正-讨论完善的过程，直到至少自己认为是新的观点，再做研究方案。
杭州农药厂因此，科学的发展总要经历通过观察或实验（试验）,发现新的现象, 而这些新现象往往是原有理论不能解释的。于是好奇心促使人们产生疑问，通过思维以创立新理论；这种新理论,又发现一些尚未揭示其本质的新现象, 等待人们通过观察或实验（试验）去验证。如是
继续下去, 称之为一个发现过程。许许多多这样的“发现过程”汇总成整个科学发展的大过程。
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