★ INSD，国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。 ★EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。 www.ebi.ac.uk/embl.html
★ GenBank ，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。bi.v/Web/Genbank/
★ DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库。 www.ddbj.nig.ac.jp/
★GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）。 /gsdb/ ★TIGR DATAbase，是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。 /tdb/hcd/overview.html
DNA序列数据库
包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。
★BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。
/
★CUTG,MM子使用频度表。
www.jp/~nakamura/CUTG.html
jp/codon/
www.jp/~nakamura/CUTG.html
★EPD，真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）。
www.epd.isb-sib.ch/
★TRANSFAC，真核生物基因表达调控因子的数据库。 transfac.gbf.de/TRANSFAC
★ TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。
s.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/
★OOTFD，转录因子和基因表达数据库。
/
★RepBase，真核生物DNA中重复序列数据库。
/~server/repbase.html
★ MicroSatellite，微卫星重复序列数据库。
nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html
★ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。
ncbi.v(/pub/jmc/alu/)
★ Simple Repeats，简单重复序列库。
ncbi.v
★COMPEL，复合元件数据库。
ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)
★MPDB，分子探针数据库。
www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html
★HvrBase，灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。monolith.eva.mpg.de/hvrbase/
★PlantCARE，植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库。
sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/
★PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库，只涉及维管植物。www.jp/htdocs/PLACE/
ftp://ftp.jp(/pub/dna_place/place.seq)
★Mendel数据库，搜集植物STS和EST序列。
jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/
★HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库。
spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html
★OPD，寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database)。
su.edu/OPD/
★dbSTS，序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库。
bi.v/dbSTS/
ftp://ncbi.v(/repository/dbSTS)
★dbEST.这是GenBank的重要组成部分，它包含若干物种的已表达的序列标记信息. bi.v/dbEST/
ftp://ncbi.v(/repository/dbEST)
★AmmtDB，后生动物线粒体DNA多序列联配数据库，搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA的多DNA序列对比数据，以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据.
it:8000/BioWWW/#AMMTDB
★HOVERGEN，脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes)。
acnuc.univ-lyon1.fr/
ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)
★ DNA结构参数库.
ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)
★NUCLEOSOME数据库，收集实验测定的核小体数据，用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点.
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/
★ SELEX_DB，随机化序列库.
s.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/
★ ASDB，交替剪接基因的数据库.
v:8888/
★Intronerator，秀丽线虫内含子和交替剪接数据库。
www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/
★IDB和IEDB前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库。
numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html
★EID，外显子、内含子数据库。
mcb.havard.edu/gilbert/EID/
★ExInt，外显子、内含子数据库。
intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html
★NDB，核酸晶体结构数据库。
ftp://ndbserver.rutgers.edu/
dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
★VectorDB，载体数据库。
/
★Vector和Vector-ig，包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息。
ftp://ncbi.v(/repository/vetcor-ig)
ftp://ncbi.v(/repository/vector)
RNA序列和核糖体数据库:
★1993年成立的RNA学会，在出版RNA刊物同时，还维护着两个信息网页：
www.pitt.edu/~rna1/
/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html
★snoRNA，小核仁RNA数据库。
www.bio.umass.edu/biochem ... noRNA-DataBase.html
★Small RNA数据库。
du/smallRNA/smallrna.html
★RNAse P数据库，包含RNA水解酶P的RNA亚基序列、联配、二级结构和三维模型
。su.edu/RNAseP/home.html
★tmRNA网点。包含tmRNA序列、公认蛋白质水解标记、序列联配、确定新tmRNA的导引，以及简要综述等。
www.indiana.edu/~tmrna/
★tmRDB.已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的tmRNA序列数据。
psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html
★gRNA，导引RNA数据库。
www.biochem.mpg.de/~goeringe/
★SRPDB，信号识别粒子数据库。
psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html
★TransTerm，信使RNA的组分和翻译控制信号数据库。
/Transterm/
l 类病毒和类病毒样RNA数据库。
www.callisto.si.usherb.ca/~jpperra/
★UTRdb和UTRsite。UTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻译区序列的非冗余数据库，UTRsite搜集这些非翻译区序列中的功能片段。
bigarea.it:8000/EmbIT/UTRHome/
★ncRNA，似mRNA的非编码RNA数据库。
www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html
★RNAmods,RNA修饰数据库。
d.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html
ftp://d.utah.edu(/library/RNAmods)
★AARSDB，酰氨基tRNA合成酶数据库。
rose.man.poznan.pl/aars/index.html
★tRNA序列和基因、结构与功能数据库。
www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/
★PLMItRNA基于FastA的绿植物线粒体tRNA分子和tRNA基因的数据库。
it:8000/srs6/
www.ebi.ac.uk/services/
★16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、23S-likeMDBexp数据库，是一批16S和23S核糖体RNA突变数据库。
www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html
ftp://acad.fandm.edu(/nar/)
★RNA www,RNA二级结构网页，也有16S RNA和23S RNA的数据。
lorado.edu:8080/RNA/
★uRNADB，已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的uRNA序列数据。
psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html
★U-insertion/deletion，编辑序列数据库，包含5个无脊椎动质体目物种的线粒体基因和编辑后的mRNA序列。
www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html
★PseudoBase，假扭结数据库。
www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html
★RDP，核糖体数据库计划。包含小亚基和大亚基的两部分rRNA，由已联配的RNA序列以及亲缘树组成。
smu.edu/RDP/
rdpwww.life.uiuc.edu/
rdp.life.uiuc.edu(/pub/)
★SSU rRNA欧洲核糖体小亚基RNA结构数据库。
rrna.uia.ac.be/ssu/
★LSU rRNA欧洲核糖体大亚基RNA结构数据库。
rrna.uia.ac.be/lsu/
★5S rRNA数据库。
rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html
★DRC，核糖体交链数据库。
www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/
★ACTIVITY,DNA和RNA中功能位点数据库。
s.bionet.nsu.ru/systems/Activity/
★RNA非正则配对数据库。
prion.bchs.uh.edu/bp_type/
基因图谱数据库:
★Rhdb，辐射杂交数据库。
www.ebi.ac.uk/RHdb
corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)
★Mouse RH数据库。
www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/
★GDB，人类基因组数据库。
/
ftp://
★GeneMap’99，人类基因图谱1999年版。
v/genemap/
★HuGeMap，人类基因遗传图谱和物理图谱的分布式集成数据库。ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)
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