PharmMapper：⼀个药效团匹配与潜在识别靶标在线平台 wellfans
如果你需要经常使⽤这个在线服务，强烈建议通读原理和算法，这样计算的结果才更加真实更加正确 该服务的⽤途我理解为主要是通过已知的⼩分⼦化合物，去寻其可能作⽤的靶点的过程。俗称钓靶。 板金药物靶点鉴定包括许多算法来寻基因和蛋⽩质。当靶标的三维结构可以使⽤，寻靶的过程就变为在候选靶标和⼩分⼦之间的联系模式的寻。其中⼀类以分⼦对接为代表，另外⼀类就是Pharmmapper这种空间特征排列搜寻，其本质上也是⼩分⼦和特异靶点受体之间的相互作⽤分析。PharmMapper来⾃TargetBank, DrugBank, BindingDB 和 PDTD这⼏个数据库，超过7000个受体基础的药效团模型。包含1627个药物信息和459个⼈类蛋⽩靶标。
流程介绍
1.提交
提交的分⼦需要为MOL2格式或者SDF格式。如果不是三维构象的分⼦，那么服务会⾃动转化为三维构象。
2.基本设置
Generate Conformers
PharmMapper采⽤半经验药效团图谱⼯具，其需要⽣成多个分⼦构象，⽤户可以采⽤在线的⽅法⽣成或者⾃⼰准备（离线的⽅法）。在线⽅法PharmMapper采⽤的是MOEA基础的构象⽣成算法Cyndi，离线⾃⼰准备的话将所有的结果放⼊⼀个MOL2⽂件提交。
Maximum Generated Conformations
Cyndi⽣成的最⼤构象
Number of Objectives used in MOEA
ogc在Cyndi的多⽬标进化算法中使⽤的⽬标数⽬cmts
Select Targets Set
主要包含2010和2017两个数据库集。
Perform GA Match
_
使⽤遗传算法（AutoDock⼤家还有没有印象）优化药效团图谱
Number of Reserved Matched Targets
钟信才
⽣成潜在靶标数量
结果介绍
PharmMapper-1.png
图1：PharmMapper交互界⾯
(A).PharmMapper靶标数据集
(B).命中靶标模型排序
艾斯特拉达PharmMapper-2.png
图2:Kanamycin对于 Aminoglycoside 2�-phosphotransferase IVa (PDB ID: 3SG9)靶标
(A).Kanamycin和其药效团
(B).Kanamycin以及周围的药效团分⼦，在药效团中，紫⾊的球表⽰氢键受体中⼼，绿⾊的球表⽰氢
键供体中⼼，淡蓝⾊的球表⽰疏⽔中⼼
参考⽂献:
Xiaofeng Liu, Sisheng Ouyang, Biao Yu, Kai Huang, Yabo Liu, Jiayu Gong, Sisuan Zheng, Zhihua Li, Honglin Li, Hualiang Jiang. PharmMapper Server: a web server for potential drug target identification via pharmacophore mapping approach. Nucleic Acids Res., 2010, 38, W609-W614.
Xia Wang, Chenxu Pan, Jiayu Gong, Xiaofeng Liu, Honglin Li. Enhancing the Enrichment of Pharmacophore-Based Target Prediction for the Polypharmacological Profiles of Drugs. J. Chem. Inf. Model., 2016, 56, 1175-1183.
Xia Wang, Yihang Shen, Shiwei Wang, Shiliang Li, Weilin Zhang, Xiaofeng Liu, Luhua Lai, Jianfeng Pei, Honglin Li. PharmMapper 2017 update: a web server for potential drug target identification with a comprehensive target pharmacophore database. Nucleic Acids Res., 2017, 45, W356-W360.
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