GEO数据分析之必备基础知识

GEO数据分析之必备基础知识GEO数据分析之必备基础知识

本节主要介绍GEO分析开始之前的准备⼯作和推荐学习以下⾮常优秀的推⽂，学习之后GEO分析就春暖花开了：⽣信技能树GEO数据挖掘相关的课程

解读GEO数据存放规律及下载，⼀⽂就够

解读SRA数据库规律⼀⽂就够

从GEO数据库下载得到表达矩阵⼀⽂就够

GSEA分析⼀⽂就够（单机版+R语⾔版）

根据分组信息做差异分析- 这个⼀⽂不够的

差异分析得到的结果注释⼀⽂就够

以下是果⼦学⽣信的推⽂：

来完成你的⽣信作业，这是最有诚意的GEO数据库教程

资源！GEO芯⽚分析教程汇总。

skr！GEO芯⽚数据的探针ID转换

有些GEO平台的探针转换⽐较⿇烦

正则表达式是我们认识世界的哲学

学习正则表达式-stringr这个包的使⽤-极简⼊门

GEO芯⽚中的NM_，NR_开头的识别号如何转换成基因名称？

GEO芯⽚分析的倒数第2个关卡被没有了

如何让基因名称在多个数据库间随意转换？

Limma求差异基因构建矩阵的两种⽅式

GEO的样本名称太多⽽且排序不规则，你们都是⼿动分组的么？

GEO芯⽚分析中的⼤坑，差异基因完全相反！

GEO芯⽚如果超过了两组，也可以⼀次搞定差异分析

GEO芯⽚中配对样本如何做差异分析

因⼦(factor)就像贤内助，让你始终分清主次，拨开云雾。

批次效应这样矫正

批次效应有时候真⿇烦！

GEO芯⽚中多个探针对应⼀个基因，是求平均值还是保留最⼤值？

如果GEO中⼀个探针对应多个基因，如何把这个探针全部删掉？

其他的随意看看，作为补充

画⼀个⽕⼭图

画⼀张热图

QQ-plot

理解 Quntile Normalization

K均值聚类预测未知分类信息

主成分分析PCA预测未知分类信息

K邻近算法来分析芯⽚数据

⽀持向量机SVM来预测芯⽚未知信息

使⽤CARET包中的⽀持向量机SVM来做模型预测

学习R语⾔，从这⼀课开始。

不会代码也可以看看这⼀个，有点过时了，但是这⾥⾯直接⽤GEO2R来分析的想法，可以帮我们判定，当前这个芯⽚是否能够直接⽤R语⾔来分析。

⽆代码芯⽚分析图⽂教程：每个⼈都可以做⼀做的⽣信第1题

本文发布于:2024-09-20 15:25:39，感谢您对本站的认可！

标签：分析预测基因探针差异数据库未知

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