生信-使用NCBI进行目的基因的引物设计

⽣信-使⽤NCBI进⾏⽬的基因的引物设计

使⽤NCBI进⾏⽬的基因的引物设计

全⽂概述

拉尔夫斯坦曼利⽤⽣信⼯具进⾏⽬的基因的引物设计，使⽤了NCBI进⾏筛选与设计引物，使⽤ idtdna对筛选出的DNA进⾏检查。本⽂分享了如何筛选出⾼质量的基因引物，帮助想通过⽣信进⾏引物设计的学⽣、从业者出合适的基因，毕竟购买引物也⽐较烧钱，避免设计出的基因质量偏低。

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NCBI查基因

备注：这⾥需要注意的是，要到合适的⽬的基因！如果智⼈，⼀般会是NM开头

3.进⼊：

设计-筛选设置

4.根据⼀些实验经验调节⼀些关键参数：

1）Primer Parameters-PCR product size：设置为75-300

2）Exon/intron selection- Exon junction span：设置必须跨越外显⼦（Primer must span an exon-exon junction），避免污染

3） - Primer Parameters：GC建议在40%-60%之间

5.点击Get Primers

6.跳转页⾯

7.挑选合适的primer pair，其中product length最好是在150附近（不是绝对）

设计-DNA检查

9.抽取其中⼀个primer pair Primer pair 6

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Sequence (5’->3’)Template strand Length Start Stop Tm GC%

Self

complementarity

Self 3’

complementarity

Forward

primer

ACAGCAACACAGAAGACCGT Plus2060462359.8250.00 3.00 3.00

Reverse

primer

CCAGTAAGCTTGCCATTGAGC Minus2174972959.8752.38 6.00 3.00

Product

length

146

Exon junction 737/738 (reverse primer) on

新兴县实验小学template

角度换算

胖九Products on intended target

Danio rerio glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gapdh), mRNA product length = 146

Forward primer 1 ACAGCAACACAGAAGACCGT 20

Template 604 (623)

Reverse primer 1 CCAGTAAGCTTGCCATTGAGC 21

本文发布于:2024-09-20 23:40:02，感谢您对本站的认可！

标签：基因设计引物

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