江苏农业学报(ＪｉａｎｇｓｕＪ.ｏｆＡｇｒ.Ｓｃｉ.)ꎬ２０２２ꎬ３８(２):４２９￣４３７ｈｔｔｐ://ｊｓｎｙｘｂ.ｊａａｓ.ａｃ.ｃｎ
黄正洋ꎬ王钱保ꎬ黄华云ꎬ等.鸡ｌｅｔ￣７ｂ在不同生长时期及不同组织中的表达及其生物信息学分析与靶基因预测[Ｊ].江苏农业学报ꎬ２０２２ꎬ３８(２):４２９￣４３７. ｄｏｉ:１０.３９６９/ｊ.ｉｓｓｎ.１０００￣４４４０.２０２２.０２.０１７
鸡ｌｅｔ￣７ｂ在不同生长时期及不同组织中的表达及其生物信息学分析与靶基因预测
黄正洋ꎬ㊀王钱保ꎬ㊀黄华云ꎬ㊀李春苗ꎬ㊀穆春宇ꎬ㊀黎寿丰ꎬ㊀赵振华
(中国农业科学院家禽研究所ꎬ江苏扬州２２５００９)
收稿日期:２０２１￣０７￣２６
基金项目：现代农业产业技术体系建设专项(ＣＡＲＳ￣４１￣Ｚ０５)ꎻ江苏省
农业科技自主创新基金项目[ＣＸ(２０)２０１２]ꎻ江苏省科技成果转化项目(ＢＡ２０１９０４９)
作者简介：黄正洋(１９８７－)ꎬ男ꎬ河南信阳人ꎬ博士ꎬ助理研究员ꎬ主要
从事家禽遗传育种研究ꎮ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｚｙｈｕａｎｇ＠ｑｑ.ｃｏｍ
通讯作者：赵振华ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｚｚｈ０５１４＠１６３.ｃｏｍ
㊀㊀摘要:㊀为探究ｌｅｔ￣７ｂ在鸡不同生长时期和不同组织中的表达规律及生物信息学特点ꎬ以苏禽３号肉鸡为试验材料ꎬ检测鸡ｌｅｔ￣７ｂ在不同时期和不同组织中的表达变化ꎬ通过生物信息学工具对常见脊椎动物的ｌｅｔ￣７ｂ序列特点及基因组定位进行分析ꎬ构建系统进化树ꎬ并对靶基因进行预测ꎮ结果表明ꎬ在鸡大脑㊁心㊁胸肌和腿肌中ꎬｌｅｔ￣７ｂ的相对表达量较高ꎬ且９０日龄相对表达量显著高于３日龄ꎮｌｅｔ￣７ｂ位于１号染体基因间隔区ꎬ不同物种ｌｅｔ￣７ｂ的成熟序列同源性较高ꎬ进化树分析结果表明ꎬ鸡ｌｅｔ￣７ｂ与鸟类聚为一类ꎮ靶基因预测分析共获得２６３个靶基因ꎬ对获得的靶基因进行基因本体(ＧＯ)功能富集分析ꎬ发现靶基因主要富集到蛋白质泛素化㊁ｍｉＲＮＡ介导的翻译抑制和ｍＲＮＡ３ᶄ￣非翻译区(３ᶄ￣ＵＴＲ)结合等方面ꎮＫＥＧＧ通路分析发现ꎬ靶基因主要富集到丝裂原活化蛋白激酶(ＭＡＰＫ)㊁转化生长因子β(ＴＧＦ￣β)通路和卵母细胞减数分裂等通路ꎮ总之ꎬ鸡ｌｅｔ￣７ｂ在组织中广泛表达ꎬ物种间较为保守ꎻ结合靶基因富集分 高斯分布析结果ꎬ推测ｌｅｔ￣７ｂ可能通过靶向ＭＡＰＫ和ＴＧＦ￣β等信号通路参与调控鸡肌肉生长及细胞增殖分化ꎮ
关键词:㊀ｌｅｔ￣７ｂꎻ靶基因ꎻ生物信息学ꎻ表达分析ꎻ鸡
中图分类号:㊀Ｓ８３１.２㊀㊀㊀文献标识码:㊀Ａ㊀㊀㊀文章编号:㊀１０００￣４４４０(２０２２)０２￣０４２９￣０９江苏地方志
Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆｌｅｔ￣７ｂｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｇｒｏｗｔｈｓｔａｇｅｓａｎｄｄｉｆｆｅｒｅｎｔｔｉｓｓｕｅｓｏｆｃｈｉｃｋｅｎａｎｄｉｔｓｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓａｎｄｔａｒｇｅｔｇｅｎｅｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ
ＨＵＡＮＧＺｈｅｎｇ￣ｙａｎｇꎬ㊀ＷＡＮＧＱｉａｎ￣ｂａｏꎬ㊀ＨＵＡＮＧＨｕａ￣ｙｕｎꎬ㊀ＬＩＣｈｕｎ￣ｍｉａｏꎬ㊀ＭＵＣｈｕｎ￣ｙｕꎬ㊀ＬＩＳｈｏｕ￣ｆｅｎｇꎬ㊀ＺＨＡＯＺｈｅｎ￣ｈｕａ
(ＰｏｕｌｔｒｙＩｎｓｔｉｔｕｔｅꎬＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓꎬＹａｎｇｚｈｏｕ２２５００９ꎬＣｈｉｎａ)
㊀㊀Ａｂｓｔｒａｃｔ:㊀Ｆｏｒｔｈｅｏｂｊｅｃｔｏｆｅｘｐｌｏｒｉｎｇｔｈｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｐａｔｔｅｒｎａｎｄｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｏｆｌｅｔ￣７ｂｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｇｒｏｗｔｈｓｔａｇｅｓａｎｄｄｉｆｆｅｒｅｎｔｔｉｓｓｕｅｓｏｆｃｈｉｃｋｅｎｓꎬＳｕｑｉｎ３ｂｒｏｉｌｅｒｗａｓｕｓｅｄａｓｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌａｎｉｍａｌꎬａｎｄｔｈｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｃｈａｎｇｅｓｏｆｃｈｉｃｋｅｎ
ｌｅｔ￣７ｂｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｇｒｏｗｔｈｓｔａｇｅｓａｎｄｄｉｆｆｅｒｅｎｔｔｉｓｓｕｅｓｗｅｒｅｄｅｔｅｃｔｅｄ.Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｔｏｏｌｓｗｅｒｅｕｓｅｄｔｏａｎａｌｙｚｅｃｈａｒ￣ａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓａｎｄｇｅｎｏｍｅｌｏｃａｔｉｏｎｏｆｌｅｔ￣７ｂｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆｃｏｍｍｏｎｖｅｒｔｅｂｒａｔｅｓꎬｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｗａｓｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄａｎｄｔａｒｇｅｔｇｅｎｅｓｗｅｒｅｐｒｅｄｉｃｔｅｄ.Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔꎬｔｈｅｒｅｌａｔｉｖｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｌｅｖｅｌｓｏｆｌｅｔ￣７ｂｉｎｔｈｅｂｒａｉｎꎬｈｅａｒｔꎬｐｅｃｌｏｒａｌｉｓｍｕｓｃｌｅａｎｄｌｅｇｍｕｓｃｌｅｏｆｃｈｉｃｋｅｎｓｗｅｒｅｈｉｇｈｅｒｔｈａｎｉｎｏｔｈｅｒｔｉｓｓｕｅｓ.Ｔｈｅｒｅｌａｔｉｖｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｌｅｖｅｌｏｆｌｅｔ￣７ｂｉｎｃｈｉｃｋｅｎｓｏｆ９０ｄａｙｓａｇｅｗａｓｓｉｇ￣
ｎｉｆｉｃａｎｔｌｙｈｉｇｈｅｒｔｈａｎｉｎｃｈｉｃｋｅｎｓｏｆｔｈｒｅｅｄａｙｓａｇｅ.Ｇｅｎｅｍａｐｐｉｎｇａｎａｌｙｓｉｓｒｅｖｅａｌｅｄｔｈａｔꎬｌｅｔ￣７ｂｏｆｃｈｉｃｋｅｎｓｗａｓｌｏｃａｔｅｄｉｎｔｈｅ
ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃｒｅｇｉｏｎｏｎｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ１ꎬａｎｄｔｈｅｍａｔｕｒｅ
ｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆｌｅｔ￣７ｂｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｓｐｅｃｉｅｓｓｈｏｗｅｄｈｉｇ
ｈｈｏｍｏｌｏｇｙ.Ｒｅｓｕｌｔｓｏｆｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅａｎａｌｙｓｉｓｉｎｄｉｃａｔｅｄｔｈａｔꎬｌｅｔ￣７ｂｏｆｃｈｉｃｋｅｎｓａｎｄｌｅｔ￣７ｂｏｆｂｉｒｄｓａｓｓｅｍｂｌｅｄｉｎｔｏｏｎｅｃａｔｅｇｏｒｙ.Ｔａｒｇｅｔｇｅｎｅｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｒｅｖｅａｌｅｄｔｈａｔꎬａｔｏｔａｌｏｆ２６３ｔａｒｇｅｔｇｅｎｅｓｗｅｒｅｏｂｔａｉｎｅｄ.Ｔｈｒｏｕｇｈｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｅｎｒｉｃｈ￣ｍｅｎｔａｎａｌｙｓｉｓｏｆｇｅｎｅｏｎｔｏｌｏｇｙ(ＧＯ)ｆｏｒｔｈｅｏｂｔａｉｎｅｄｔａｒｇｅｔ
９
日本空间２４
ｇｅｎｅｓꎬｉｔｗａｓｆｏｕｎｄｔｈａｔꎬｌｅｔ￣７ｂｔａｒｇｅｔｅｄｇｅｎｅｓｗｅｒｅｍａｉｎｌｙｅｎｒｉｃｈｅｄｉｎｐｒｏｔｅｉｎｕｂｉｑｕｉｔｉｎａｔｉｏｎꎬｍｉＲＮＡ￣ｍｅｄｉａｔｅｄｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎａｎｄｍＲＮＡ３ᶄ￣ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄｒｅｇｉｏｎ(３ᶄ￣ＵＴＲ)ｂｉｎｄｉｎｇ.ＫＥＧＧｐａｔｈｗａｙａｎａｌｙｓｉｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔꎬｔａｒｇｅｔｇｅｎｅｓｗｅｒｅｍａｉｎ￣ｌｙｅｎｒｉｃｈｅｄｉｎｍｉｔｏｇｅｎ￣ａｃｔｉｖａｔｅｄｐｒｏｔｅｉｎｋｉｎａｓｅ(ＭＡＰＫ)ｓｉｇｎａｌｉｎｇｐａｔｈｗａｙꎬｔｒａｎｓｆｏｒｍｉｎｇｇｒｏｗｔｈｆａｃｔｏｒ￣β(ＴＧＦ￣β)ｓｉｇｎａｌｉｎ
ｇｐａｔｈｗａｙａｎｄｐｒｏｇｅｓｔｅｒｏｎｅ￣ｍｅｄｉａｔｅｄｏｏｃｙｔｅｍｅｉｏｓｉｓｐａｔｈｗａｙ.Ｉｎｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎꎬｌｅｔ￣７ｂｏｆｃｈｉｃｋｅｎｉｓｗｉｄｅｌｙｅｘｐｒｅｓｓｅｄｉｎｔｉｓｓｕｅｓａｎｄｉｓｒｅｌａｔｉｖｅｌｙｃｏｎｓｅｒｖｅｄａｍｏｎｇｓｐｅｃｉｅｓ.Ｃｏｎｓｉｄｅｒｉｎｇｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｏｆｔａｒｇｅｔｇｅｎｅｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔａｎａｌｙｓｉｓꎬｉｔｉｓｓｐｅｃｕｌａｔｅｄｔｈａｔｌｅｔ￣７ｂｍａｙｐａｒｔｉｃｉｐａｔｅｉｎｔｈｅｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆｍｕｓｃｌｅｇｒｏｗｔｈａｎｄｃｅｌｌｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎａｎｄｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎｔｈｒｏｕｇｈｓｉｇｎａｌｉｎｇｐａｔｈｗａｙｓｓｕｃｈａｓｔａｒｇｅｔｉｎｇＭＡＰＫａｎｄＴＧＦ￣β.
Ｋｅｙｗｏｒｄｓ:㊀ｌｅｔ￣７ｂꎻｔａｒｇｅｔｇｅｎｅꎻｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎻｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎａｎａｌｙｓｉｓꎻｃｈｉｃｋｅｎ
㊀㊀肉鸡可以提供肌肉产品ꎬ如何提高肌肉的产量和质量ꎬ是肉鸡育种研究的重要领域之一[１]ꎮ近年来ꎬ在肉鸡饲料配方没有突破性改进的情况下ꎬ对于肉鸡肌肉生长的研究主要集中在功能基因的研究上ꎮ多个调控肌肉生长的功能基因被克隆出来ꎬ其在各个组织中的表达规律也被研究ꎬ但是对这些功能基因的调控ꎬ却缺乏深入研究[２￣３]ꎮ研究相关ｍｉＲＮＡ在组织中的表达变化规律ꎬ对其靶基因进行预测分析ꎬ能够在生物信息学基础上深入了解相关ｍｉＲＮＡ的调控机制ꎮ
ｌｅｔ￣７是２１世纪初在秀丽隐杆线虫(Ｃａｅｎｏｒｈａｂ￣ｄｉｔｉｓｅｌｅｇａｎｓ)中首先发现的ｍｉＲＮＡꎬ在细胞的分化㊁增殖和凋亡等过程中发挥着重要作用[４]ꎮ有研究结果表明ꎬｌｅｔ￣７有高度的保守性㊁组织特异性和时空表达性[５]ꎮ目前ꎬ共发现１３个ｌｅｔ￣７家族成员ꎬ广泛存在于动物各个组织细胞中ꎮ赫晓燕等[６]研究了成年羊驼耳部和背部皮肤组织中的ｍｉＲＮＡ差异ꎬ发现ｌｅｔ￣７ｂ可能参与了皮肤和毛囊更新㊁生长发育及毛发生长品质的调控ꎮ吴明林等[７]利用Ｓｏｌｅｘａ测序技术从牙鲆中成功鉴定出ｌｅｔ￣７家族的１０个成员ꎬ研究发现ꎬｌｅｔ￣７是时序发育过程中的重要调控因子ꎬ在促进幼体向成体转变的发育过程中起着极其重要的作用ꎮ曹蕊[８]研究了ｌｅｔ￣７家族在不同类型猪卵泡中的表达变化ꎬ并通过多种试验技术验证了ｌｅｔ￣７对颗粒细胞的影响ꎬ推测ｌｅｔ￣７家族参与调控猪卵泡闭锁过程ꎬ促进颗粒细胞凋亡ꎮ江倩[９]研究了ｌｅｔ￣７ａ在绒山羊毛囊发育周期中的表达ꎬ发现其在不同生育时期均有表达ꎬ且Ｃｍｙｃ和ＦＧＦ５是ｌｅｔ￣７ａ的靶基因ꎮ目前对ｌｅｔ￣７的研究ꎬ大部分集中在其对哺乳动物卵泡颗粒细胞增殖凋亡方面ꎬ对家禽特别是鸡肌肉生长的研究还比较少ꎮ
鉴于ｌｅｔ￣７ｂ与肌肉生长及卵母细胞增殖分化的关系密切ꎬ本研究以苏禽３号肉鸡为试验材料ꎬ通过文献和ｍｉＲＢａｓｅ检索脊椎动物的ｌｅｔ￣７ｂ序列ꎬ利用Ｅｎｓｅｍｂｌ数据库确定典型物种的ｌｅｔ￣７ｂ在基因组中的位置ꎬ根据ｌｅｔ￣７ｂ前体序列构建系统进化树ꎻ使用ｍｉＲｍａｐ㊁ｍｉＲＤＢ和ＴａｒｇｅｔＳｃａｎ网站预测ｌｅｔ￣７ｂ靶基因ꎬ并进行基因本体(ＧＯ)功能富集
分析和ＫＥＧＧ信号通路分析ꎻ利用ＲＴ￣ｑＰＣＲ技术检测不同生长时期鸡ｌｅｔ￣７ｂ在各个组织中的表达变化ꎬ为进一步揭示ｌｅｔ￣７ｂ在鸡骨骼肌生长及细胞增殖分化中的调控作用提供参考ꎮ
１㊀材料与方法
１.１㊀试验材料
选取江苏省家禽科学研究所选育的苏禽３号肉鸡为试验对象ꎬ随机选取１日龄健康雏鸡(母鸡)３００羽ꎬ在相同的管理条件下饲养ꎬ自由采食与饮水ꎬ并按常规免疫程序接种ꎮ试验在江苏省家禽科学研究所邵伯试验基地进行ꎮ肉鸡３日龄(生长初期)和９０日龄(上市前)时ꎬ分别随机选取５羽母鸡取心㊁肝㊁肾㊁胸肌㊁腿肌㊁大脑和卵巢等样品ꎬ液氮冷冻保存备用ꎮ１.２㊀主要试剂与仪器
ｍｉＲｃｕｔｅｍｉＲＮＡ提取分离试剂盒(ＤＰ５０１)㊁ｍｉＲｃｕｔｅ增强型ｍｉＲＮＡｃＤＮＡ第一链合成试剂盒(ＫＲ２１１)㊁ｍｉＲｃｕｔｅ增强型ｍｉＲＮＡ荧光定量检测试剂盒(ＦＰ４１１))均购自天根生化科技(北京)有限公司ꎻ９６孔荧光定量ＰＣＲ板和ＲＮａｓｅｆｒｅｅｄｄＨ２Ｏ㊁无酶头㊁离心管均购自生工生物工程(上海)股份有限公司ꎮ５８１０Ｒ高速离心机和ＰＣＲ仪均购自德国Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ公司ꎬ７５００实时荧光定量ＰＣＲ仪购自美国ＡＢＩＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ公司ꎮ
１.３㊀引物设计与合成
根据ｍｉＲｂａｓｅ上鸡ｇｇａ￣ｌｅｔ￣７ｂ序列(登录号:ＭＩＭＡＴ００２６５０３)ꎬ利用ｍｉＲＮＡＤｅｓｉｇｎＶ１.０１软件设计实时荧光定量引物(加尾法)ꎬ以Ｕ６为内参基因ꎬ引物均由生工生物工程(上海)股份有限公司合成ꎬ引物信息如表１所示ꎮ
０３４江苏农业学报㊀２０２２年第３８卷第２期
七夕之国表１㊀ｌｅｔ￣７ｂＲＴ￣ｑＰＣＲ引物
Ｔａｂｌｅ１㊀ＳｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＲＴ￣ｑＰＣＲｐｒｉｍｅｒｓｆｏｒｌｅｔ￣７ｂ
引物名登录号㊀㊀引物序列(５ᶄң３ᶄ)退火温度(ħ)
ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ０００１１０２ＣＡＧＴＧＡＧＧＴＡＧＴＡＧＧＴＴＧＴＧ６０.０
ＧＧＴＣＣＡＧＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＡＡＣＣＡ
Ｕ６ＸＲ＿００３０７２５９４ＴＡＡＧＣＣＴＧＧＡＣＴＧＡＧＴＡＡＧＡＧＣＧ６０.０
ＣＣＡＴＡＴＴＡＧＡＡＧＣＣＣＣＴＴＴＴＴＧＴ
１.４㊀ｍｉＲＮＡ第一链ｃＤＮＡ的反转录合成
采用ｍｉＲＮＡ提取分离试剂盒分别提取各组织样品总ＲＮＡꎮ每个样品取３μｌ总ＲＮＡꎬ采用加Ａ法进行ｍｉＲＮＡ第一链ｃＤＮＡ的反转录ꎬ具体步骤按试剂盒说明书进行操作ꎮ２０ ０μｌ反应体系为:ＴｏｔａｌＲＮＡ２μｇꎬ２ˑｍｉＲＮＡＲＴＲｅａｃｔｉｏｎＢｕｆｆｅｒ１０ ０μｌꎬ１ˑｍｉＲＮＡＲＴＥｎｚｙｍｅＭｉｘ２ ０μｌꎬＲＮａｓｅ￣ＦｒｅｅｄｄＨ２Ｏ补至２０ ０μｌꎮ反应程序为４２ħ６０ｍｉｎꎬ９５ħ３ｍｉｎꎮ合成的ｃＤＮＡ反应液可放置于－２０ħ保存ꎬ以备下游荧光定量检测ꎮ１.５㊀ｌｅｔ￣７ｂ在鸡不同组织内的定量表达检测采用ＳＹＢＲＧｒｅｅｎＩ嵌合荧光法进行ｍｉＲＮＡ荧光定量检测ꎬ反应条件和程序按照ｍｉＲｃｕｔｅ增强型
ｍｉＲＮＡ荧光定量检测试剂盒说明书操作ꎮＰＣＲ反应在ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ７５００荧光定量ＰＣＲ系统中进行ꎬＵ６作为内参基因ꎮ２０ ０μｌ反应体系:２ˑｍｉＲ￣ｃｕｔｅＰｌｕｓｍｉＲＮＡＰｒｅＭｉｘ(ＳＹＢＲ＆ＲＯＸ)１０ ０μｌ㊁上游引物１ ０μｌ㊁下游引物０ ４μｌ㊁ｍｉＲＮＡ第一链ｃＤ￣ＮＡ１ ０μｌ㊁５０ˑＲＯＸＲｅｆｅｒｅｎｃｅＤｙｅ１ ６μｌꎬ加ｄｄＨ２Ｏ补足ꎮ反应程序为９５ħ１５ｍｉｎꎬ预变性ꎻ９４ħ变性２０ｓꎬ６０ħ延伸３４ｓꎬ４５个循环ꎻ熔解曲线分析ꎮ每个样本重复３次ꎬ采用２－әәＣｔ计算ｍｉＲＮＡ相对表达量ꎮ
１.６㊀ｌｅｔ￣７ｂ序列的获得
从ｍｉＲＢａｓｅ２２.１(ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｍｉｒｂａｓｅ.ｏｒｇ/)[１０]网站下载全部物种ｍｉＲ
ＮＡ成熟序列ꎬ筛选ｌｅｔ￣７ｂ序列ꎬ去除植物以及不常见物种的ｍｉＲＮＡ序列ꎬ只保留脊椎动物的ｍｉＲＮＡ成熟序列及前体序列ꎮｌｅｔ￣７ｂ序列统计结果如表２所示ꎮ
表２㊀不同物种ｌｅｔ￣７ｂ序列信息
Ｔａｂｌｅ２㊀Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｏｆｌｅｔ￣７ｂｓｅｑｕｅｎｃｅｓｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｓｐｅｃｉｅｓ
名称㊀㊀㊀㊀登录号㊀㊀㊀物种名称㊀㊀㊀㊀㊀㊀序列(５ᶄң３ᶄ)㊀㊀㊀㊀㊀ａｍｉ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００３８００３短吻鳄(Ａｌｌｉｇａｔｏｒｍｉｓｓｉｓｓｉｐｐｉｅｎｓｉｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵａｃａ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００２１６９４绿蜥蜴(Ａｎｏｌｉｓｃａｒｏｌｉｎｅｎｓｉｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵａｂｕ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００４２１３８慈鲷鱼(Ａｓｔａｔｏｔｉｌａｐｉａｂｕｒｔｏｎｉ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｂｔａ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ０００４３３１牛(Ｂｏｓｔａｕｒｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｃｊａ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００３９３２５普通狨(Ｃａｌｌｉｔｈｒｉｘｊａｃｃｈｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｃｆａ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ０００９８３６家犬(Ｃａｎｉｓｆａｍｉｌｉａｒｉｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｃｈｉ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩ
ＭＡＴ００３５８８２山羊(Ｃａｐｒａｈｉｒｃｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｃｐｏ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００４６８２０豚鼠(Ｃａｖｉａｐｏｒｃｅｌｌｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｃｐｉ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００３７５９８锦龟(Ｃｈｒｙｓｅｍｙｓｐｉｃｔａ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｃｇｒ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００２３７１７灰仓鼠(Ｃｒｉｃｅｔｕｌｕｓｇｒｉｓｅｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｃｃｒ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００２６１９０鲤鱼(Ｃｙｐｒｉｎｕｓｃａｒｐｉｏ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｄｒｅ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ０００１７６０斑马鱼(Ｄａｎｉｏｒｅｒｉｏ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｄｎｏ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００４７４７７九带犰狳(Ｄａｓｙｐｕｓｎｏｖｅｍｃｉｎｃｔｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｄｍａ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００４９２５８狐猴(Ｄａｕｂｅｎｔｏｎｉａｍａｄａｇａｓｃａｒｉｅｎｓｉｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｆｒｕ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ０００３０１６河鲀(Ｆｕｇｕｒｕｂｒｉｐｅｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｇｇａ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ０００１１０２鸡(Ｇａｌｌｕｓｇａｌｌｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｇｇｏ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００２４０７７大猩猩(Ｇｏｒｉｌｌａｇｏｒｉｌｌａ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵｈｓａ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ０００００６３人(Ｈｏｍｏｓａｐｉｅｎｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｉｐｕ￣ｌｅｔ￣７ｂ
ＭＩＭＡＴ００２９３７５斑点叉尾鱼回(Ｉｃｔａｌｕｒｕｓｐｕｎｃｔａｔｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵｍｍｌ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ０００６１５２猕猴(Ｍａｃａｃａｍｕｌａｔｔａ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵ１３４
黄正洋等：鸡ｌｅｔ￣７ｂ在不同生长时期及不同组织中的表达及其生物信息学分析与靶基因预测
续表２㊀Ｃｏｎｔｉｎｕｅｄ２
名称㊀㊀㊀㊀登录号㊀㊀㊀物种名称㊀㊀㊀㊀㊀㊀序列(５ᶄң３ᶄ)㊀㊀㊀㊀㊀ｍｚｅ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００４２３７６斑马宫丽鱼(Ｍｅｔｒｉａｃｌｉｍａｚｅｂｒａ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｍｍｒ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００４９１８７小嘴狐猴(Ｍｉｃｒｏｃｅｂｕｓｍｕｒｉｎｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｍｄｏ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ０００４１６２短尾负鼠(Ｍｏｎｏｄｅｌｐｈｉｓｄｏｍｅｓｔｉｃａ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｍｍｕ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００００５２２小鼠(Ｍｕｓｍｕｓｃｕｌｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｎｂｒ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００４２５６４巴氏新亮丽鲷(Ｎｅｏｌａｍｐｒｏｌｏｇｕｓｂｒｉｃｈａｒｄｉ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｏｈａ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００３６６３４眼镜王蛇(Ｏｐｈｉｏｐｈａｇｕｓｈａｎｎａｈ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｏｎｉ￣
ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００４２７４３罗非鱼(Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓｎｉｌｏｔｉｃｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｏａｎ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ０００６８９７鸭嘴兽(Ｏｒｎｉｔｈｏｒｈｙｎｃｈｕｓａｎａｔｉｎｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｏｃｕ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００４８０７８家兔(Ｏｒｙｃｔｏｌａｇｕｓｃｕｎｉｃｕｌｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｏｌａ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００２２５５１青鳉(Ｏｒｙｚｉａｓｌａｔｉｐｅｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵｏｇａ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００４９６２０小耳大婴猴(Ｏｔｏｌｅｍｕｒｇａｒｎｅｔｔｉｉ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｏａｒ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００１４９６３绵羊(Ｏｖｉｓａｒｉｅｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵｐｐａ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００４９０９２倭黑猩猩(Ｐａｎｐａｎｉｓｃｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｐｔｒ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ０００７９３７黑猩猩(Ｐａｎｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｐｈａ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００４９５０８狒狒(Ｐａｐｉｏｈａｍａｄｒｙａｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｐｏｌ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００２５４１４牙鱼平(Ｐａｒａｌｉｃｈｔｈｙｓｏｌｉｖａｃｅｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｐｍａ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００１９５６５海七腮鳗(Ｐｅｔｒｏｍｙｚｏｎｍａｒｉｎｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＵＵＧＵＡＧＵＵｐｐｙ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００１５７２２婆罗洲猩猩(Ｐｏｎｇｏｐｙｇｍａｅ
ｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｐｎｙ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ００４２９４６维鲷(Ｐｕｎｄａｍｉｌｉａｎｙｅｒｅｒｅｉ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｐｂｖ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００３８７９６蟒蛇(Ｐｙｔｈｏｎｂｉｖｉｔｔａｔｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｒｎｏ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００００７７５褐家鼠(Ｒａｔｔｕｓｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｓｓａ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００３２７０１大西洋鲑鱼(Ｓａｌｍｏｓａｌａｒ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｔｇｕ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００１４５０９斑胸草雀(Ｔａｅｎｉｏｐｙｇｉａｇｕｔｔａｔａ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｔｎｉ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ０００３０１７绿河鲀(Ｔｅｔｒａｏｄｏｎｎｉｇｒｏｖｉｒｉｄｉｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＧＵＵＧＵＧＵＧＧＵＵｘｌａ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐＭＩＭＡＴ００４６３９７非洲爪蛙(Ｘｅｎｏｐｕｓｌａｅｖｉｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＵＵＵＧＵＧＵＡＧＵＵｘｔｒ￣ｌｅｔ￣７ｂＭＩＭＡＴ０００３５５０热带爪蟾(Ｘｅｎｏｐｕｓｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ)ＵＧＡＧＧＵＡＧＵＡＧＵＵＵＧＵＧＵＡＧＵＵ
１.７㊀ｌｅｔ￣７ｂ基因定位及序列分析
采用Ｅｎｓｅｍｂｌ数据库的ＢＬＡＳＴ程序(ｈｔｔｐ://ａｓｉａ.ｅｎｓｅｍｂｌ.ｏｒｇ/ｉｎｄｅｘ.ｈｔｍｌ)ꎬ以牛㊁家犬㊁山羊㊁斑马鱼㊁鸡㊁人㊁小鼠㊁家兔㊁绵羊和斑胸草雀等１０个物种的ｌ
ｅｔ￣７ｂ前体序列作为查询序列对其基因组数据库进行搜索ꎬ以确定ｌｅｔ￣７ｂ在基因组染体上的位置ꎮ选取４６种典型物种的４６条ｌｅｔ￣７ｂ的成熟序列ꎬ使用ＭＥＧＡ１１.０软件[１１](ｈｔｔｐｓ://ｗｗｗ.ｍｅｇａｓｏｆｔｗａｒｅ.ｎｅｔ/)中ＣｌｕｓｔａｌＷ程序对ｌｅｔ￣７ｂ基因的成熟序列进行多序列比对(ＭｕｌｔｉｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓａｌｉｇｎｍｅｎｔꎬＭＳＡ)ꎬ分析序列特点ꎮ
１.８㊀系统发生分析
选取４６种典型物种的４６条ｌｅｔ￣７ｂ的前体序列ꎬ使用ＭＥＧＡ１１.０软件中ＣｌｕｓｔａｌＷ程序进行多序列比对分析ꎬ采用基于距离参数的邻接法(Ｎｅｉｇｈ￣ｂｏｒ￣ｊｏｉｎｉｎｇꎬＮＪ)ꎬ并自展分析(Ｂｏｏｔｓｔｒａｐ)１０００次ꎬ构建ｌｅｔ￣７ｂ基因的系统进化树ꎮ
１.９㊀ｌｅｔ￣７ｂ靶基因预测及功能分析
利用３个在线软件ｍｉＲｍａｐ[１２](ｈｔｔｐｓ://ｍｉｒｍａｐ.ｅｚｌａｂ.ｏｒｇ/)㊁ｍｉＲＤＢ[１３￣１４](ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｍｉｒｄｂ.ｏｒｇ/.ｏｒｇ/)和ＴａｒｇｅｔＳｃａｎ[１５](ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｔａｒ￣ｇｅｔｓｃａｎ.ｏｒｇ/ｖｅｒｔ＿７１/)预测ｇｇａ￣ｌｅｔ￣７ｂ的靶基因ꎮ选取在３个软件预测中至少出现２次的基因ꎬ既可以防止预测到的靶基因过少无法进行后续分析ꎬ也能够降低预测结果的假阳性ꎮ对获得的靶基因使用在线工具ＤＡＶＩＤ[１６](ｈｔｔｐｓ://ｄａｖｉｄ.
ｎｃｉｆｃｒｆ.ｇｏｖ/)进行ＧＯ(ＧｅｎｅｏｎｔｏｌｏｇｙꎬＧＯ)功能分析和ＫＥＧＧｐａｔｈｗａｙ(Ｋｙｏｔｏｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａｏｆｇｅｎｅｓａｎｄｇｅ￣ｎｏｍｅｓｐａｔｈｗａｙ)富集分析ꎮ
２３４江苏农业学报㊀２０２２年第３８卷第２期
１.１０㊀数据处理
采用２－әәＣｔ法分析ｌｅｔ￣７ｂ基因在鸡不同组织中的相对表达量ꎬ每个样品重复３次ꎮ试验结果用平均数ʃ标准差(ＭｅａｎʃＳＤ)来表示ꎮ用ＳＰＳＳ２６.０软件单因素方差分析进行差异性分析ꎬ以Ｐ<０ ０５作为差异显著的标准ꎬＰ<０ ０１作为差异极显著的标准ꎮ２㊀结果与分析
２.１㊀ｌｅｔ￣７ｂ在鸡不同组织中的表达检测
对鸡胸肌㊁腿肌㊁心和肝等组织中的ｌｅｔ￣７ｂ表达变化进行了检测ꎬ结果(图１)显示ꎬｌｅｔ￣７ｂ在鸡大脑㊁心㊁胸肌和腿肌中的相对表达量显著高于其他组织(Ｐ<０ ０５)ꎮ对３日龄和９０日龄的母鸡组织器官中ｌｅｔ￣７ｂ表达变化进行检测ꎬ发现与３日龄的雏鸡相比ꎬ９０日龄鸡大脑㊁心㊁胸肌和腿肌中ｌｅｔ￣７ｂ的相对表达量都显著上升(Ｐ<０ ０５)ꎬ肝㊁卵巢和肾中ｌｅｔ￣７ｂ的相对表达量差异不显著(Ｐ>０ ０５)ꎮ
２.２㊀ｌｅｔ￣７ｂ基因定位
通过文献和ｍｉＲＢａｓｅ检索共搜索４６种脊椎动物４６条ｌｅｔ￣７ｂ序列ꎬ发现鸡㊁人㊁小鼠㊁家犬和绵羊等４６种脊椎动物都只具有ｌｅｔ￣７ｂ一种形式ꎮ由于家族基因命名的不同ꎬ导致ｌｅｔ￣７ｂ呈现出以下２种名称变化:ｌｅｔ￣７ｂ和ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐꎬ在鸡中也只发现了一种ｌｅｔ￣７ｂ的成熟体
ꎮ
不同小写字母表示差异显著(Ｐ<０ ０５)ꎮ
复合氨基酸图１㊀ｌｅｔ￣７ｂ在鸡不同生长时期的相对表达量变化
Ｆｉｇ.１㊀Ｒｅｌａｔｉｖｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｌｅｖｅｌｓｏｆｌｅｔ￣７ｂｇｅｎｅｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｇｒｏｗｔｈｓｔａｇｅｓｏｆｃｈｉｃｋｅｎ
㊀㊀以鸡㊁人㊁小鼠和斑马鱼等１０个物种的ｌｅｔ￣７ｂ前体序列作为查询序列ꎬ分别对这些生物的基因组进行ＢＬＡＳＴ搜索ꎬ确定各序列在基因组中的位置ꎬ基因定位结果(表３)显示ꎬｌｅｔ￣７ｂ家族的成员均位于基因间隔区ꎬ且主要分布在１号和５号等染体上ꎬ大部分在过氧化物酶体增殖物激活受体基因(ＰＡＲＡＡ)和无翅型鼠乳腺肿瘤病毒(ＭＭＴＶ)整合位点家族成员７Ｂ基因(ＷＮＴ７Ｂ)附近ꎮ其中鸡ｌｅｔ￣７ｂ位于１号染体上ＷＮＴ７Ｂ与ＰＰＡＲＡ基因间隔区ꎮ
表３㊀ｌｅｔ￣７ｂ在基因组中的定位
Ｔａｂｌｅ３㊀Ｇｅｎｏｍｉｃｌｏｃａｔｉｏｎｏｆｌｅｔ￣７ｂｇｅｎｅｆａｍｉｌｙ
物种㊀㊀㊀㊀基因㊀㊀㊀㊀㊀染体位置基因定位㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀
牛(Ｂｏｓｔａｕｒｕｓ)ｂｔａ￣ｌｅｔ￣７ｂ５号染体ＷＮＴ７Ｂ与ＰＰＡＲＡ基因间隔区
家犬(Ｃａｎｉｓｆａｍｉｌｉａｒｉｓ)ｃｆａ￣ｌｅｔ￣７ｂ１０号染体ＡＴＸＮ１０与ＥＮＳＣＡＦＧ０００３０００７６７５基因间隔区
山羊(Ｃａｐｒａｈｉｒｃｕｓ)ｃｈｉ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐ５号染体ＥＮＳＣＨＩＧ０００１０００３１１６与ＰＰＡＲＡ基因间隔区
斑马鱼(Ｄａｎｉｏｒｅｒｉｏ)ｄｒｅ￣ｌｅｔ￣７ｂ１号染体ＰＰＡＲＡＡ与ＷＮＴ７Ｂ基因间隔区
鸡(Ｇａｌｌｕｓｇａｌｌｕｓ)ｇｇａ￣ｌｅｔ￣７ｂ１号染体ＷＮＴ７Ｂ与ＰＰＡＲＡ基因间隔区
人(Ｈｏｍｏｓａｐｉｅｎｓ)ｈｓａ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐ２２号染体ＰＰＡＲＡ与ＰＲＲ３４基因间隔区
小鼠(Ｍｕｓｍｕｓｃｕｌｕｓ)ｍｍｕ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐ１５号染体ＷＮＴ７Ｂ与ＧＭ３４６２２基因间隔区
家兔(Ｏｒｙｃｔｏｌａｇｕｓｃｕｎｉｃｕｌｕｓ)ｏｃｕ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐ１４号染体ＥＮＳＯＣＵ００００００３６１２４与ＰＰＡＲＡ基因间隔区
绵羊(Ｏｖｉｓａｒｉｅｓ)ｏａｒ￣ｌｅｔ￣７ｂ３号染体ＥＮＳＯＡＲＧ００００００２１８４８和ＥＮＳＯＡＲＧ００００００１９４２７基因间隔区斑胸草雀(Ｔａｅｎｉｏｐｙｇｉａｇｕｔｔ
ａｔａ)ｔｇｕ￣ｌｅｔ￣７ｂ￣５ｐ１Ａ号染体ＰＰＡＲＡ与ＷＮＴ７Ｂ基因间隔区
２.３㊀ｌｅｔ￣７ｂ序列分析
选取４６种典型物种的４６条ｌｅｔ￣７ｂ的成熟序列进行多序列比对分析ꎬ结果如图２所示ꎬｌｅｔ￣７ｂ的成熟序列同源性很高ꎬ序列长度相近ꎬ均为２１~２２ｎｔꎬ保守的碱基数１８个ꎬ分别为第１~１１位碱基㊁第１３~１４位碱基㊁第１６~１８位碱基以及第２０~２１位碱基ꎬ说明ｌｅｔ￣７ｂ在不同物种间高度保守ꎮ图２显示ꎬｌｅｔ￣７ｂ在部分物种中第１２位和第１５位碱基出现了Ｇ>Ｕ
mex３３４
黄正洋等：鸡ｌｅｔ￣７ｂ在不同生长时期及不同组织中的表达及其生物信息学分析与靶基因预测
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