1. 安装软件Primer premier5.0或更高版本。
2. 安装好在程序中双击打开,在界面中点击File---New—DNA Sequence。
3. 输入目的基因片段,可以复制后用Ctrl+V键拷贝到栏内,后应加数个N以备后续设计时加酶切位点及保护碱基。 4. 选中enzyme图标,将所选质粒上的多克隆酶切位点加入左栏。
5. 选中OK键,分析目的基因中所含的酶切位点,选插入位点时就应排除这些酶。
6. 选中primer图标,点S图标,edit primer,开始设计正义链。
7. 软件默认引物为25个碱基,可将鼠标点在设计框的3端从右向左删除7-9个碱基,保留16-18个配对即可。
8. 在引物的5端加入选好的酶切位点并在其左侧加3个保护碱基,完成后点analyze,认为可以后点OK。
9. 选中左上角A图标,用鼠标拉动滑块将待选引物放至目的基因末端。选中Edit Primers图标,开始设计反义链。
10. 将酶切位点加在5端,应将产品目录所示的酶切位点序列从右至左加入(注意不要加反)完成后点analyze,认为可以后点OK。
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11. 最后分析结果,反义链的FALSE PRIMING可以不考虑,RATING表示引物评分也可以不考虑,主要看Tm值正义链和反义链相差不应超过3度,GC含量不应超过60%。
12. 如果设计RT-PCR检测的引物,同上输入目的基因片段,商业综合体策划点击Primer图标,再点击Search图标,可根据实验目的选择设置合适的参数,设置好后点OK。
13. 出现primer search results介面,点OK,会出现介面显示满足设计参数的候选结果,根据PCR产物的大小和引物的位置l870点变频器论文击选中合适编号的引物。点S图标再点E曼彻斯特编码dit Primers可选择复制正义链引物序列。点A图标相同方式可选择得到反义链引物序列。
注意事项:1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计
2.引物长度一般在15~30碱基之间
3.引物CG含量在40%~60%之间
4.碱基要随机分布
5.引物3’端要避开密码子的第三位,3’端不能选择A最好选择T
6.引物自身及引物之间不应存在互补序列
7.引物应具有特异性,引物设计完后应对其进行BLAST检测